科研 | Sci. China Life Sci.:基于不同饲料转化率模型筛选的高饲料利用率猪的养分利用及代谢特征解析

编译:何贝贝,编辑:小菌菌、江舜尧。

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导读

现代集约化养殖生产中,排除相似的遗传背景和相同的日粮、饲养环境以及管理条件,不同个体在生长性能方面依然存在着比较明显的差异。近年来许多研究表明,动物胃肠道中定植的微生物与宿主共同维护机体的生理代谢平衡,肠道微生物与动物的生长性能具有直接的关系。但不同模型下鉴别到的与生长性能相关的微生物既有相同,也有差异,这与构建模型时所用指标体系不同以及带入计算的因子不同有很大关系。饲料转化率FCR是养殖生产中评价饲料效率的常用指标,表示为动物每单位体增重所消耗的饲料量,其作为一个比值性状,计算时需同时考虑平均日采食量ADFI和平均日增重ADG这两个因素。本研究构建了两种FCR猪的模型,即筛选ADG相同、ADFI不同的猪作为采食量模型,或筛选ADFI相同、ADG不同的猪作为日增重模型。其中,采食量模型中低采食量的猪(LFI)和日增重模型中高日增重的猪(HADG)分别为两个模型中的高饲料效率猪。结果表明,采食量模型中的高饲料效率猪(LFI)盲肠食糜中富集4个科(Lachnospiraceae、Clostridiaceae、Coriobacteriaceae和Pasteurellaceae)及其属水平细菌,而两个模型中的低饲料效率猪(HFI和LADG)盲肠食糜中存在2个科(Bacteroidales和Peptococcaceae)和2个属水平(AnaerotruncusCandidatus_Soleaferrea)的共有优势菌。此外,高饲料效率猪盲肠杯状细胞数量增加,肠道紧密连接蛋白Occludin和肌肉IGF-I基因表达上调,肌肉AMPK-α2PGC-1α基因表达下调。本研究不仅鉴定到了不同饲料转化率模型下与猪饲料效率相关的肠道微生物,更揭示了不同饲料效率猪在肠道发育、肌肉组织生长和能量代谢方面的差异,为深入研究不同饲料效率猪的养分利用及代谢特征奠定了一定的基础。

论文ID

原名:Metabolic characteristics and nutrient utilization in high-feed efficiency pigs selected using different feed conversion ratio models
译名:基于不同饲料转化率模型筛选的高饲料利用率猪的养分利用及代谢特征解析
期刊:Science China Life Sciences
影响因子:3.547
发表时间:2018.10
通讯作者:王军军
通讯作者单位:中国农业大学动物科技学院

Web results那不勒斯腓特烈二世大学

实验设计

试验选用56头初始体重为28.2 ± 1.1 kg的健康三元杂交去势公猪,利用猪自动化信息采集系统(FANS-SV3.0型)连续记录个体猪只的采食量及体重,试验期28 d。以周为时间节点统计猪只平均日采食量ADFI、平均日增重ADG和饲料转化率FCR值,试验结束日综合4 wks生长性能数据,分别构建两个不同FCR猪的模型。第一个模型中,选取ADG相同、ADFI高或低的猪作为采食量模型。其中,低采食量组猪LFI与高采食量组猪HFI相比,其FCR值较低,为第一个模型中的高饲料效率猪。第二个模型中,选取ADFI相同、ADG高或低的猪作为日增重模型。其中,高日增重组猪HADG与低日增重组猪LADG相比,其FCR值较低,为第二个模型中的高饲料效率猪。高和低ADFI或ADG的筛选标准,为在试验猪群整体ADFI或ADG平均值的基础上加或减一个标准差。

试验结束日,每组筛选4头猪屠宰,分离肠段后取盲肠组织样品置于4%多聚甲醛中用于组织形态学检测,或将新鲜肠道样品切成任意厚度不大于0.5 cm的小块放入1.5 mL无菌离心管,液氮速冻后于-80°C冰箱中保存,用于基因表达的检测。另外,取盲肠食糜分装至无菌离心管中,液氮速冻后-80°C冰箱保存,用于微生物组16SrRNA高通量测序。采集背最长肌组织,样品切成小块后同样放入1.5 mL离心管,液氮速冻后于-80°C冰箱保存,用于肌肉组织基因表达的检测。

结果

1 不同饲料效率猪盲肠微生物组成和多样性分析
对两个模型下高低饲料效率猪盲肠微生物组利用Illumina Hiseq PE250高通量测序平台进行16S rRNA测序。通过α多样性指数评价微生物群落的丰富度和多样性。在FI模型中,与HFI猪相比,LFI猪盲肠食糜微生物Sobs、Shannon和Chao-1指数值降低(P < 0.05;图1A);在ADG模型中,HADG组猪盲肠微生物Sobs指数值低于LADG组猪(P < 0.05;图1B),而其他多样性指数在两组间则没有显著差异。为了评估群体中个体之间的相似性,基于UniFrac矩阵距离在OTU水平对各样本微生物组成进行PCoA分析。在FI模型中,LFI和HFI两组之间在第一维度存在差异(P < 0.05),两组微生物组成形成清晰聚类(图1C);而在ADG模型中的两组之间微生物组成则没有明显区分(图1D)。
图1 不同饲料效率猪盲肠微生物多样性分析。图A和B分别表示FI和ADG模型中各组盲肠微生物α多样性指数;图C和D分别表示FI和ADG模型中不同组盲肠微生物PCoA主坐标分析。结果表示为平均值 ± 均值标准误,n = 4。*表示差异显著(< 0.05)。
分别在门和属的水平上评估了不同饲料效率猪盲肠微生物的分类组成。在门水平上,FI和ADG模型下的高低饲料效率猪微生物组成没有显著差异,均以Firmicutes和Bacteroidetes为优势菌(图2A和B)。在属水平上,两个模型下高低饲料效率猪优势菌组成存在显著差异。其中,在FI模型中,Prevotella(19.85%)、Alloprevotella(9.69%)、Faecalibacterium(6.62%)、Roseburia(5.21%)和Dialister(4.85%)是LFI组猪盲肠中5个丰度最高的菌属,而Prevotella(25.11%)、Ruminococcaceae(5.59%)、Prevotellaceae(5.38%)、Alloprevotella(5.02%)和Megasphaera(3.79%)是HFI组中丰度最高的菌属(图2-4C)。在ADG模型中,Prevotella(16.80%)、Alloprevotella(13.06%)、Faecalibacterium(6.49%)、Lactobacillus(4.24%)和Dialister(4.17%)是HADG组中5个丰度最高的菌属,Prevotella(12.40%)、Alloprevotella(11.47%)、Prevotellaceae(4.59%)、Faecalibacterium(4.02%)和Roseburia(3.09%)是LADG组中丰度最高的菌属(图2-4D)。
图2 不同饲料效率猪盲肠微生物组成(门和属水平)。图A和B分别表示FI和ADG模型中不同组盲肠微生物门水平组成;图C和D分别表示FI和ADG模型中不同组盲肠微生物属水平组成。结果表示为各组猪盲肠细菌丰度的平均值,n = 4。
2 不同饲料效率猪盲肠差异微生物分析
为了进一步明确不同饲料效率猪具体的差异微生物类群,运用LEfSe分析(LDA ≥ 2),对各组间平均相对丰度高于0.1%的差异微生物进行鉴定(图3)。结果显示,在FI模型中,LFI猪的盲肠食糜中有4个科水平(Lachnospiraceae、Clostridiaceae、Coriobacteriaceae和Pasteurellaceae)和8个属水平(FaecalibacteriumClostridiumBlautiaActinobacillusMarvinbryantiaTuricibacterSlackiaAllisonella)的细菌丰度高于HFI组猪(P < 0.05),同时HFI组猪盲肠食糜中有8个科水平和13个属水平细菌丰度高于LFI组猪(P < 0.05;图3A)。在ADG模型中,LADG组中3个科水平(Bacteroidales、Peptococcaceae和Cornenebacteriaceae)和6个属水平(PrevotellaPeptococcaceaeAnaerotruncusCandidatus_SoleaferreaAlistipesCorynebacteriumErysipelotrichaceae)的细菌丰度高于HADG组猪(P < 0.05;图3B),而HADG组与LADG组相比,则不存在优势菌。值得注意的是,在两个FCR模型中,发现有2个科水平(Bacteroidales和Peptococcaceae)和2个属水平(AnaerotruncusCandidatus_Soleaferrea)的细菌,在HFI和LADG这两个低饲料效率组的猪中均为共有优势菌(P < 0.05),其丰度显著高于各自对应的高饲料效率组。
 
图3 不同饲料效率猪盲肠微生物LEfSe分析。图A表示LFI和HFI两组盲肠差异微生物LEfSe分析;图B表示HADG和LADG两组盲肠差异微生物LEfSe分析。
 
3 不同饲料效率猪盲肠组织形态及屏障功能
对两个模型中高和低饲料效率猪盲肠用H.E染色检测隐窝深度,PAS染色检测隐窝中杯状细胞个数。尽管不同饲料效率猪盲肠隐窝深度在各组间没有差异,但第一个模型中的LFI组猪其盲肠杯状细胞数量高于HFI组猪(< 0.05;图4A)。进一步,对FI和ADG模型中不同饲料效率猪盲肠紧密连接蛋白ZO-1Occludin在mRNA水平的表达进行检测(图4B),结果显示第二个模型中HADG组猪盲肠Occludin基因表达水平高于LADG组猪(< 0.05)。
图4 不同饲料效率猪盲肠组织形态及屏障功能。图A表示FI和ADG模型下不同组盲肠组织H.E和PAS染色;图B表示FI和ADG模型下不同组盲肠组织紧密连接蛋白表达。结果表示为平均值 ± 均值标准误,n = 4。*表示差异显著(P < 0.05)。
4 肌肉组织生长及线粒体能量代谢
收集各组猪背最长肌组织提取总RNA,利用qRT-PCR法对不同饲料效率猪肌肉组织生长发育(IGF-IIGF-2TGF-β1)及肌肉线粒体维持代谢(AMPK-1αAMPK-2αSirt-1PGC-1α)基因mRNA水平的表达进行检测(图5)。结果显示,第一个模型中的LFI组猪肌肉生长发育相关基因IGF-I的表达高于HFI组猪(P < 0.05),而HADG和LADG组猪肌肉生长发育相关基因表达差异不显著(图5C和D)。肌肉线粒体维持代谢方面(图5A和B),FI模型中高低饲料效率组间没有显著差异,而第二个模型中的HADG组猪肌肉AMPK-2αPGC-1α的表达低于LADG组猪(P < 0.05)。
 
图5 不同饲料效率猪肌肉生长及线粒体能量代谢相关基因表达。图A和B分别表示FI和ADG模型下不同组肌肉线粒体能量代谢相关基因表达;图C和D分别表示FI和ADG模型下不同组肌肉生长发育相关基因表达。结果表示为平均值 ± 均值标准误,n = 4。*表示差异显著(P < 0.05)。

结论

本研究中构建了两种不同饲料转化率猪的模型:采食量模型,选取具有相似ADG但不同FI的猪,以及日增重模型,选取具有相似的FI但ADG不同的猪。研究比较并分析了这两种模型中具有不同饲料效率的猪在肠道微生物组成、肠道组织形态学和屏障功能、肌肉组织生长和能量代谢方面的差异。其中,采食量模型中的高饲料利用效率猪盲肠屏障功能和肌肉生长发育情况较好,日增重模型中的高饲料利用效率猪盲肠屏障功能较为完善且肌肉线粒体维持能量需要降低。特别的,采食量模型中的高饲料利用效率猪盲肠富集纤维分解菌,可能通过增加生长猪后肠食糜中丙酸的含量和促进脂肪酸和初级胆酸生物合成通路,从而提高宿主整体的养分及能量利用效率。



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