人类蛋白免疫组化表达数据库
写在前面
我们在进行基因的蛋白表达检测的时候，通常的方法是进行western blot以及免疫组化进行检测的。对于这两个实验都是需要提前买抗体进行检测的，但是抗体又贵，如果一个基因检测的结果不好的话，那有可能就要浪费这个抗体了。所以今天就来介绍一个，在很多癌症当中做了很多基因的免疫组化的数据库: The Human Protein Atlas (https://www.proteinatlas.org/)
对于某一个蛋白免疫组化的结果呈现，数据库是分成了四个分类来呈现的，分别是：没有检测到、低表达、中表达以及高表达。、
数据库的使用和基因的检索数据库是一样的。我们只需要输入我们想要检索的蛋白名即可。例如我们这里输入：CD36。
对于每一个蛋白的数据结果，数据库提供了多个模块来展示结果。首先我们看到的是一个汇总的界面，这里我们能看到这个蛋白的基本信息。另外，我们可以点击不同的模块来查看不同的结果。这个数据库包括的模块有：组织表达情况、细胞定位情况、病理表达情况以及脑和血液的RNA表达情况。
1. 组织表达情况
在组织表达情况当中，我们可以看到这个蛋白的不同在不同的正常组织当中mRNA和蛋白的表达情况。其中mRNA的表达来自于GTEx数据库，而免疫组化的表达是数据库成员自己用组织芯片来做的结果。
其中对于某一个组织当中详细的免疫组化的染色情况，我们可以点击具体的部位，然后就可以看到其组织免疫组化的具体图片了。
2. 蛋白表达定位情况
在 CELL部分，我们可以看到这个蛋白在细胞当中的什么部位表达，通过蛋白的表达位置来确定这个蛋白可能具有的功能。
3. 癌症当中的表达情况
在这个部分，数据库汇总了TCGA当中这个基因在RNA-seq当中的表达情况以及数据库自己做的在一部分肿瘤组织当中免疫组化的情况。另外对于基因和预后的关系，这个数据库也分析了TCGA当中预后有意义的结果。
同样的，对于某一个癌症所有免疫组化的结果。我们可以点击具体的癌种，就可以获得所有的图片了。
基本上这个数据库的使用就是这些。通过以上的查询，我们就可以了解我们目标蛋白在某一个癌种当中的表达情况怎么样了。但是相对来说，这个数据库对于正常样本的免疫组化也就是做了两三个，然后对于癌症的话也就是十几个样本。所以有一定的参考价值，但是也绝对的准确的。
另外关于这个数据库的免疫组化结果的统计。他们也汇总了一个表格形式的结果。这个结果存在于一个叫做hpar的R语言包当中。这里我们就把癌症所有的数据下载下来了。这样大家如果只是想要知道一个统计结果而不是想要看图片的话，就可以在表格当中直接查找了。