6.2分SCI 以生信为主的干湿结合文章可以这么做
对于单基因的分析,挑选基因最为关键。小编认为容易发表的基因要符合以下几点(符合条件越多越好):
1 在多种肿瘤中该基因高表达
2 在多种肿瘤中该基因高表达的患者预后差
3 在多种肿瘤中该基因在高分期表达较高
4 不同肿瘤中的富集分析有比较集中的几种结果
5 在一种或者多种肿瘤中与特定免疫细胞浸润相关,如巨噬细胞,CD8T细胞等
6 最好用不同的方法证明5中的结论
7 在某一种或者几种肿瘤中集中于一些免疫相关基因相关性高
8 该基因最好报道过,但是又研究较少,有一定新颖性
之前我们也发过单基因泛癌的分析如何补实验,列举了8点可以补的内容。本文作者补了1和3,发到6分多还是非常不错的。
发表杂志:frontiers in oncology
影响因子:6.2
结果部分
Figure 1
用TCGA和GEO的数据发现SLC2A3在结直肠肿瘤中高表达,并且高表达会导致预后差。
Figure 2
用单因素和多因素回归分析证实该基因是独立的预后因素。并检测基因表达与这些临床特性的关系
Figure 3
通过GSEA分析发现该基因可能与EMT进程相关,并且该基因与EMT关键基因表达明显正相关
Figure 4
同样是通过GSEA分析发现该基因可能与IL6/JAK/STAT3通路相关,并且该基因与IL6/JAK/STAT3通路关键基因表达明显正相关
Figure 5
使用TCGA的数据和GEO的数据探索该基因在结直肠癌中与免疫检查点的相关性。证明该基因表达与免疫检查点正相关。
Figure 6
该基因与在结直肠癌中与免疫细胞的相关性分析
Figure 7-8
作者使用自己的100多例结直肠癌组织和癌旁组织,通过免疫组化,pcr来验证该基因的表达,预后和与临床特征的关系,以及PD1的表达
Figure 9
在结直肠癌的细胞中敲低该基因,检测该基因对EMT的抑制作用。
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