可交互的-基因组水平-基因对-点阵图

写在前面

经过了几天前的反思,现在写代码或者说写一些新的功能/工具的欲望已经相对较淡。但是,参与的项目总会有一些需求,需要做一些相对个性化的分析。那么,使用已有工具事实上第一选择。而不同的人写了不同的工具,从易用性来看,其实很少。

生物学事实,对于每个人是平等的。但是生物信息,却完全不同。你不会Coding,似乎你就不可能得到这些信息。你有敏锐的生物学视角,却无法覆盖到大量的生物信息。你有错,因为你不会Coding。

是不是在当前所谓的Big Data Era**,所有人都要去学各种各样的编程语言。即使有时候,我们只是想画一个像样的热图(R - pheatmap?)。

说自己在做生物信息的人:

  • 有的做算法开发

  • 有的做流程开发

  • 有的串流程,跑流程

  • 有的自己写写小脚本,做做生物学问题

  • 也有的热衷于传道,授业,解惑,教你Coding,教你跑流程

  • 还有的。。。

总之,看遍认识的生物信息学专业的朋友,确实可以得出一个结论 --- 没事,造造轮子。写JIGplot,写TBtools,确实从以上的方面来看,没有一个方向是我最终能拿得出手的。

所以,我们要做生物学问题。
但是在做的过程中,会发现,要么已有工具掌握起来确实麻烦,其次,可能已有工具整的不能满足我。
所以我有仿造基友孙胖川的图,花了两个晚上,大概4个多小时,写了一个工具并打了GUI

基因组水平的基因同源性点阵图

可能只有少数人能看懂,而一些人不能(我其实也不懂,可能只有做比较基因组的人,才能完全解读)。

这个图之所以要画,原因很简单。我就是觉得这个时候去安装或者掌握别人的一个工具或者脚本,那么要浪费我更多的时间;而这个工具或者脚本,他不能满足我的需要。至少,我画的点图,可以直接搜索某个基因对应的位置(图中对应5个基因对)。

写在最后

当你的思想受到束缚的时候,你是不可能Creative的。
而解除这个束缚,也只能靠你自己。
这个正如我以为的生信学习。

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