自行入门R语言的故事(一波三折)

真情实感流露最是动人!

亲爱的读者你是第几次接触生物信息学才掌握的呢?

下面是NGS交流群积极参与者受邀投稿

第一部分

入门生物信息的错误示范

第一次接触生信技能树,又欢又喜,竟然还有视频,在B站,全套100多个小时免费教学视频!!!(https://space.bilibili.com/338686099/#/)

岂不是很方便,一股信心油然而生.

看了一遍...额,看不懂...

这时我安慰了自己,哪有一次就学会了嘛,再看一遍 仍然不知所云,于是我开始不开心了,受挫了。

过了好久请教了我的师兄,师兄跟我说,你看这些是没有用的,亲师兄,直接把他的代码传给了我,跟我说,按着我的跑就行,于是我又从丧丧的学不会,开心的去看师兄给的R代码.

GEO数据挖掘视频
  • 这个课程超级棒,B站免费学习咯:https://m.bilibili.com/video/BV1dy4y1C7jz
  • 配套代码在GitHub哈:https://github.com/jmzeng1314/GSE76275-TNBC
  • TCGA数据库挖掘,代码在:https://github.com/jmzeng1314/TCGA_BRCA
  • GTEx数据库挖掘,代码在:https://github.com/jmzeng1314/gtex_BRCA
  • METABRIC数据库挖掘,代码在:https://github.com/jmzeng1314/METABRIC

然而压根没有R基础的我还是一脸茫然,一大堆的代码无从下手!

R语言实战的书也扫了一边了,就是数据框,因子,一些基本概念搞明白了,上手R还是不会啊,上网查了查资料看,有好多公众号,好多文章都在科普生信,我就跟大海捞针一样,东拼西凑,还是觉得半知道半解,我也就没有耐心了,于是我把生信技能树的微信公众号直接取关了,接着开始了浑水摸鱼的研究生生活。

其实我买了很多书,包括人民卫生出版社的8版生物信息学教材,R语言编程艺术等等,但都没有把我带入门额。

第二部分

为如何正确、快速、高效入门生物信息

让我开始走向正轨的,改变我这几个月以来的一次历史性事件是,我不知怎么的偶然加了jimmy老师的联系方式。(jimmy老师帮忙回忆了一下,是看到了澳门大学的100万奖学金读博士的通知后想去澳门打HPV疫苗才联系的

向jimmy老师表达了我的仰慕之情后,jimmy老师丢给我一堆生信技能树的学徒作业题目...

我当时想这些exercise挺好的,再往下拉,还有答案,真是感动啊。

基于R语言的统计可视化 生信分析人员如何系统入门R(2019更新版)

把R的知识点路线图搞定,如下:

  • 了解常量和变量概念
  • 加减乘除等运算(计算器)
  • 多种数据类型(数值,字符,逻辑,因子)
  • 多种数据结构(向量,矩阵,数组,数据框,列表)
  • 文件读取和写出
  • 简单统计可视化
  • 无限量函数学习

上面《生信分析人员如何系统入门R(2019更新版)》提到的这些exercise每天打开,刷一遍,刷完了这些,我可开心,总算学会点了,哈哈哈。

然而被暴击的是,我根本还没有体会到R的精华,函数之前听jimmy老师说过你每学会了一个函数,R的skill就up一下,小手不太利索的在Rstudio,装R包,学习R包中的函数。

又被暴击了,R包安装不上,版本不对,R包与R不匹配,整的我郁闷。由于是小白,问了一些自己疑惑的问题,jimmy老师随口回复了我一下,给了我energy,于是上简书,知乎,查资料,慢慢的就会了。

随着函数安装好,学习R我最喜欢就是用内置数据集来练习了,不过经常又遇到找不对象的问题,随着慢慢的学习,jimmy老师让我跑了跑整个芯片的流程,边跑流程,边查资料,边请教小蚂蚁山神(也是jimmy老师的学徒)

恢常感谢这个我素未相识的朋友,几乎整整一天 回复了我很多无聊的问题(在他看来我自己查资料就好),其实是有时我脑子的思维定势,遇到问题一下子走不出来,大部分是在分析数据的数据清理过程,因为比较抽象一点,随后自己有查了些资料巩固学习。

学习R 的一段经历总算告一段落了。完成了jimmy老师2018-2019布置的约50个学徒数据挖掘任务全部文献图表复现

结语

从R入门到整个芯片的数据的流程,我回过头再去看B站的视频,是那么亲切,我又刷了一遍视频,把一些小细节,补充了进去,回顾我入门生物信息的心路,我大部分还是利用了生信技能树的资源,而且,在此,我想和正在入门生信的小伙伴说,生信技能树,有博客的文章还有一些很实用的小技巧(微信公众号关键词搜索)真的可以让我们这些小白少走很多弯路,而且能够明明白白的入门生信的)生信有多重要,不需要我在此赘述了吧,现在出去开会不只是医学,各个学科都在用R做可视化,和统计分析

阻~

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