肠道微生物群
既然第一印象很重要，那么细菌给我们的第一印象确实不好，因为人类第一次认识它们，就是和疾病联系起来的；于是长久以来，我们也就习惯于把细菌直接等同于“致病源”了。
但其实，细菌（和古菌）是地球生命的起始形态，是这个世界的真正主人，整个地球生命系统的地基（如果我们要在外星球殖民，那么首先就要引入大量的菌）；而其他生命形态，相对来说只是匆匆过客，寄宿在这个“菌窝”里；任何物种（包括我们）都会灭亡，但是细菌永生——一旦它们不再，整个地球生命也就不再。
我们人类与各种菌共同生活、进化了几百万年。作为宿客之一，我们依赖“主人”的各种照料——虽然有时也有非难，但如果我们因此赌气出走，就会发现，原来我们根本就没有能力独立地面对这宇宙的终极荒芜，作为这地球生命的一分子，我们已经深深地离不开它们了。
肠道微生物群
我们全身都遍布着各种微生物，皮肤上（人身上不同的味道是怎么来的呢……）、口腔里、肺里……，但是绝大部分（超过99%）的微生物都住在肠道里。
这些微生物里，有些古菌、病毒和单细胞真核生物（比如某些酵母），还有些多细胞真核生物——寄生虫，但绝大部分都是细菌（为了简便，之后偶尔也会直接用“肠道菌群”代指“肠道微生物群”）。据估计，其数量大约有一千万亿，是我们全身细胞数量的10倍！如果不是因为单个细菌的个头比人体细胞的小太多，我们就完全等同于一个超级生物群落了。不同的细菌偏好生活在不同的区域，所以小肠和大肠、小肠前段和小肠后段的细菌社会里的种族构成都不一样；整个消化道，从口腔到肛门，常驻细菌的密度越来越高——而在大肠里……大便中有一半的重量都是细菌。
绝大部分的细菌都是无害的——否则我们根本活不到今天；或者说是有益的——否则我们根本活不到今天。
也许已经众所周知的是：肠道细菌能帮助我们消化食物，比如把我们消化不了的纤维，变成珍贵的短链脂肪酸（乙酸、丙酸、丁酸，它们不仅可以直接给肠道细胞供能，还能“安抚”免疫系统，减轻体内的炎症，还会巩固血脑屏障，并且促进脑内小胶质细胞的生长，从而增强脑的免疫功能）。
还有些肠道细菌能帮助我们吸收矿物质，比如把与植酸结合的钙、镁、锌等解放出来，使其更容易被我们吸收（肠道细菌合成的短链脂肪酸也有类似的能力）。它们还能帮助吸收某些脂肪酸和脂溶性维生素。
最后，它们还能自己合成某些维生素供我们吸收，尤其是B族维生素和维生素K2（从绿叶菜中的维生素K1合成，对于钙的吸收利用非常关键）——这些都是比较难从食物中直接补足的。它们还能合成某些氨基酸（比如酪氨酸、色氨酸），所以也是我们的蛋白质来源之一……据估计，我们所获得的所有营养中，约有十分之一是由我们的肠道细菌供应的。
它们还能在另一个意义上帮助我们处理食物——解毒。某些细菌会降解（中和）食物中的（甚至会是大多数）毒素，使其不会进入我们的身体捣乱，让肝脏能多一份安逸。
它们还会更深地影响到肠壁后面的体内世界。比如，有些细菌在获得它们理想的食物后，会刺激肠道细胞分泌血清素——一种会让人平静、愉悦和幸福的神经递质——于是我们会慢慢地喜欢上吃那种食物。
它们还会直接分泌某些神经递质，比如γ-氨基丁酸——这种东西也能让我们平静，帮助我们睡眠，维持和提高脑的年轻态。
肠道微生物还能帮助调节、教育我们的免疫系统，比如直接影响某些免疫细胞的活性，唤醒某些杀手细胞，或者刺激身体产生某些抗体应对某些外来微生物。人生之初，肠道内的免疫系统初来乍到，没见过世面，这时开始有了第一批微生物（来自自然的分娩过程以及母乳喂养）进来与它打交道，教它遇见谁该激动，什么时候该睁只眼闭只眼；陆续的，大量来自于环境和食物中的微生物都跑进来（有些只是观光，有些则常驻下来），并且进一步教育免疫系统，直到几年之后，免疫系统出落得举止得体、进退有度、深谙世道……所以剖腹产和非母乳喂养长大的孩子，很容易犯各种过敏，甚至哮喘之类的病，因为他们的免疫系统往往不知轻重深浅、没大没小，会对各种本没什么大不了的事情过度反应……
（某些肠道细菌还有另一套“阴招”：它们会向肠道的免疫系统提供某种“罪证”，从而“诬陷”人体内的某些激素……由于这些“罪证”在一定程度上像某些激素（比如致轻素、饥饿激素），接到了这些“罪证”的免疫系统，就会有针对性地在全身攻击这些无辜分子，从而导致我们：睡眠紊乱，总是想吃东西，或者总是开心不起来……）
所以健康的肠道微生物群也就意味着健康的免疫系统——多数患自身免疫性疾病的人都缺少前者。
最后，肠道微生物群本身就是一套免疫系统，就像驻扎在一个国家内的国际维和部队一样。当某些新的细菌、病毒、真菌、寄生虫等来到肠道内，想要在这儿大有一番作为时，往往发现：根本没有它们的落脚之处了……所有能占的地方都被占了，还有些居民会使出各种手段来排挤它们——这就叫“殖民保护”：为了防范不知好坏的各色人等会干出不知怎样的事情来，欢迎、鼓励那些已知不怎么坏的人先来殖民，把空间都占了，以后的麻烦就少多了——这也许是我们抵御绝大多数有害微生物的首要途径。
肠道微生物群失衡
所以现在商业上有了“益生菌”的概念（又是一个引诱我们掏钱的咒语），就像商业电影里有各种正价值的“好人”一样……但其实也和人一样，细菌难有真正的好坏之分。比如大肠杆菌，能合成维生素K2，但是数量多了后，也会导致腹泻，甚至其他更严重的疾病；还有幽门螺旋杆菌，好像总长着一副“坏人”的脸（与胃溃疡牵涉不清），但是它们一直以来（两百万年来）都生活在我们的胃里，能调节胃酸水平和一部分免疫反应，控制与胃口相关的某些激素的分泌——没有它们的话，我们更容易反酸、哮喘、发胖……
由几种“好人”组成的社会，必然是不健康的社会；同样，对肠道菌群来说，最重要的也是多样性——各种“好”“坏”“呆”“灵”，各有自己的位置和事业，有自己的家庭和人际关系，并且相互影响、牵制，最终形成一个平衡的“群魔乱舞”的社会，真正发挥一个社会的功能——各种功能……这种平衡是相对稳定的，不会因为某些外来因素而突然崩坏；而其中的多样性越高，就越稳定——其功能也越多样，从而也就越“健康”——我们也就越健康。（胖子肠道内的细菌种类往往比瘦子的少。）
如果肠道微生物太多、太少，或者在不该多的地方（比如小肠上段）太多，或者某些不该多的细菌太多，该多的太少……都算作“肠道微生物群失衡”。在这种情况下，某些细菌失去了原有的制衡（就像人类社会中的公务员太多一样……），就开始肆无忌惮起来，从而会做出许多之前做不了的事情，比如骚扰肠道上皮细胞，造成肠道高渗透性，最终引发各种自身免疫性疾病……
当然，肠道微生物群失衡也会影响到我们健康的所有其他方面，包括我们的睡眠和情绪。
为什么会失衡呢？首先是现代人会用一种自认为很先进的东西——抗生素。是的，有时某些细菌会让我们生病，但我们还不能有针对性地处理它们，于是干脆“宁可错杀一万”……不管是什么抗生素，都只对一部分微生物有效——而这些可怜的居民冤死后，另外一些微生物就有了新天地，可以大肆繁衍了……
更重要的影响来自于——我们的饮食，当然：一方水土养一方人，我们吃什么，就养什么样的肠道微生物。
如果食物（比如各种深加工食品）中的纤维很少，那么肠道内的某些微生物们（比如那些会合成短链脂肪酸的好同志们）就得不到充足的食物，其数量和种类就会大受影响。
而不易消化的食物（种子里的各种蛋白），还有会用各种方式（比如种子里的有毒凝集素、消化酶抑制剂、植酸）干扰我们消化的食物，都会让某些微生物大量地获得某种原本不该那么大量的食物（某些蛋白质、淀粉、乳糖、果糖等等），使其得以大肆繁衍、壮大，变成原本不该那么大量的细菌。另外，很多肠道细菌还会根据周围的食物构成，改变其“生活方式”（比如大肠杆菌，会根据其周围是蔗糖多还是乳糖多来改变其代谢方式），从而改变对我们健康的影响。
什么样的饮食结构，就对应着什么样的肠道微生物群。比如日本人的肠道里，就有能专门消化海藻类食物的细菌；非洲土著们在肚子里养着一些更善于分解粗纤维的家伙；而胖子的肠道里，有大量喜欢面食或甜品的小胖子……（没有两个人的肠道内有完全相同的微生物群，每个人的肠道，都是一个独一无二的小宇宙。）
而肠道里有什么样的微生物群，你就是什么样的人——是怎么都胖不起来的瘦子，还是“喝水都胖”的“有福之人”；是乐天派还是抑郁症；是娇气的过敏者、空气污染党，还是个吃什么都好胃口的适应派；是否爱“上火”，爱长痘，是否正走在自身免疫性疾病的康庄大道上……
经营这个生态社会
所以优化我们的肠道微生物群，有着深远的健康意义。
注意，没有哪种微生物群在构成上可说是“正确的”“最好的”，它们只会不断地调整、变化，无法“暂停”在某个状态下，所以只能越来越好，或越来越坏（从而，我们的健康也是……如很早之前说过的：健康不是一个状态，而是一个越来越好的过程……）
你理解了：健康的肠道微生物群（还有我们的健康）是可以经营且需要经营的，需要一生经营。
从经营上来说，首先当然是少用抗生素……
其次，要多吃膳食纤维——对一个平衡的肠道微生物群来说，这是其中绝大多数细菌的健康食物。很显然，喜欢吃蛋白质、淀粉、糖的细菌，不该是人类肠道的主要居民——那些是人类自己的食物，本来就不该轮着它们的。
然后，尽量少吃会干扰消化的东西，比如含有有毒凝集素、消化酶抑制剂和植酸的种子。从而不给那些会与人类抢食物的细菌提供太多食物，不让那些边缘种族繁衍过度，甚至成为优势种族……那不是人类肠道内该发生的事。
最后，不要太“卫生”……如前所说，肠道微生物群最需要的是多样性。为了恢复、提升这种多样性，我们需要总是从外界引入各种细菌，比如各种发酵食物里的（没有两坛酸菜里的细菌构成是一样的），还有各种没洗干净的菜里的……纵使它们最终没能驻留在肠道内，也让免疫系统长了些见识，甚至还能给肠道里的常住居民们留下些资料——细菌的基因片段（往往以质粒的形式）——使他们能学习新的技能……
非洲现存的采猎部落里，居民肠道内的微生物群在多样性上就要大大多于城里文明人的。当然，他们的食物——肉、蔬菜、水果——在这方面是有帮助的，但还要看到：他们也没有洗涤剂和消毒液……
用“非农工业饮食”，好好经营这个微生物群落吧——因为这就是我们人体的一大器官（与肠、脑几乎等重），一个集肝脏、肠道、肾脏、脑、免疫系统等各种器官、系统的功能于一身、与我们的健康有千丝万缕关系的强大器官……而且是除了脑之外，最具可塑性、发展性的器官。
我们的脑每天都需要新鲜事物，否则就会无聊死……我们的肠道微生物群，也同样不能“十年如一日”地呆着。为了脑，我们要不断学习；为了肠道微生物群，我们也要“活到老，'菌’到老”……