【科研工具】Rayyan:新型在线文献管理软件在Meta分析中的应用

文献筛选是Meta分析中的重要步骤,在一定程度上反映了Meta分析的质量,较为常用的文献管理软件有EndNote、NoteExpress、医学文献王等,然而这些软件均为传统的文献管理软件,不能充分体现Meta分析背对背筛选的理念,从而在一定程度上造成了文献筛选偏倚,而且由于桌面字体不能设置,造成一定的阅读困难,接下来本文将介绍一款新型的在线文献管理软件Rayyan,希望能够帮助到大家,从而节省Meta分析文献筛选的时间。

Rayyan是卡塔尔计算机研究所于2015年推出的一款在线文献管理软件,其通过网页操作即可实现文献管理的功能,该软件完全免费,用户通过邮箱注册后即可使用,并且该软件可对文献筛选者实施盲法处理,从而更好地规范了Meta分析文献筛选的流程,同时该软件还具有标引关键词、设置文献排除理由,根据文献特征(发表年份、作者、杂志、发表类型、语言、国家、研究主题等)统计论文发表数量、上传PDF全文等功能。

软件的获取与注册

软件的获取:Rayyan在线网页应用程序可通过其官方网站直接访问:https://rayyan.qcri.org/,同时Rayyan还提供手机应用程序,用户可在苹果应用商店或者谷歌应用商店下载使用,登陆账号后三方均可同步(悄悄地告诉你,可以节省刷朋友圈的时间来筛选文献哦)。

软件的注册:Rayyan默认的注册方式为邮箱注册,点击首页的Sign up后,可出现下图所示界面,依次填写邮箱、头衔、名、姓、机构、职位、所在国家、注册理由等信息后,邮箱会收到验证注册的信件,点击相关链接即可完成注册。

软件功能介绍

登录软件后进入主要界面,包括四个菜单:My reviews(我的系统评价)、Collaboration Reviews(合作的系统评价)、Translation Only Reviews(仅翻译的系统评价)、Other Reviews(其他系统评价),其中以My Reviews和Collaboration Reviews最为常用。

在My Reviews菜单下,点击"New Reviews",依次输入标题、系统评价描述(可选)即可创建。如本例中以"Osteoarthritis"为例创建系统评价标题。Show  archived reviews,作用为显示归档的系统评价。在系统评价完成或放弃制作后,可进行归档处理。

Rayyan主要有导入文献、筛选文献、导出文献等功能。Rayyan具有兼容性较强的文献导入功能,可直接导入Endnote或其他文献管理软件导出的格式,也支持数据库导出的格式。在新建系统评价后,会进入Upload References(上传文献)页面,页面右侧则列出了支持的文献的格式,主要包括:

  • EndNote Export

  • Refman/RIS

  • BibTeX

  • CSV

  • PubMed XML

  • Web of Science/CIW

因Meta分析常需要检索PubMed、Cochrane图书馆、EMBASE等数据库,因此推荐大家先将文献导入EndNote软件中,EndNote具体操作步骤可见(【科研工具】Endnote使用方法简介附EndnoteX8下载)。

导入文献:将文献导入到EndNote后,依次点击导出,然后导出选项设置为保存类型“Text File(*.txt), Output style"EndNote Export),设置保存位置后点击保存。

然后点击选择文件,选择刚刚导出的文件,等待文件上传成功后点击continue。

筛选文献:如图所示,显示了文献筛选的界面,在“Osteoarthritis”共纳入了54篇文献,最左侧的窗口显示这项系统评价文献情况。主要包括重复文献及相关处理(删除、已解决等)、文献状态(纳入、排除、待定)等,点击某一篇文献后,可看到页面中部有三个选项:Include(纳入)、Undecide(待定)、Exclude(排除)。并且选项旁边有两个附加功能:Reason和Lable。Reason用于给出排除理由,可自行添加。Lable则对该文献进行进一步标识。根据文献题目和摘要,判断是否纳入或排除。并选择相关选项,即可完成该文献的筛选。本篇文献我们选择排除后,该文献即被移至左侧窗口Exclude栏目,且该栏目数字会增加1,而Undecide栏目数字则会减少1。

文献筛选快捷键:

快捷键

含义

Tab

切换文献筛选和文献展示窗口

键盘↑↓

上下切换文献

I

纳入文献

E

排除文献

U

未决定

R

选择排除利用

L

Label标识

H

上传文献全文

因此在筛选文献时,用户可利用键盘↑↓与I和E通过阅读标题与摘要快速筛选文献,节省中间操作的时间。

导出文献:Export用于导出数据,导出格式主要以.enw及.ris为主。如要将纳入文献导出到endote里,则依次点击included, Export,导出界面可根据需要选择,本例我们选择将纳入的8篇文献导出到EndNote,则点击依次Filtered, EndNote,Export。值得注意的是,Rayyan稍后会将导出的文件发送至注册邮箱,且是以压缩文件导出,导出后需先进行解压后再进行其他操作。

Meta分析文献筛选:点击上图的All reviews,可以看到系统评价界面下有四个子菜单:Show(显示)、Invite(邀请)、Archive(归档)、Delete(删除),分别对应显示文献管理主页面、邀请系统评价员参与文献管理或筛选、对系统评价进行归档、删除系统评价。首先点击Invite,邀请其他作者参与该Meta分析的文献筛选,则该作者则在Collaboration Reviews显示该系统评价文献,文献筛选界面一致,同时系统评价创建者的界面会出现Blind ON,通过该按钮可以实现Meta分析的盲法筛选。原则上文献筛选要求由2名评价员分别单独筛选,Rayyan文献筛选功能支持对2名(或多名)评价员实施盲法处理,通过“Blind on”(打开盲法)菜单实现,进行文献筛选的作者无法看到对方进度和对文献的决定。该功能有效保证了文献筛选过程的规范性。

当文献筛选结束后可点击Blind ON后取消盲法,变为Blind OFF,点击Show可以看到文献筛选界面系统评价员的筛选结果,红色代表排除,绿色代表纳入,左侧会统计一致和矛盾的结果。两人可讨论解决或者第三人介入确定最终的文献筛选结果。

与Endnote软件的比较:

软件评价

从文献筛选功能上,Rayyan相对于传统文献筛选软件有着较大的优势。Rayyan的关键词排除、关键词纳入功能,配合使用关键词评级功能,能显著增加文献筛选效率,减少系统评价整体制作时间;再次,Rayyan的评价者盲法功能,有效规范文献筛选流程,保证文献筛选质量,同时Rayyan的文献筛选归类方式,对计算一致性(Kappa)十分便利。但Rayyan存在一些缺陷。最主要的缺陷在于Rayyan依赖于网络连接。仅在网络连接成功的情况下Rayyan才能被使用,若无网络连接,则无法使用,对于Endnote这类桌面应用程序则不存在此种情况;同时,Rayyan的文献筛选效率,取决于网络连接速度。当网络连接速度较慢时,文献筛选速度则相应降低;其次,Rayyan不支持全文查找功能,只能通过手动下载全文后进行上传,而Endnote等经典文献筛选软件支持自动查找并下载全文的功能。另外Rayyan对于undecide的文献未有标识,会在一定程度上造成筛选时的障碍。

总之,Rayyan是一款较为方便的文献管理软件,能提高文献筛选效率,对于系统评价/Meta分析的制作效率及流程有非常积极的意义。

参考文献:李洁莉, 李胜, 徐畅, 等. Rayyan: 一种新型在线文献管理软件在系统评价中的应用[J]. 中国循证心血管医学杂志, 2018, 10(3): 265-268.

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