发表在Nature Methods上的疾病相关基因检索数据库是什么样子的

写在前面

随着疾病相关基因研究的结果的增多，我们在已经找到了很多和疾病有关的基因。经常在研究一个疾病的时候，我们要去了解和这个疾病相关的基因都有哪些。这样方便我们来设计以后自己的研究方向。关于疾病相关基因检索的数据库还是很多的。我们之前介绍的malacards以及GeneShot都是可以查询疾病相关的基因的。今天就在介绍一个发表的Nature Methods上的疾病相

关基因检索数据库：Phenolyzer(http://phenolyzer.wglab.org/)

数据库使用

数据输入

对于Phenolyzer数据库而言，在基础的检测结果里面，我们只需要数据相关的疾病表型即可。这里我们可以输入多个表格，这些表型可只需要通过 ; 分隔即可。

PS：对于疾病的输入，这个数据库支持纯文本，OMIM ID号以及HPO ID号的输入。下面我们以两个胃癌的英文单词为例

以上是分析的基本输入。假如我们对于基因有一定的限定，比如：想要看和疾病相关的具体基因，想要看在某一个位置上有没有疾病相关的基因。这个时候就需要进一步输入了。

在以上都选择完之后，点击submit即可。

结果解读

数据的结果而言，首先是通过一个网络图的方式来进行展示的。在这个网络当中，可以看到和检索的疾病有相关性的基因是哪些。同时数据库也预测了一部分可能的相互作用基因 ，这一部分的基因也标注到了上面。我们可以的网络图的图例说明当中看到哪些疾病代表什么意思。

进一步的，我们可以通过条形图来知道，哪个基因和检索的疾病相关的相关。

进一步，我们在Details当中可以看到具体的每个基因有哪些证据来支持其和表型的相互作用。

数据库使用场景

以上就是数据库的主要使用步骤。对于数据库的使用场景，首先如果你的老板给了你一个基因，让你查寻这个基因和某一个疾病有没有关系。那就可以使用这个数据库看一下的。

假如说没有关系怎么办？那通过这个数据库我们了解了和这个疾病相关的核心基因了。我们就可以通过蛋白相互作用数据库来查找目标基因和这些核心基因有没有关系。如果有的话，那也是能说明目标基因可能和目标疾病是有关系的。

以上是这个数据库使用的一个简单的例子。至于其他的使用，那看大家发挥了哈。