R学习:R for Data Science(六) 使用forcats处理因子
R学习往期回顾:
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简介
因子在R中用于处理分类变量。分类变量是在固定的已知集合中取值的变量。当想要以非字母表顺序显示字符向量时,也可以使用分类变量。
我们将使用 forcats 包来处理因子,这个包提供了能够处理分类变量(其实就是因子的另一种说法)的工具,其中还包括了处理因子的大量辅助函数。因为 forcats 不是 tidyverse 的核心 R 包,所以需要手动加载。
library(tidyverse)
library(forcats)
创建因子
假设我们想要创建一个记录月份的变量:
x1 <- c("Dec", "Apr", "Jan", "Mar")
使用字符串来记录月份有两个问题
(1) 月份只有 12 个取值,如果输入错误,那么代码不会有任何反应
x2 <- c("Dec", "Apr", "Jam", "Mar")
(2) 其对月份的排序没有意义(按照字母排序的)。
sort(x1)
可以通过使用因子来解决以上两个问题。要想创建一个因子,必须先创建有效水平的一个列表
month_levels <- c(
"Jan", "Feb", "Mar", "Apr", "May", "Jun",
"Jul", "Aug", "Sep", "Oct", "Nov", "Dec"
)
可以创建因子了
y1 <- factor(x1, levels = month_levels)
y1
sort(y1)
不在有效水平集合内的所有值都会自动转换为 NA
y2 <- factor(x2, levels = month_levels)
y2
如果省略了定义水平的这个步骤,那么会将按字母顺序排序的数据作为水平
factor(x1)
有时你会想让因子的顺序与初始数据的顺序保持一致。在创建因子时,将水平设置为unique(x),或者在创建因子后再对其使用 fct_inorder() 函数,就可以达到这个目的,这个对我们平时画图展示坐标顺序很重要
f1 <- factor(x1, levels = unique(x1))
f1
f2 <- x1 %>% factor() %>% fct_inorder()
f2
如果想要直接访问因子的有效水平集合,那么可以使用 levels() 函数:
levels(f2)
综合社会调查
forcats::gss_cat 数据集,该数据集是综合社会调查数据的一份抽样,综合社会调查是美国芝加哥大学的独立研究组织 NORC 进行的一项长期美国社会调查。这项调查包括几千个问题,我们挑选了一些变量放在 gss_cat 数据集中,它们可以说明处理因子时经常遇到的一些问题:
gss_cat
当因子保存在 tibble 中时,其水平不是很容易看到的。查看因子水平的一种方法是使用count() 函数
gss_cat %>%
count(race)
或者使用条形图
ggplot(gss_cat, aes(race)) +
geom_bar()
默认情况下, ggplot2 会丢弃没有任何数据的那些水平,你可以使用以下代码来强制显示这些水平:
ggplot(gss_cat, aes(race)) +
geom_bar() +
scale_x_discrete(drop = FALSE)
这些水平表示的也是有效值,只是没有出现在这个数据集中
修改因子水平
修改水平不仅可以使得图形标签更美观清晰,还可以将水平汇集成更高层次的显示。修改水平最常用、最强大的工具是 fct_recode() 函数,它可以对每个水平进行修改或重新编码。例如,我们看一下 gss_cat$partyid:
gss_cat %>% count(partyid)
对水平的描述太过简单,而且不一致。我们将其修改为较为详细的排比结构
gss_cat %>%
mutate(partyid = fct_recode(partyid,
"Republican, strong" = "Strong republican",
"Republican, weak" = "Not str republican",
"Independent, near rep" = "Ind,near rep",
"Independent, near dem" = "Ind,near dem",
"Democrat, weak" = "Not str democrat",
"Democrat, strong" = "Strong democrat"
)) %>%
count(partyid)
等号右边是原来的因子,左边是修改后的因子
你可以将多个原水平赋给同一个新水平,这样就可以合并原来的分类:
gss_cat %>%
mutate(partyid = fct_recode(partyid,
"Republican, strong" = "Strong republican",
"Republican, weak" = "Not str republican",
"Independent, near rep" = "Ind,near rep",
"Independent, near dem" = "Ind,near dem",
"Democrat, weak" = "Not str democrat",
"Democrat, strong" = "Strong democrat",
"Other" = "No answer",
"Other" = "Don't know",
"Other" = "Other party"
)) %>%
count(partyid)
使用这种操作时一定要小心:如果合并了原本不同的分类,那么就会产生误导性的结果。
如果想要合并多个水平,那么可以使用fct_recode()函数的变体fct_collapse() 函数。对于每个新水平,你都可以提供一个包含原水平的向量
gss_cat %>%
mutate(partyid = fct_collapse(partyid,
other = c("No answer", "Don't know", "Other party"),
rep = c("Strong republican", "Not str republican"),
ind = c("Ind,near rep", "Independent", "Ind,near dem"),
dem = c("Not str democrat", "Strong democrat")
)) %>%
count(partyid)
我们画图示范一下
rm(list = ls())
library(tidyverse)
library(forcats)
gss_cat %>% count(partyid)
ggplot(gss_cat,aes(x=partyid,y=age,fill=partyid))+geom_boxplot()
改变因子内容
gss_cat$partyid<-fct_collapse(gss_cat$partyid,
other = c("No answer", "Don't know", "Other party"),
rep = c("Strong republican", "Not str republican"),
ind = c("Ind,near rep", "Independent", "Ind,near dem"),
dem = c("Not str democrat", "Strong democrat"))
ggplot(gss_cat,aes(x=partyid,y=age,fill=partyid))+geom_boxplot()
这样就合并了一些分类
改变因子顺序
gss_cat$partyid<-factor(gss_cat$partyid,levels = c('dem','ind','rep','other'))
ggplot(gss_cat,aes(x=partyid,y=age,fill=partyid))+geom_boxplot()
这样坐标顺序就变了
公众号“生信小课堂”