推荐：江舜尧
编译：小菌菌
编辑：小菌菌
中科院生态环境研究中心祝贵兵师课题组于2020年2月11日在Science of The Total Environment发表题目为《Biogeographic distributionof comammox bacteria in diverse terrestrial habitats》的文章，该研究在所有的样本均检出了Comammox菌。其中Ca. N. nitrificans是主要的物种。氨是影响comammox细菌的关键因素。巢湖湖滨带边缘区存在大量的Comammox菌群。
文章摘要
Comammox是能将氨完全氧化为硝酸盐的微生物群，它挑战了传统的两步硝化过程，即氨先被氨氧化古菌(AOA)和细菌(AOB)氧化为亚硝酸盐，亚硝酸盐再被亚硝酸盐氧化菌(NOB)氧化。然而，comammox细菌在不同栖息地的分布及其潜在的环境驱动因素仍然知之甚少。使用qPCR和高通量测序方法,本研究分析了来自38个样本，五个不同的生境类型（包括稻田,麦田,河流,草原,巢湖沿岸地区冬季和夏季）的comammox菌群的丰度。所有样本均检出Comammox菌群，以Ca. N. nitrificans为主，其次为Ca. N. nitrosa。在韶关和安土的稻田中，氨(NH4+)是影响comammox菌的关键因素。而在青藏高原的麦田、河流和草地中，海拔是影响comammox菌的最主要因素。巢湖comammox菌群表现出一定的时间异质性，冬季明显高于夏季，这种规律尤其在湖滨带边缘较为显著。研究结果表明，comammox在不同的生境中分布广泛，并受到不同生境的不同环境因素的影响。
文章重要图片说明
图1|采样点的位置。颜色代表不同的生态系统。样本名称:韶关(SG)、安土(AT)、冬季巢湖中心 (WH)和沿江(WA)，夏季中心(SH)和沿江(SA)。
图2 | (a)韶关、(b)安土、(c)麦田、(d)河流、(e) 青藏高原草原;(f)巢湖冬季中心区和(g)边缘区;(h)巢湖夏季中心区和(i)边缘区的comammox、AOA、AOB丰度。
图3 | (a)韶关(b)安土;(c)青藏高原;(d)巢湖和(e)所有样本comammox菌的相对丰度。
图4 | 青藏高原(橙色)、韶关(蓝色)、安土(绿色)、巢湖(红色)的硝化螺菌属(nitrospira)和comammox细菌的PCoA分析。不同的颜色代表不同的生态系统，不同的形状代表不同的栖息地
图5 | (a)韶关;(b)安土;(c)青藏;(d)巢湖和(e)所有样本的硝化螺菌属(nitrospira)和comammox细菌的的网络分析。网络中的每个节点代表一个微生物种群。不同的节点颜色表示不同的主属，节点的大小表示各OTU的连接程度
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