MIMIC专题 | MIMIC数据库的安装

本文作者为学号BH70058麻醉专业的樊桂波医生,小黑屋训练营的模范学员~

上期樊老师跟大家分享了 MIMIC数据库的介绍和注册指南👇
MIMIC专题|傻瓜版MIMIC数据库注册指南
取得权限后,本期将带领大家完成MIMIC数据库的安装,跟着樊老师step by step,一点也不难~

MIMIC数据库的安装主要有以下步骤:

下载和解压数据库(包含26个表格);

下载SQL文件;

postgreSQL安装;

SQL脚本安装;

获得MIMIC数据库的使用权限后才可下载数据。下载后的数据集是26个CSV表格,查看时需安装PostgreSQL、SQLserver、Oracle等数据库管理系统。
现在打开电脑 一步步开始吧
划重点:要点都在图片中
MIMIC 官网:https://mimic.physionet.org/

1. 下载和解压数据库

获得权限后就可以下载相应的数据库。
mimic的页面我们选择tutorials里面就有详细的安装过程:第一个是linux和mac的,第二个是windows的,我们先说windows的~
Document  → Getting start  →  Downloading the datebase ,点击红色登录窗口,登录成功后返回界面登录下载数据库网址
打开后,直接拉到最下方,可以看到如下界面:
所有表格均以.csv格式保存的压缩文件,点击Download the ZIP files进行下载,也可点击下方单个文件逐一下载(注:因是国外网站,建议找网速比较好的地方或者寻求国外朋友帮忙。自己下载的话需要耐心)。下载完成后,解压包括26个数据表格。
一共28个文件,6g多吧,都下吧,统一放到一个文件夹里,注意我们接下来的操作里目录名字不要出现汉字和空格~下载有可能很慢,特别是4g的chartevents...
下载完之后我们全部解压到一个文件夹, 注意目录里还是不要有空格和汉字。解压完之后是43g左右。
之后安装还有60g左右,所以大家至少准备个120g以上的盘吧,以备不时之需。

2. 下载SQL文件

点第3条的那个here,说是让你把所有的sql都下了,但是没必要下那么多。主要是下面红色框框的这四个👇 右键另存为就行了,再把这几个文件放到一个文件夹中,注意目录的问题。

3. 安装postgreSQL

Document → Tutorials → Install MiMIC (根据自己的电脑进行相应的安装)       http://www.postgresql.org/download/windows/

安装过程中数据安装位置的磁盘空间要至少90G的剩余空间,以免影响后期的使用。(注:建议选择10.14或9.6版本)

点击要安装的版本直接进行安装,软件安装位置可以随系统,数据安装建议安装的盘要留有足够,以免耽误后期使用。安装过程中需要设置密码(牢记),其他不需要动,安装完成最后一个界面取消选择,点击完成即可。

安装完成,可在电脑开始菜单中查看,如下安装成功。

4. SQL脚本安装

这一步也是数据库的本地安装。

电脑的开始菜单里找到postgreSQL,找到这个shell打开。

点击SQL shell(psql),回车直至出现用户口令界面,输入安装SQL时的密码(此处密码并不显示),继续回车。

然后按照官网的顺序开始输代码。别输错哦~ 输完一行记得后面加;号,然后回车执行代码。

出现如下界面,开始安装SQL语言命令,连接数据库

逐条粘贴以下代码,回车,出现postgres=#,光标闪烁才可粘贴下一条代码。

建立数据库链接。

与mimic数据库连接成功,接下来需要输入提取mimic数据表格的相关语言代码。指定文件夹就是所下载的mimic的26个.CSV文件表格位置。建议路径尽量短,以下存储路径仅供参考。按顺序输入每一条记录,然后回车,出现mimic=#_光标显示方可输入下一条。(注:安装下载数据路径时请不要着急,时间和网速与电脑系统有关,5到10个小时不等;增加索引大概需要2到3个小时;核查过程大概需要半个小时。安装时请合理安排时间。只要不出现报错命令,就不用管。静等即可。)

安装已提取好的数据代码,再次打开SQL shell(psql),回车直至出现用户口令界面,输入安装SQL时的密码(此处密码并不显示),继续回车。

出现以上界面时,逐条输入以下代码。注意事项同上。完成后关闭。

成功打开,可见Tables(44),安装完成。(下图片界面有更改,仅供参考)

安装完成后打开pgAdmin4,验证是否能够使用。

补充代码合集:
DROP DATABASE IF EXISTS mimic;
CREATE DATABASE mimic OWNER postgres;
\c mimic;
CREATE SCHEMA mimiciii;
set search_path to mimiciii;
\i D:/SQL/scripts/postgres_create_tables.sql
\set ON_ERROR_STOP 1
\set mimic_data_dir 'D:/SQL/mimicdata'
\i D:/SQL/scripts/postgres_load_data.sql
\i D:/SQL/scripts/postgres_add_indexes.sql
\i D:/SQL/scripts/postgres_checks.sql
以下为数据库已经提好的数据代码
\c mimic;
set search_path to mimiciii;
\cd 'D:/SQL/concepts'
\i D:/SQL/concepts/make-concepts.sql
注:红色区域需要自己更改,明确自己的安装路径,尽量短,不要有中文,以免报错。
关于MIMIC的安装,您学会了吗
数据如何如何管理?如何提取?
本公众号会陆续推出MIMIC专题系列文章
敬请期待!!!

END

作者 | 樊桂波
审核| 念荣 小秋
编辑| Alie

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