推荐一个做微生物生态的小伙子和他的网站

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https://jkzorz.github.io/

关于杰克

关于我我叫杰克（Jackie），在攻读硕士学位期间，我开始研究R和微生物生态学数据，当时我正在研究数百种海洋16S rRNA扩增子测序样品。我已经将多年来使用的一些代码编译到这些教程中。希望您对他们有所帮助！

介绍

分析微生物生态数据我将这些教程用作跟踪用于生成R可视化和统计分析的代码的地方，特别是为了可视化和分析大型微生物生态数据集。我还谈到了关于微生物扩增子/标记基因数据的分析/可视化，但是这些分析可以扩展到几乎任何情况下使用样本x物种丰度/频率或样本x数值变量类型输出。

免责声明：我绝对不是R专家，这也许在我的代码中很明显。但是，过去，我教程中的所有代码都对我有用，并为我提供了想要的结果。在R中获得相同的最终产品可能有数百种不同和/或更优雅的方法，因此可以根据需要随时进行调整。

无论如何，我也不是统计专家，而且我在很大程度上依赖一些非常有用的资源。我要去的是GUSTAME，它是微生物生态学统计分析的指南。还有他们的论文。

  • Multivariate analyses in microbial ecology

  • A guide to statistical analysis in microbial ecology: a community-focused, living review of multivariate data analyses

网站目前上线的教程

  • Where to start?

  • Alluvial plots in R

  • R functions to automatically manipulate data from MetaAmp

  • Scatter plots in R

  • Mantel Test in R

  • Boxplots in R

  • Indicator Species Analysis in R

  • Correlation Heatmaps in R

  • ANOSIM Test in R

  • NMDS Plots in R

  • Stacked Bar Plots in R

  • Bubble Plots in R

请访问一下地址即可：https://jkzorz.github.io/blog/

部分成图欣赏

Alluvial plots in R

Scatter plots in R

Correlation Heatmaps in R

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Bubble Plots in R

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