两败俱伤的淝水之战——开启了南北朝的大门
淝水之战
淝水之战很奇怪，或者说是很尴尬。从规模和参战人员上看，这应该是南北政权的一场大决战，然而结局却是，战败的北方政权自我瓦解，并开始了长达五十年的分裂战乱，而战胜的南方政权也同样无法维持本来的政治结构，走向了门阀政治的终点。南北各自没能灭掉对方，而是开启了南北朝的大门。
前秦和东晋对峙形势图
制约东晋军事行动的最大因素是东晋政权复杂的政治结构，要理解这一结构，必须从晋室南渡说起。东晋的建立者元帝司马睿是个很弱势的皇帝，其原因来自多方面，他是司马懿之子司马伷的后人，不属于司马炎一支，甚至不属于司马昭这一支，从血缘关系来说只是西晋皇室的远房亲戚。司马睿作为琅琊王，自身实力有限，只是东海王司马越手底下的一个马仔，在年资和功绩方面也没有突出之处，因而他要在南方站稳脚必须依靠和司马越关系亲密且在自己封地琅琊国内具有相当影响力的王氏一族。
晋元帝司马睿
偏偏司马睿所来到的江东又是世家大族实力雄厚之地，顾贺周薛等家族从东吴以来就扎根于此。在天下即将大乱之际，这些江东士族就在考虑如何应对即将来临的危机一事，他们首先选择了平定石冰叛乱的庐江陈敏作为首领，但因为对陈敏的实力和起兵方针抱有疑虑，又将其抛弃，选择了迎接南渡的司马睿。
但迎接司马睿的只是以顾荣为首的一部分江东大族，事实上一百多年后都还有江东人骂顾荣引晋室南渡这件事，恨不得要挖了他的坟墓。即使在当时，也有以义兴周氏为首的部分人在迎接司马睿后又感到后悔，随即发动叛乱。虽然叛乱失败，但迫于周氏一族的影响力，周勰等人也没有被追究。
在这种复杂局面下为了站稳脚，司马睿便更加倚重琅琊王氏的实力和才能，“王与马共天下”由此而来。琅琊王氏的王导在中枢掌政，王敦在上游的荆州掌兵，相对应地，司马氏的皇权显得很虚弱。
王与马，共天下
司马睿并不甘心于这种局面，开始重用提拔亲信刘隗、刁协、戴渊等人，并居以方镇，想要扶持他们作为对抗王氏的力量。结果这种行为引起了王敦的激烈反应，他便以清君侧为名发起叛乱，并成功争取到许多南渡士族和本地士族的支持。当王敦打到建康城下时，司马睿甚至提出将皇帝宝座让给王敦的请求。于是乎，司马睿对琅琊王氏的反抗失败了，刁协戴渊被杀，刘隗北投后赵，司马睿很快也忧愤而死。与之形成对比的是，为王敦打开建康城门周札却在死后被朝廷追赠卫尉。
但士族们并非无条件支持王敦，他们只是反对司马睿伸张皇权，削弱士族的行为。而当后来王敦再次造反，想要夺取皇帝宝座时，士族们便联合起来抵抗王敦。因为如果王敦成功上位，一家独大，他就会建立强势的皇权，这无疑是之前支持过他的人所反对的。
王导
为了打败王敦，晋明帝司马绍拉拢到了流民势力。在当时，除了衣冠士族纷纷南渡之外，还有大量的地方豪强和流民也逃到了南方。率领这些流民武装的首领叫做流民帅，具有较强的军事实力，这些人里实力最强、影响最大的便是祖逖。
流民势力的战斗力和北伐意愿都很强，流民帅出身的郗鉴、苏峻、祖约（祖逖之弟）、刘遐成为了平定王敦之乱的最大功臣。但东晋朝廷对流民帅具有极强的戒备心理，不但不让其进入朝廷中枢，甚至不准流民集团渡过长江，只能安家在江北，而江北的京口势力也由此形成。
东晋朝廷的顾虑自有其道理，流民帅有兵有地盘，与军阀无异。正当建立之初虚弱至极的东晋朝廷并没有制约流民帅的实力，两者的君臣关系也很薄弱，如果流民帅们在北伐中成功扩大了实力，反而会威胁到东晋朝廷。所以当祖逖提出北伐请求时，司马睿只是给了他一千人的粮饷和布三千匹，连人马和兵器都要祖逖自己去搞定，没有朝廷的大力支持，祖逖只能孤军奋战。人们常常叹息于祖逖的际遇，但没有考虑到东晋朝廷的难处，虽然祖逖是晋室忠臣，但他的家人后代未必是，一旦形成尾大不掉之势，后果极为严重，即使是祖逖本人，为了部众的生存，也没少干杀人越货的事。
祖狄北伐
事实上，在王敦之乱平定后不久，苏峻和祖约等立下大功的流民帅因为对待遇不满，也发动了叛乱。流民帅终究是让朝廷头疼的难题，朝廷既想要利用流民集团的军事实力，又不希望遭到其反噬。同时期的其他流民帅里，刘遐死后其部众从刘遐家族手里被剥夺，交给了另一流民帅郭默，刘遐的部下随即发动叛乱被杀，而郭默后来也因为和朝廷的矛盾而被杀。
在讨平苏峻之乱时立下大功的陶侃得到了上游的荆州，成为东晋最强的一股势力，他想要除掉王导，而其他士族却联合起来阻止了陶侃。这些联合起来的人未必和王导关系多好，有的甚至是政敌，他们所反对的只是非士族阵营的陶侃掌握大权。
于是，在陈敏、周勰、王敦、苏峻、陶侃等人纷纷退场后，士族们完全掌握了东晋的军政大权，形成了相对稳定的形势。在这个环境里，皇权极度衰落，和司马睿一同南渡形成“五马渡江”典故的其他四个宗室成员，被士族门阀或杀或废，几乎毫无尊严。但士族并非一个团结稳定的群体，他们在内部会有斗争，上位的家族也有流动，凭借的是各自家族的门望、人才和际遇。
在明帝时期上位的颍川庾亮在和王导对峙十几年之后，两人相继去世，而庾亮的弟弟们和王导的侄子王允之则代替他们继续争斗。终于在庾氏兄弟和王允之也跟着去世后，失去人才储备的王庾两家也无法再掌握执政大权了。
而在这样的对峙当中，上层人士里所形成的玄学盛行的氛围也造成了恶劣的影响。玄学本非经世之学，其内核崇尚虚无和遁世，在这股风气浸染下的士族高门被称之为“居官无官官之事,处事无事事之心”，已经难当重任。他们没有实际才干，坐在高位上无所事事自称向往隐逸，坐拥大量田宅却自称不慕钱财，其矫情程度和现在的富豪们娶得娇妻后却自称脸盲有的一比。
同为门阀士族的庾翼称杜乂殷浩等玄学名士只适合束之高阁，何充也称如果没有自己这样的人处理政事，王濛刘恬等辈根本无法生存。门阀士族中真正掌握朝政大权的王导、庾亮、谢安等人无不在玄学之外具有儒学造诣，这就形成了一个矛盾螺旋：士族想要保持家门不坠就必须搞玄学，但搞玄学容易把人搞废，人被搞废后难当重任，失去人才支撑的名门便逐渐陨落。
王羲之
这种氛围下形成了永和名士团体，他们聚在一起放歌游玩，奢侈放纵，沉溺享乐，除了书法和酒量之外几乎一无是处。这期间即使北方的后赵发生了大乱，东晋也没有北伐的意愿。蔡谟在石勒死后反对朝廷出兵，王羲之劝朝廷放弃长江以北的全部领土，孙绰也在桓温收复洛阳时阻止朝廷迁都。他们希望维持现有的局面，不希望被北伐打破这样的平衡。而北伐也常常被有心者利用，拿来当做政治斗争的旗号，庾翼就曾借北伐的旗号命曾协助祖逖北伐的桓宣进攻后赵，在其战败后又趁势将其贬官并夺走军权。而站在东晋皇室的角度，他们无力号令士族并领导北伐，只能任其摆布。要打破这一局面，需要出现一位军政方面都强势的人物来整合朝野，完成北伐，于是桓温便横空出世了。
桓温的父亲桓彝在南逃士族里身份和势力都不算出众，他努力出入名士集团，又凭借在平定王敦之乱和苏峻之乱中立功而使得桓家在东晋朝廷里有了一席之地。在王庾两家势力衰退之后，桓温凭借其才能和功绩掌握了上游势力，成为最强的门阀。桓温虽然没什么玄学造诣，但他属于士族阶层的一员，其行为也完全遵从东晋自建国以来的政治规则，没有太出格的地方，连废立皇帝也是按照正常程序走的。
桓温
桓温在中原大乱时想要北伐，并想方设法逼迫朝廷让自己出兵，却是先引诱朝廷派殷浩等人从扬州出击，待其失败后再按正常程序罢免殷浩，然后才自己发兵。桓温的这种模式毫无疑问难以把握有利的时机，同时他也没有整合整个东晋的实力，在他出兵北伐时，后方朝廷都巴不得他战败，防止其建立太高的功勋，桓温所能调用的只有上游地区的兵力和物资。同时，桓温的性格和所处的局势也使得他在军事上经常显得犹豫不决，想要保存实力以作为政治筹码。虽然桓温出师关中时，百姓纷纷箪食壶浆以迎王师，但缺乏魄力的桓温却辜负了百姓们的热情，也得不到奇才王猛的追随。
王猛
三次北伐令桓温几乎掌控了整个东晋的军事力量，但缺乏魄力的桓温耗费了25年才完成这一目的，同时枋头之战的大败损害了桓温的声望，寿命的限制和王谢等士族在中央的抵抗也使得桓温最终没能迈出称帝那一步。桓温终究无法打破东晋的局面，成为改变历史进程的人。
这期间简文帝司马昱一度打算在遗诏里给桓温自立的权力，但被王坦之所阻止，王坦之称晋朝的江山是宣帝（司马懿）和元帝（司马睿）所建立，司马昱有什么资格将其拱手让人。如果说几十年前的司马睿面临王敦时尚有让出皇位的权力，那如今的司马昱连退位让贤都需要经过士族同意才行。
桓温死后，其家族渐渐退出了下游地区，和新崛起的陈郡谢氏共同掌控东晋。此时北方已经迈向统一，东晋朝廷几十年无事的偏安生活暂告段落，前秦成为东晋的最大敌人，东晋的主要矛盾从内部转移到了外部。
这期间执政的谢安和桓温的弟弟桓冲携手并力，开始合作对抗苻坚。谢安让一族中才能最优秀的侄子谢玄整合京口的流民集团，组建起了战力强悍的北府兵。最终在桓谢的合力之下，苻坚惨败于淝水，东晋在这场生死大战中大获全胜。
谢安
然而，事情却并非那么简单。谢安在史书中总是以优雅闲适的姿态出现，但纵观谢安一生，却总是生活在一种十分艰难的处境里。谢安原本是家族中的隐逸者，因兄长的相继去世，为了维持家族的影响力才选择出山。他在出仕后，在没有掌兵的情况面对实力强大的桓温苦苦维持东晋朝廷，终于成功拖到了桓温去世。刚松口气，面对的又是统一北方的前秦威逼。在这期间，谢安还努力培养家族中的优秀人才。
陈郡谢氏的门风在东晋门阀中显得很独特，王庾桓氏都以权逼主上，排斥异己著称，而谢氏却讲究谦退。谢安并不愿意自己的家族功高盖主，成为出头鸟，他在教育家族中的晚辈时，曾说他们何必去干预人事，让自己家族繁盛。所谓干预人事，指的便是觊觎晋室。而谢玄回答，“譬如芝兰玉树，欲使其生于庭阶耳”。意思是自己想要成为生于庭阶的芝兰玉树，既能不预人事，又能枝繁叶茂，谢安对其尤为赞许，谢家的政治意向由此可见一斑。
于是在谢安的执政下，司马皇室的权力开始恢复。后人在讲述淝水之战时，常常着重描述东晋内部的团结，实际上谢家在前方努力抗敌时，孝武帝司马曜却赋予了弟弟司马道子录尚书六条事的权力，分走了谢安的一部分职权。
淝水的胜利让谢安在大喜过望的同时，也让其感到忧虑。如果换成是桓温，他会好好利用淝水所带来的威望，让自己在政治上更进一步。但谢安和桓温不同，他既担心自己因为全据淝水之功而得罪上游的桓冲，又担心功高震主引起司马曜的猜忌，因而焦虑不安。
加上司马曜也是多疑之人，结果就是，淝水之战后谢安居然没有得到半点赏赐，为了防止谢安叔侄趁机扩大影响力，东晋朝廷也没有下令趁势北伐。司马曜对谢氏的防备日益加深，谢安在宴会上听桓伊唱道“为君既不易，为臣良独难”时甚至泪落沾衿。
桓冲在前秦败退后收复了梁益二州，但由于自己很快去世，西线的北伐随即结束，桓氏也由此衰落。由于司马曜的猜忌，东线直到淝水之战结束一年后才在谢安的屡次上书下正式发起北伐，此时前秦大乱，北方没有可以与东晋一争高下的政权，以北府兵的强悍和谢玄的善战，按理说东晋具备了统一北方的实力。事实上谢玄一方的战事也非常顺利，所到之处几乎望风而降，一口气收复了兖、青、司、豫四州。但谢安因为不受信任已经被踢出了朝廷，谢玄也担心自己功劳太高而心怀忧惧。于是刘牢之在邺城战败后，东晋马上下令退兵，完全不顾前秦在河北之地爆发了翟辽和慕容垂的叛乱，正是有利时机。谢玄这时自请交还全部官职和兵马，也得到了朝廷的许可。
谢玄
谢安和谢玄于不久后便去世，加上之前的桓冲，两大门阀一同衰落，东晋的皇权终于得以建立。
然而，司马曜并非明君，淝水之战后外敌的消失使得东晋君臣再次陷入了自身的内斗，司马曜和弟弟司马道子的关系从亲密合作变得紧张起来。同时，太原王氏作为新的门阀士族代表成为了皇权的附庸，司马曜的皇后和司马道子的王妃分别来自王氏的不同支属，王氏也因为二者的斗争而分裂。太原王氏的情况，象征着门阀势力压制皇权的时代已经过去了。
司马曜死后，太原王恭作为司马曜的亲信继续和司马道子进行着斗争，双方甚至兵戎相见。但无论王恭也好，司马道子也好，都没有根基深厚的军事力量，于是在淝水之战立下大功的北府兵作为重要势力登上政治舞台。其首领刘牢之宛如汉末时的吕布，被多方拉拢，又缺乏自身的政治立场，因而朝三暮四，先背叛王恭投靠司马道子，后又背叛司马道子投靠桓玄。虽然刘牢之与北府兵已经成为东晋政坛的关键力量，但次等士族的出身使得刘牢之并不受到门阀士族的另眼相待，他个人也在兵权被桓玄夺取后落得个自缢而死的下场。
另一方面，在东晋政坛中得不到出头机会的其他次等士族如孙泰借道教势力企图抬高自身地位，但没有成功，因而关系亲近的孙恩卢循徐道覆等人随即发动了起义。不久，北府兵征战中所孕育出的终极战士刘裕也在桓玄篡位后选择起兵。最终在孙恩和刘裕等人所燃起的大火之下，东晋王朝化为了灰烬。
刘裕