【LorMe新生】在LorMe的海洋里畅游

匆匆一识

初次接触LorMe,是从师兄师姐那里听说,当时立马关注了公众号,但里面的文章并没有细看。

再接触LorMe是在我面临研究生考试初试通过要选择心仪导师的时候,在许多方向里选择了它,现在想起来荣幸之至。

细细品味

通过细读公众号的文章,我有了一个很好的平台了解师兄师姐们所从事的具体内容、试验研究思路,了解在实验过程中遇到问题时他们是如何应对的。

01
行动派的苦干

每一篇文章的推出看似如此容易,背后其实饱含了师兄师姐们无数的心血。这样一种感悟是我在看到顾少华师兄万字研究历程中所体会到的:时有半夜完成的实验,有让人精神紧绷的繁多实验步骤,有大量急需处理分析的数据,仅凭文字都能体会到的紧迫感,真正在实验现场忙活应该更紧张,这种实验的从容不迫令我感到无比佩服,同时也是我日后前进方向上的指路灯。对于现在研一的我们或许都会有对自己所要研究的方向的迷茫,有阅读文献过程中的力不从心与思维逻辑的跟不上,但是没关系,一步一步慢慢靠近,总会接近理想的样子。

02
思想派的修养

时至今日,我已参加了三次LorMe组会,组会上师兄师姐们的汇报内容都有一个明确的研究思路,他们能够流畅地讲述自己做的实验现状以及对现阶段的研究想法,这需要通过大量的阅读文献来实现,同时需要具备能够根据最新的研究进展提出自己的研究内容的能力,这是现在的我所不具备以及需要努力的方向。

研究过程中必不可少的便是数据分析能力,对大数据的处理分析需要我们有一个冷静的头脑,不止于机器似的分析数据,还能够从中看出一些新的东西,新发现靠的不是偶然而是每一个爱观察人背后的必然。记得公众号上有一篇文章给我留下比较深刻的印象,该文章预计筛选更多针对噬菌体的抗性系统,在实验期间同时也有了对于外来质粒抗性系统的新发现,可见作者的科研态度不一般,值得我学习。

实验有时需要跳出固有思维与传统的研究方法,能够正确分析实验其他因素所导致的偏离结论。在看关于霍乱毒素可促进对病原霍乱弧菌对宿主体内营养的获取一文中,作者在测量新生兔回肠组织或盲肠液中的细菌浓度时,最初采用传统的以每克菌落形成单位测量的方法,结果显示实验组与对照组无差异,根据具体情况分析出了野生型该菌株引起的疾病能导致肠道液体发生积聚和流失现象,通过校正最终在实验中引出了正确的结论。若不是对试验的每一步都深谙于心、细微之至,应该是很难发现的。

专业之海

从所看到的文章中,大体围绕微生物与植物根际健康研究,以下三个方面让我觉得比较感兴趣:

病原菌入侵根际的小本领

一般而言,根际微生物与植物根系之间有着很好的合作关系,譬如根际分泌物和脱落物能为微生物提供营养和能源、根瘤菌与豆科植物之间相互提供生长资源等。然而在众多有益微生物群落的保护下,病原菌却能冲破这道防线,导致番茄青枯病等病害的发生,其侵占领地成功到底靠了什么,只有了解到这些我们才能够做出相应的防治。

以铁载体为例,铁载体——一种微生物产生的高效结合Fe3+的低分子化合物,微生物分泌的铁载体都具有其特异性,防止其被其他微生物利用,然而病原菌冲破了这道防线,大大方方地用起了这一资源,使原本就不足的铁资源被抢夺,病原菌得以繁殖生长,根际微生物群落多样性减少,根际微生物环境被破坏,最终导致植物遭到危害。而通过建立不易被病原菌盗取铁载体的微生物群落可以阻断病原菌的入侵,例如特异性铁载体的铁载体-抗生素共轭体的设计、通过针对铁载体或铁载体的免疫接种来抑制铁载体铁的摄取。

生物防治的广阔前景

细菌接种剂等虽具有促进植物生长的特性,但是它能改变原有的微生物群落组成结构、影响植物健康且由于土著微生物群的存在可能导致入侵失败;同时抗生素耐药性的出现使得通过化学方法来防治细菌性病害存在很大的阻力,故需采取更好的生物防治措施来解决植物细菌性病害问题。

原生动物就是这类适宜角色之一,处于初级消费者地位的它在利用得当的情况下,能够吞食病原菌,为植物提供所需的碳、氮等营养,诱导抑病细菌丰度提升,能够调控细菌群落的结构以及产生抑菌性物质的能力,同时它也可以作为预测植物健康的关键指标。原生动物无论是在农作物移栽前进行病害预防,还是感病后的治疗上都对农业生产具备很好的指导。

噬菌体疗法也是这类新型防治疗法之一,噬菌体是能够感染细菌和古生菌的病毒,它能够特异靶向宿主细菌,并能够随宿主丰度变化而变化,且不影响土壤中原有的微生物群落,其中烈性噬菌体还能够在侵染过程中将宿主细菌裂解,因此可通过筛选利用专一宿主的多噬菌体组合来对病原菌组进行灭活,增加噬菌体侵染的效率以及提高病害防治的成功率。

这两种对土传病害的治疗方法只是一个大的思路,在实际操作过程中还有很多需要考虑的因素,比如原生动物和噬菌体的加入对现有根际环境的影响会不会带来其他方面的间接作用,细菌与原生动物、噬菌体的共进化又该如何处理应对,以及如何调控这些似敌似友的角色朝着我们想要的方向发挥作用。

微生物团队保护根际的努力

根际环境的健康维持离不开根际微生物团队的共同努力,微生物群落之间有着复杂的关系,并不是表面上简单的分为竞争、共生、互生、捕食等。例如,原本互利共生的微生物可能因为环境条件的变化而变为竞争关系,在研究大肠杆菌与肠道沙门氏菌互养体系的实验中,作者发现在添加交换性养分(乙酸盐和甲硫氨酸)的条件下两者均可共存,然而当处于氮资源缺乏的条件下两者的互利体系遭到破坏,在某些情况下沙门氏菌还被完全排斥。这一研究的发现使我们不得不打破固有思维,重新认识微生物们之间的关系,以及在实验中考虑到这种关系是否发生了改变。

微生物群落多样性的保持离不开种群间相互作用的影响,代谢功能互补、群感效应调节、拮抗作用、竞争关系倒置以及生长-迁移权衡关系等都对微生物共存做出了贡献,丰富微生物种群多样性,是我们筑起城墙保卫植物根际的关键。另外微生物自身具有权衡生长效益的能力,在研究微生物运动与增殖分配一文中,作者研究发现微生物在营养贫瘠且营养梯度大的环境下,能够调配更多到运动性上,从而使自身得到稳定的发展,利用这种特点可以诱杀土壤病原菌。

除此之外,新菌种入侵往往会对现有群落结构产生影响,占据相似生态位存活率低 ,而入侵者对土著群落的适应性高有利于入侵及增加影响力。对根际微生物群落的打造有利于建立起坚固的护卫团,从而从源头上防止病原菌的入侵,为打造一个良好的根际条件做出不可磨灭的贡献。

结束语

归根到底,所有的这些研究都是为了农业生产实际服务的,了解每一种症状的背后机制,我们才能对症下药,维持农业的可持续发展,为人类幸福添砖加瓦。科学研究的伟大之处可能就是在于它是一个解疑答惑的学者吧,正是因为有无数从事科研的人的努力,才有了现在日趋明晰的机制之路,前面的路还在摸索,未来可期。

于现在的我而言,在科研的路上还算是一个门外汉,要学的东西还有很多,未来要走的路还很长。或许会有一个人往上摸爬滚打的日子,但那都是进科研大门前对自己意志与思维能力的一种磨炼。在今后的日子里希望能遇到问题及时与师兄师姐和老师们请教,结合自己的独立思考能提出自己的见解,具备一名科研者该有的艰苦奋斗、敢于思考品质,逐渐融入LorMe这个大家庭,能够在其中发光发热,做出自己的一份贡献。

——文章来自2020级硕士研究生陆春霞

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南京农业大学-土壤微生物与有机肥料团队

微生态与根际健康实验室

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