基因集泛癌分析,重磅来袭

今年早些时候,我们推出单基因泛癌分析,收到客户的一致好评。收获很多回头客以及朋友介绍的客户。

单基因泛癌高阶套路模板

单基因泛癌生信高阶模板结果展示

对比两篇单基因文章,一篇7.5分,一篇未发表

对比刚发表的2区6.5分生信文章和我们的泛癌分析内容

被致谢!2021年7分+单基因泛癌纯生信,投稿到接受30天!

单基因生信发准7分SCI,又又被致谢

单基因泛癌如何补实验?

在pubmed搜索pan-cancer或者TCGA,能看到很多在我们的协助下发表的文章。出于保密,我们都不会解读客户发表的文章。

目前单基因泛癌在可预见的未来仍将是生信文章或者生信为主+实验验证文章的主流思路。

关于基因集泛癌分析的文章,我们最近也解读过很多

11分+SCI 基因集泛癌纯生信分析,两个多月接受,可重复!

快来看看最新的27分基因集泛癌分析是怎么做的

13+SCI 基因集泛癌分析纯生信 可重复

基因集泛癌分析

6.6分基因集泛癌分析纯生信  并没有很难

25天接受的基因集泛癌分析,先人一步的优势!

7.6分基因集泛癌纯生信分析,从投稿到接收仅一个月!

目前我们有一些基因集/通路的预分析结果,可以联系小编进行深入分析,也可以提供你感兴趣的基因集,我们来做分析。

关于基因集泛癌分析,可以是一个通路,可以是一个基因家族,也可以是一个复合物等等,只要是有联系的多个基因都可以。下面我们简单介绍一下通路泛癌分析的一些内容。

1 对所有肿瘤进行差异分析(TCGA结合GTEx),展示通路中基因在泛癌中的logFC和pvalue情况。(红色高表达,蓝色低表达,数值代表logFC)

2 对通路中的基因在泛癌中进行单因素回归分析,展示基因在泛癌中对预后的作用。(红色代表基因在肿瘤中是风险因素,蓝色则是保护因素)

3 通路中的基因在泛癌中相互之间的相关性分析展示

4 通路中的基因变异泛癌展示

包括扩增,缺失,突变,基因融合,多重变异

5 基因集中的基因在泛癌中的基因突变情况展示

6 通路/基因集在泛癌中的评分(ssGSEA评分)

7 score与肿瘤分期的关系(包含多种肿瘤的结果)

8 通路score与每种肿瘤患者预后的关系

包括多种肿瘤中分别与OS,DSS,DFI,PFI的关系,这里只展示胃癌中与OS的生存分析曲线

9 通路score在每种肿瘤中与所有基因的相关性分析

(1)正相关热图

(2)负相关热图

(这里的结果对筛选基因调控通路有很大的参考价值)

10 使用通路score进行富集分析,包括GO KEGG GSEA GSVA,展示该通路/基因集/复合物与哪些功能和通路相关。

下面展示的是GSVA富集分析的泛癌相关性分析结果

泛癌

单个肿瘤

11 使用两种方法评估通路score在肿瘤微环境中的作用

(1)使用已发表文章的方法对免疫相关通路,转移相关通路和DNA损伤修复相关通路进行评分,并计算与我们的通路评分的相关性

(2)estimate包评估肿瘤微环境的免疫分数和基质分数,并计算与通路score的相关性。

(每个肿瘤也有单独的图,这里不做展示了)

12 免疫浸润分析,使用的免疫浸润数据有三个来源

通路score在泛癌中与免疫细胞浸润的相关性(1)

通路score在泛癌中与免疫细胞浸润的相关性(2)

通路score在泛癌中与免疫细胞浸润的相关性(3)

13 通路score与肿瘤突变负荷,微卫星不稳定性的关系

13 通路score与免疫相关基因的关系,包括免疫检查点,免疫抑制基因,免疫激活基因,MHC基因,趋化因子和趋化因子受体,TGFB1通路,WNT通路,焦亡,铁死亡,m6a,EMT基因等,按需使用。

免疫抑制基因

免疫检查点

14 免疫治疗分析,评估通路分数对免疫治疗患者预后的影响

包含5个数据量相对较多的免疫治疗数据集

(1)生存分析

(2)免疫治疗后进展非进展患者中通路score的差异

目前我们有一些基因集/通路的预分析结果,可以联系小编进行深入分析,也可以提供你感兴趣的基因集,我们来做分析。

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