服务器被关机，不妨试试看用你的Mac电脑跑NGS流程
前面我在生信技能树提到过：没有docker我真的不想动这样的生信软件，引起了很多生信工程师的共鸣，大家基本上都在软件安装方面踩坑过，都是泪。在生信菜鸟团也有关于生物信息学环境搭建的讨论
https://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/ https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
# 使用bash Miniconda3-py38_4.8.2-MacOSX-x86_64.sh即可安装，全部默认即可
# 在mac电脑，安装成功之后需要 source .bash_profile 激活conda
.condarc 文件。Windows 用户无法直接创建名为 .condarc 的文件，可先执行 conda config --set show_channel_urls yes 生成该文件之后再修改。修改后的内容如下：- defaults
show_channel_urls: true
channel_alias: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda
default_channels:
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
custom_channels:
conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
simpleitk: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
.condarc 的文件，也不知道如何修改文件，也可以使用命令：conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
.condarc 的文件。pip install pip -U
pip config set global.index-url https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
# 接下来安装任何python包，都是一句话解决战斗
pip install multiqc
学徒第1月，基础知识介绍掌握：文档链接：https://mubu.com/doc/38tEycfrQg 密码：vl3q 学徒第2月，RNA-seq数据分析实战训练：文档链接：https://mubu.com/doc/38y7pmgzLg 密码：p6fo 学徒第3月，WES数据分析实战训练：文档链接：https://mubu.com/doc/1iDucLlG5g 密码：7uch 学徒第4月，ChIP-seq数据分析实战训练：文档链接：https://mubu.com/doc/11taEb9ZYg 密码：wk29
source activate rna
# source deactivate
# conda install -y -c bioconda fastqc multiqc trim-galore bwa samtools bedtools deeptools qualimap
### 到这里就已经有 1.9G了，感觉有点尴尬，如果拿到笔记本电脑空间不够
conda install -y salmon star hisat2 bowtie2 rsem subread -c bioconda
# 相应的conda子环境里面 perl/python/R 都被改变了。
conda activate lncRNA
conda install -y -c bioconda hisat2 stringtie samtools fastp gffcompare
# conda search gffcompare
mkdir 0.qc 1.raw_fq 2.clean_fq 3.hisat2_bams 4.stringtie_gtfs 5.lncRNA
index=/home/jmzeng/reference/genome/pig/pig_hisat2
gtf=/home/jmzeng/reference/genome/pig/Sus_scrofa.Sscrofa11.1.99.chr.gtf
fastp -i 1.raw_fq/${id}_1.fastq.gz \
-o 2.clean_fq/${id}_1.fastp.fq.gz \
-I 1.raw_fq/${id}_2.fastq.gz \
-O 2.clean_fq/${id}_2.fastp.fq.gz \
-l 36 -q 20 --compression=6 \
-R ${id} -h ${id}.html
fq1=2.clean_fq/${id}_1.fastp.fq.gz
fq2=2.clean_fq/${id}_2.fastp.fq.gz
hisat2 -p 4 -x $index -1 $fq1 -2 $fq2 | \
samtools sort -@ 4 -o 3.hisat2_bams/$sample.bam -
stringtie -p 4 -G $gtf \
-o 4.stringtie_gtfs/$sample.gtf \
-l $sample 3.hisat2_bams/$sample.bam
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