人蛋白质数据库（HPA），拯救你的发际线

Human Protein Atlas（HPA）提供了26000种人类蛋白质的组织和细胞分布信息。在该数据库中，研究人员使用高度特异性的抗体，用免疫检测技术（免疫印迹、免疫荧光和免疫组化），详细地检测了每一种蛋白在64个细胞系、48种人类正常组织和20种肿瘤组织中的表达情况，数据详实。

根据不同维度，HPA数据库分为Cell，Tissue和Pathology三个版块，分别展示了蛋白在细胞、正常组织和癌变组织中的表达情况。

我们以明星基因pten举个栗子，查询pten的表达情况，首先打开https://www.proteinatlas.org/，在搜索框中输入pten，点击search：

接着出现下面界面

从左到右分别是：基因（Gene），基因的描述(Gene deion），蛋白类别(Protein class)，组织(Tissue)，细胞(Cell)，病理(Pathology)，亚细胞定位(Subcellular location)，RNA类别(RNA tissue category)这8列。

点击pten行列会展现pten的组织（Tissue）板块，就出现该基因在不同组织的表达情况：（分为RNA表达和蛋白质表达）

Splice variant（剪切异构体）

你会发现，PTEN存在两个剪切异构体，分别为PTEN-001，PTEN-005

点击人体组织表达图谱右侧组织名称，比如Testis，可以查看组织免疫组化图。在网页的左侧显示标本信息以及蛋白亚定位。可以参考作为免疫组化的阳性对照

点击右上角的细胞栏（CELL），可以查看基因在细胞系RNA表达水平，以及人类细胞系、小鼠细胞系中定位。在查看细胞定位的荧光图时，可以通过点击选择需要显示的内容：抗体，细胞核，微管等等。即可单独显示又可以叠加显示。

点击右上角的肿瘤栏(pathology)，可以查看基因在不同肿瘤样品中的蛋白表达情况，该数据库整合了TCGA，因此你可以看到在TCGA的表达情况。

HPA的强大功能是不是很强大，具体还有很多详细信息。大家快去体验一下吧！

HAP数据库功能就介绍到这里了。该数据库目前一直在更新，最新版本已经可以查询到约16000个蛋白的数据，小鼠的蛋白质数据库也正在构建中，相信不久的将来可以发布。更多HAP使用方法可参考以下文献：

1.Uhlén M et al, 2015. Tissue-based map of thehuman proteome. Science PubMed: 25613900 DOI: 10.1126/science.1260419

2.Thul PJ et al, 2017. A subcellular map ofthe human proteome. Science. PubMed: 28495876 DOI: 10.1126/science.aal3321

3.Uhlen M et al, 2017. A pathology atlas ofthe human cancer tranome. Science. PubMed: 28818916 DOI: 10.1126/science.aan2507

文章来源：每日生物评论

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