生信技能树公众号2017年优秀教程

一般不轻易发目录， 但是近半年招了一个实习生，并不是很愿意深入学习生物信息学，只好给她一个生信技能树公众号目录整理的工作，大材小用，我也很无奈。所以如果大家再应聘我的实习生，请务必三思而后行：实习职位发布-可能是改变你人生的机遇

• 用gnomDB数据库对个人vcf变异文件进行过滤

• 用wget下载需要用户名和密码认证的网站或者ftp服务器文件

• 生信基础知识100讲

• 第一次看到如此原始的绘图代码

• UCSC xena 浏览器才是最简单的TCGA数据下载途径

• 正态分布为什么常见？

• 还是用RSeQC对比对后的转录组数据做一下质控

• 多个探针对应一个基因，取平均值或者最大值

• 四个公共scRNA-seq来测试算法

• 一定要知道为什么吗？

• 人类研究中的管家基因

• 幸运的你，可以看到一个网页工具是如何开发成功的

• 不同物种的同一个基因的对应关系

• 科研小鼠的参考基因组

• 四步把实验室服务器搬回家

• lncRNA数据分析传送门

• 用Expedition来分析单细胞转录组数据的可变剪切

• RNA测序究竟有多可靠呢

• 生信人的linux考试

• 使用SGSeq探索可变剪切

• 蛋白质组学数据一般共享在proteome xchange网站

• 一文读懂3D基因组之Hi-C及其数据处理

• TCGA数据库里面的乳腺癌样本RNA-seq数据是配对的有哪些？

• linux命令行文本操作一文就够

• linux系统环境变量一文就够

• R语言的最好资源，一个就够！

• 转录组的高级分析前该如何标准化数据？

• 单细胞转录组数据处理综述

• 伸出我的小脚，将TCGA轻轻绊倒，然后叉腰哈哈笑

• 甜过初恋！这次是真的批量做TCGA的生存分析

• TCGA ID 转化的小插曲

• 癌症研究里面的Keynote计划

• 无root权限编译R语言，或许只是一个体力活

• 转录组入门（mac 版本）

• 利用conda布署生物信息分析环境

• 我的第一R包- 生信配置文件大全

• 【Python版】 极简单方式实现 Circos

• WES技术找突变的黑名单

• SNPedia.com网站公布的10个最火热的snp位点

• 使用cnvkit来对大批量wes样本找cnv

• TCGA数据下载方式小结

• 遗传资源数据库专题-gnomAD

• 使用GATK合并比较多个vcf文件

• snakemake搭建生信分析流程

• 三阴乳腺癌更具侵略性

• 乳腺癌研究的PAM50介绍

• 乳腺癌分子分型

• 拟南芥的差异分析结果注释

• 如何做好一个版主-系统性的整理一个领域资料

• 我如何参与生信技能树论坛建设

• 机器学习算法之随机森林的R语言实现-表达芯片示例

• linux 命令中英文对照，收集

• illumina不愧是二代测序无冕之王

• 试一下我的差异分析软件

• 肿瘤配对样本用varscan 做cnv分析

• 我是如何学习Gene Fusion分析的

• R语言入门学习路径+资源集(生信篇)

• 生信菜鸟团-专题学习目录(2)

• 卫生部干部的2017年全国肿瘤体细胞基因突变NGS评价数据

• 单个样本NGS数据如何做拷贝数变异分析呢

• WES的CNV探究-conifer软件使用

• 生信工作资讯速递—不会编程的生物狗不是一个赚钱小能手

• 根据比对后的bam文件来计算外显子的RPKM

• 菜鸟团OR技能树

• 一个垃圾实验室的博士生李勤奋的日常

• 从fasta序列里面模拟测序的reads走SNP-calling流程

• 如果你希望我回答你的问题

• 生信培训学员请注意

• 人类历史上最伟大的4个苹果，其中一个跟你有关

• 学员分享-Chip-seq 实战分析流程

• 人类历史上最伟大的4个苹果，其中一个跟你有关

• linux和shell思维导图的分享

• 请品鉴我的vim配置

• Jimmy带你二天二夜撞破生信初学者的大门

• 为什么我们要做线下培训

• R语言数据分析及绘图专题研讨会

• 四十而不惑：DNA测序技术前世今生和未来

• 我适合做近视眼手术吗？【直播】我的基因组88

• 从GATK流程转为Sentieon流程需要注意的细节

• 史上最快的转录组定量流程

• TCGA及SEER公共数据库挖掘与应用学习班

• 生物学家应该这样学R绘图-视频，数据，代码全公开

• 文献搜索与电子书搜索下载网站

• 为什么我要写作

• 祝每一个知识分享者生日快乐

• 你为什么要写博客/公众号/论坛

• 肿瘤信息学小case哟~

• 我为什么要写博客-青山屋主

• GATK中文社区招募-第一波

• 洲更在生信媛的200天里

• 生信工作资讯速递 —— 国庆将至，看个资讯庆祝一下

• 我为什么要写博客？-panda姐

• 我为什么要写博客？

• 你真的需要上T资源塞满硬盘吗？

• 如果你要买服务器，请选择……

• 肿瘤空间异质性探究

• 5款流行比对工具大比拼

• 生信蓝领，一个不舍得分享的高通量数据分析框架

• 我为什么开通博客？

• 肿瘤全外显子测序数据分析流程大放送

• 生信从业4年的一些感悟

• 听说你需要编程练习题？

• 对生信的一点点认识和反思

• 一文学会WGCNA分析

• NCBI（美国国家生物技术信息中心）的资源架构（下篇）

• 如果有一个新的服务器你会做什么？

• 批量获取指定多个学者已发表的科研文章

• 组装苹果笔记本

• 好书分享】如何系统用R学习统计学？

• 比对NR库看看物种分布【直播】我的基因组88

• 探究某个基因的外显子覆盖度情况【直播】我的基因组87

• 450K甲基化芯片数据处理传送门

• 基因组重测序的unmapped reads assembly探究 【直播】我的基因组86

• 用python编写验证码

• Centos 下非 Root 安装 Microsoft R Open

• TCGA计划的4个找somatic mutation的软件使用体验

• 下载TCGA所有癌症的maf文件做signature分析

• 下载TCGA所有癌症的maf文件计算TMB

• wegene芯片扩展位点跟WGS比较

• 宏基因组文章目录(9月1日更新

• Pecan Data Portal 系列教程（一）

• NCBI（美国国家生物技术信息中心）的资源架构（中篇）

• 七夕刚过，bioconda中国镜像来临

• 什么！生信技能树居然要进军婚介领域

• 师妹 你要的都在这里了

• 安装snpEFF工具并对VCF文件进行注释【直播】我的基因组85

• 浙大植物学小白的转录组笔记

• 从WGS测序得到的VCF文件里面提取位于外显子区域的【直播】我的基因组84

• 亚马逊云教程7：安装支持GPU的TensorFlow

• WES分析七步走

• 生物信息学常见1000个软件的安装代码

• 不知道该写些什么

• 亚马逊云教程6：创建启动AMI，设置Cloud Watch

• NCBI（美国国家生物技术信息中心）的资源架构（上篇）

• 是学习？还是应付？

• ChIP-seq基础入门传送门

• 表观组学小组长有话说

• 计算资源及编程-仅针对生信人员

• R语言中的排序，集合运算，reshape，以及merge总结

• 不编程就能完成差异表达分析

• 一个MIT的博士要离开学术圈，结果······

• 生信小白的RNA-seq实战历程

• 人生苦短，你还没学Python？

• 转录组入门传送门

• 【新书速递】利用Python进行数据分析（第二版）

• 离开了我，生信技能树照样茁壮成长！(下)

• 离开了我，生信技能树照样茁壮成长！(上)

• 如何下载注释文件并查看基因结构

• 污力导读：伯克利大学遗传统计课程

• 我的小青涩搭讪

• 数据库一网打尽：不会编程又怎样，还不照样拿课题发文章！

• 看历史记录麻烦，号内搜索送给你！

• 如何快速入门生物信息学

• 如何得到贵人相助

• 得到一个物种所有基因的TSS(转录起始位点)区域的bed文件。

• 对bed格式的基因组区间文件进行基因注释

• 使用IGV看序列比对情况

• 生信工作咨询速递-民以食为天，生信大法好

• 如何选择聚类模块数目

• 谁能告诉我，这数据测毁了么？

• （伪）从零开始学转录组（5） 序列比对

• 五毛的分子生物学基础知识

• 批量IGV截图【直播】我的基因组83

• 亚马逊云教程5：安装TensorFlow，运行MNIST

• 生信工作咨询速递-怎么又是single cell？

• 亚马逊云教程4：安装Anaconda，多python环境，运行jupyter notebook

• 我的第一次ChIP-seq实践

• 史上最全Git使用手册

• github极简指南

• 肿瘤免疫治疗有效人群如何区分？

• 高通量数据下载还能这样操作?

• GSEA的统计学原理试讲

• 用GSEA来做基因集富集分析

• 批量运行GSEA，命令行版本

• 宏基因组学入门四部曲之"研究微生物，只靠多组学根本不够！"

• 宏基因组学入门四部曲之初识

• 宏基因组学入门四部曲之向前一步

• 宏基因组学入门四部曲之《Assembling the microbial dark matter》阅读笔记

• 定制化餐饮，你值得拥有！

• 我学会docker啦！希望你也可以学会

• 用DEXSeq分析可变剪切，外显子差异表达

• 单细胞测序

• 中药复方SCI如何突破5分大关

• 亚马逊云教程3：文件传输，扩大存储，S3，快速输入命令

• 生信工作资讯速递-single已成潮流

• 基因的counts矩阵转换为RPKM矩阵

• 为什么sort,cut的列失效了

• RNA-seq数据分析指南

• 一年已经过去一半，任务完成多少了？

• GATK best practice每个步骤都是必须的吗？

• 读 Jimmy 前辈的《Chip-seq 实战分析》后感：新司机驾考不完全指南

• 亚马逊云教程2：新建用户，sudo权限，安装软件

• GATK best practice每个步骤耗时如何？

• 亚马逊云教程1：云是什么，创建并连接EC2

• 安心做个学渣渣不好嘛？

• 【直播】我的基因组 38：我得了艾滋病？我是暴躁狂？

• 【直播】我的基因组 37：gwas研究结果在我身上得到了验证

• 【直播】我的基因组 36：这些可能是somatic突变的位点究竟是什么？

• 生信菜鸟团博客2周年精选文章集(8)我录制的生信学习视频

• 生信菜鸟团博客2周年精选文章集(7)我的生信资源共享

• 生信菜鸟团博客2周年精选文章集(6)三个最基础生信软件教程

• 生信菜鸟团博客2周年精选文章集(5)seq-answer和bio-star论坛爬虫

• 生信菜鸟团博客2周年精选文章集(4)NCBI数据库的几个探索

• 生信菜鸟团博客2周年精选文章集(3)博客的全半角中英文标点符合的bug

• 生信菜鸟团博客2周年精选文章集(2)wordpress的代码高亮

• 生信菜鸟团博客2周年精选文章集(1)建立个人博客很简单

• (16)芯片探针与基因的对应关系-生信菜鸟团博客2周年精选文章集

• (15)基因组各种版本对应关系-生信菜鸟团博客2周年精选文章集

• (14)不同基因坐标转换-生信菜鸟团博客2周年精选文章集

• (13)Hg19基因组的一些分析-生信菜鸟团博客2周年精选文章集

• (12)一些QC软件教程-生信菜鸟团博客2周年精选文章集

• (11)仿写bowtie-生信菜鸟团博客2周年精选文章集

• (10)仿写fastqc-生信菜鸟团博客2周年精选文章集

• (9)最开始入门的测试数据-生信菜鸟团博客2周年精选文章集

• 【直播】我的基因组39：从bam中提取我们的原始测序数据

• 【直播】我的基因组 42：不同lane的variation的比较

• 【直播】我的基因组 40：不同lane的bam文件的比较

• 【直播】我的基因组 41：按照不同的lane来call variation

• (20)一个WES实战-生信菜鸟团博客2周年精选文章集

• (19)一个affymetrix表达芯片实战-生信菜鸟团博客2周年精选文章集

• (18)一个mRNA-seq实战-生信菜鸟团博客2周年精选文章集

• (17)一个ChIP-seq实战-生信菜鸟团博客2周年精选文章集

• 【直播】我的基因组 43：简单粗糙的WGS数据分析流程

• 做过1000遍RNA-seq的老司机告诉你如何翻车

• 男性福音：吾射不亦精乎？

• 【直播】我的基因组 44:比对文件画profile和heatmap图

• SNV突变(96种)频谱的制作

• 【直播】我的基因组47:测序深度和GC含量的关系

• 【直播】我的基因组47:测序深度和GC含量的关系

• 【直播】我的基因组48:我可能测了一个假的全基因组

• 【直播】我的基因组46:SNV突变(96种)频谱的制作

• 【直播】我的基因组49:Y染色体的SNV不能用常规流程来找？

• 【直播】我的基因组51:画全基因范围内的染色体reads覆盖度图

• 直播】我的基因组50:从测序深度和位点间距来看SNV分布情况

• 标准TCGA大文章需要哪些数据？[赠重磅资料]

• 【直播】我的基因组52：X和Y染色体的同源区域探索

• 【直播】我的基因组53：几个找变异的软件的效果比较

• 【直播】我的基因组54：把我的variation跟dbSNP数据库相比较

• 如何通过Google来使用ggplot2可视化

• 用谷歌搜索来使用ggplot2做可视化（下）

• 【生信菜鸟经】教你如何轻松入门Linux

• 十分钟学会python编写小游戏

• 【生信菜鸟经】漫谈如何跨越摆在生信入门路上的三大障碍

• 生信菜鸟经】如何系统入门R语言

• R包终极解决方案

• 【生信菜鸟经】如何系统入门Perl

• 生物信息学技能面试题(第1题)-人类基因组的外显子区域到底有多长

• 【直播】我的基因组55：简单的PCA分析千人基因组的人群分布

• 生物信息学技能面试题(第2题)-探索人类基因组序列

• 【直播】我的基因组56：探索遗传起源

• 生物信息Python从入门到精通

• 生物信息学技能面试题(第3题)-探索人类基因组注释文件

• 【直播】我的基因组57：最简陋的祖源分析

• 没有自己的服务器如何学习生物数据分析（上篇）

• 生物信息学技能面试题(第4题)-多个同样的行列式文件合并起来

• 【直播】我的基因组58：用R包SNPRelate来对我的基因型跟hapmap计划数据比较

• 生物信息学技能面试题(第5题)-根据GTF画基因的多个转录本结构

• 没有自己的服务器如何学习生物数据分析（下篇）

• 生信技能树转录组板块学习小组招募启事

• 我羡慕他们可以尽情地分享知识[友情宣传]

• 数据科学家的成长之路

• 生物信息学技能面试题(第6题)-下载最新版的KEGG信息，并且解析好

• 【直播】我的基因组59：把我的数据伪装成23andme或wegene的芯片数据

• 为什么要休学出国走间隔年

• 出国需要什么英语水平呢？

• 没有可能达到合作共赢的局面吗？

• 初入马来西亚

• 在马大的三天

• 马来电话卡和银联异国取款汇率

• [有偿专区]随机抽样批量做差异分析

• 客串导游带朋友上云顶

• 异国第一难之求医问药

• 用GenePred注释文件进行数据分析

• 生信编程直播第七题：写超几何分布检验！

• 在马六甲养病的日子

• 新山怡保两城游

• 槟城下

• 槟城上

• 金马伦，真正的背包客

• 说一点跟超几何分布检验无关的事情

• 不在一个维度讨论-对不起Y叔

• 生信编程实战群，开讲啦~

• 刺客信条：暴力基因和基因记忆真的存在吗？

• 起初听到这个，我是蒙圈的

• 我想起来了儿时一些好玩的事情

• 悲剧的兰卡威之行

• 【直播】我的基因组59：CNV初步探索

• 【直播】我的基因组61：scalpel软件找indel

• 马来西亚花费总计

• 【直播】我的基因组62：用Delly检测SV

• 【直播】我的基因组63：wegene芯片跟二代测序的简单比较

• [有偿专区]TCGA 预后作图

• OMIM使用简要说明【论坛精选优秀帖】

• 表达矩阵可视化大全

• ID转换大全

• 生信编程直播课程优秀学员作业展示1

• 【直播】我的基因组64：用gwas来预测健康风险

• 闲扯老爸教出大物理学家

• 生信编程直播课程优秀学员学习心得及作业展示3

• Jerry Zucker的在他回母校演讲分享的的5个人生经验

• 生信编程直播课程优秀学员作业展示2

• 生活大爆炸已经第10季啦

• Python 3 reference/cheat sheet

• 生信编程直播第0题-生信编程很简单！

• 使用阿里云+Docker分析RNA-Seq与ChIP-Seq

• 师兄和他的生信故事

• 想炼成顶级生信科学家，本科是学生物好还是学计算机好呢？

• 【直播我的基因组66：大多数性状往往是多个基因控制的

• 我测试了一下Jbrowse的安装及初步试用

• 直播】我的基因组64：clinvar数据库

• WashU EpiGenome Browser使用教程

• 【直播】我的基因组65：看看哪些基因的突变较多，哪些较少

• y叔的ChIP-seq数据分析大礼包

• 【肠道菌群干货大礼包】免费送16s分析流程送产品试用

• 用R语言做逻辑回归

• 中国制造:碉堡的TCGA可视化网站GEPIA

• 一个标准的基因检测报告目录

• 肠道微生物检测产品中奖名单

• 假如你租了一间房，为了安全~~~

• 生信编程直播第9题-根据指定染色体及坐标得到参考碱基

• 生信主管应该了解的十个Linux知识点

• 北大谢晓亮组又更新了他们的单细胞全基因组扩展方法

• 生信编程直播第10题：根据指定染色体及坐标得到位置信息

• WGS,WES,RNA-seq组与ChIP-seq之间的异同

• WGS,WES,RNA-seq组与ChIP-seq之间的异同

• RNA-seq老司机领读转录组结题报告

• 【直播】我的基因组69：一个标准的基因检测报告目录

• 直播】我的基因组68：看看哪些基因的突变较多，哪些较少

• 【直播】我的基因组67：clinvar数据库

• 【直播我的基因组66：大多数性状往往是多个基因控制的

• 【直播】我的基因组65：什么性状一定是由单个基因简单决定的？

• 【直播】我的基因组70：比对文件并不能完美的还原出测序文件

• 【直播】我的基因组71：WGS流程可以有多复杂

• 马尔代夫攻略

• 【直播】我的基因组72：把基因检测芯片数据转为vcf格式

• 生信编程直播第11题：把文件内容按照染色体分开写出

• 【直播】我的基因组73：在IGV看看indel是啥样子

• 直播我的基因组分析-目录-持续更新

• 【直播】我的基因组74：快速给测序reads比对到物种

• 【直播】我的基因组75：为什么我的血液里面有这些菌？

• 方差分析-最全

• 【直播】我的基因组76：用krona对血液全基因组的菌比例可视化

• 生信编程直播第12题：json格式数据的格式化

• 【好书分享】生信技能学习指南

• 一篇文章学会ChIP-seq分析（上）

• 一篇文章学会ChIP-seq分析（下）

• 【直播】我的基因组77：批量计算每个蛋白编码基因的测序深度及覆盖度

• 解惑帖：我可能测了一个假的全基因组

• 直播】我的基因组78：简单解析一下蛋白编码基因的测序深度及覆盖度

• 【直播】我的基因组79：为什么这些基因的覆盖度如此之低？

• 史上最全workshop-关于NGS数据处理的-所有ppt可以下载

• 【直播】我的基因组80：为什么有些基因的内部测序深度差异如此大

• 斯坦福大学的暑期小课程-用bioconductor做统计分析

• 直播我的基因组分析-目录-持续更新

• 生信技能树精品文章合集-持续更新

• 一篇文章学会miRNA-seq分析

• 台湾長庚大學的NGS课程

• 【直播】我的基因组81：看看我的vcf文件的vaf分布情况

• 不可不知的基因组版本对应关系

• NGSchool的2016 Workshops -也非常全面的ppt

• 【直播】我的基因组82：如何对maf格式的突变文件统计vaf

• 英文不好的孩子看这里

• 一层一层的剥开你的圈

• 都可以批量做生存分析了，还要网页工具干嘛？

• 如果你希望我回答你的问题

• 答读者问第一弹:R里面差异分析的limma包用法细节

• MIT课程用R进行数据处理Data Analysis for the Life Sciences

• 生信工作资讯速递，一年一套房，年薪百万

• RNA-seq 检测变异之 GATK 最佳实践流程

• 约翰·霍普金斯大学的Bioconductor学习课程

• 生信工作资讯速递-听说懂实验的生信工程师很受欢迎哦

• 一个全基因组重测序分析实战

• 不测基因组也能推测你的身高体重等表型

• hpv病毒基因研究调研

• 生信工作资讯速递-陪我到费城的街头走一走

• 抽丝剥茧：生信初学者如何快速组装一台高性价比的服务器？

• 从黑暗走向光明：Python包安装进阶之路

• 好书分享】转录组分析实战指南

• perl模块安装大全

• 生信工作资讯速递-如何翻译Research Fellow

• 如何能跻身最富有的1%？

• KEGG富集分析从未如此简单

• 全球无创癌症检测市场大调研(2nd Edition), 2017-2030

• 生信工作资讯速递-喜大普奔，终于被我找到国内公司了

• 你值得拥有的测序名解

• 生信工作资讯速递-U盘花落谁家，昆士兰来势汹汹

• ChIP-seq实战分析

• TCGA数据挖掘系列文章之-pseudogene假基因探究

• 2016-TCGA数据挖掘系列文章之癌症男女差别探究

• 如何系统入门linux？

• 生信技能树开张啦！

• 生存分析的统计学探究

• 差异分析的统计学本质探究

• 【直播】我的基因组（一）:直播的目的及意义

• 【直播】我的基因组（二）：科研和临床分析调研

• 【直播】我的基因组（三）：抽血送样测序

• 【直播】我的基因组（四）：计算资源的准备

• 【直播】我的基因组（五）:测试数据及参考基因组的准备

• 【直播】我的基因组（六）:变异位点注释数据库的准备

• 【直播】我的基因组（七）:从整体理解全基因组测序数据的变异位点

• 直播】我的基因组（八）:原始测序数据质量报告

• 【直播】我的基因组（九）:拿到数据后要做的事情

• 【直播】我的基因组（十）:测序数据质量控制

• 直播】我的基因组（十一）:测序数据的比对

• 【直播】我的基因组（十二）:先粗略看看几个基因吧

• 直播】我的基因组（十三）:了解sam格式比对结果

• 【直播】我的基因组（十四）:bam文件给按照染色体给分割成小文件

• 直播】我的基因组（十五）:提取未比对的测序数据

• 【直播】我的基因组（十六）:提取左右端测序数据比对到不同染色体的PE reads

• 【直播】我的基因组（十七）:初步分析一下multiple mapping 的情况

• 直播】我的基因组（十八）：初步分析PCR duplication的情况

• 【直播】我的基因组19：根据比对结果来统计测序深度和覆盖度

• 【直播】我的基因组20：覆盖度详细探究

• 【直播】我的基因组22：用IGV查看具体某个位点是否变异

• 【直播】我的基因组21：为什么我算出的染色体覆盖度与公司差异甚大

• 【直播】我的基因组24：用GATK对SAM格式的文件进行重排

• 【直播】我的基因组23：对比对结果文件进行过滤

• 【直播】我的基因组25：用bcftools来call variation

• 直播】我的基因组26：GATK的realign对最后的结果影响到底有多大

• 【直播】 我的基因组27-先简单统计一下全基因组变异情况吧

• 【直播】我的基因组28-必须要理解vcf格式记录的变异位点信息

• 【直播】我的基因组 29：统计1000 genome hom-het ratio

• 【直播】我的基因组 35：bam格式转化为bw格式看测序深度分布

• 直播】我的基因组 34：Qualimap对比对好的bam文件进行统计及可视化

• 【直播】我的基因组 33：用samstat软件对sam文件做统计

• 【直播】我的基因组 32：使用annovar注释vcf

• 【直播】我的基因组 31：vcf文件标记dbSNP的rsID号

• 【直播】我的基因组 30：使用软件把变异分类—添加tag