当基因编辑遇上自动化工作站
基因编辑技术是指能够对目标基因进行定点“编辑”,例如片段插入、缺失,碱基定点编辑等,实现对特定DNA片段的修饰。
目前的基因编辑工具主要有锌指核酸酶(ZFN)、转录因子激活样效应物核酸酶(TALEN)和规律间隔成簇短回文重复序列(CRISPR/Cas)等技术。CRISPR/Cas系统由于其精准、简单、快速、成本低的特点,成为目前基因编辑使用最为广泛的技术。
以CRISPR系统为例,在使用CRISPR/Cas系统进行基因编辑过程中,需要gRNA来引导Cas蛋白对基因组进行切割,然后再通过供体两端的同源片段进行同源重组,或利用生物体自身的非同源末端连接进行修复。
无论使用哪种工具进行基因编辑,都需要构建载体,将基因编辑工具导入到细胞中,然后对细胞进行验证,筛选出被正确编辑的细胞。
以酵母细胞基因编辑为例:
构建载体过程包含了基因合成或扩增、基因组装、质粒转化、大肠杆菌培养、质粒验证、测序等步骤。然后将构建好的载体转入酵母细胞中,其中包含酵母转化、培养、克隆验证等步骤。
基因编辑流程长、步骤多、需要熟练的操作,耗费了科研工作者大量的时间和精力,往往是抬头看文献、低头做实验,实验虐我千百遍,我待实验如初恋。
如果可以将基因编辑使用的质粒像工业化生产线上的产品一样自动化生产,输入不同的基因片段,产出相应的质粒,然后再将其转入宿主细胞中进行基因编辑,将极大的提高科研以及研发效率,并且可以使科研人员从实验中解放出来,专注于实验的设计和数据分析。
基因编辑自动化流水线需要完成基因扩增、组装、大肠杆菌转化、克隆验证、质粒提取、质粒转染、宿主验证等多种实验操作,其中涉及多种仪器设备,如自动化液体工作站、酶标仪、克隆挑选机器人、培养箱、PCR仪、离心机、封膜机、撕膜机等。同时,需要一款强大的整合软件,进行仪器调度、资源分配、耗材统筹、数据管理,使实验过程更加的流畅。
Beckman Coulter自1986年生产第一台Biomek 1000自动化液体工作站开始,至今已有30余年时间,期间不断开发、创新,提升产品力,并拥有专业的整合部门,为客户提供个性化的整合方案。
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高通量编辑与筛选技术是指能够自动、快速、高效地针对合成生物进行基因编辑与筛选的技术。理性设计后对合成生物进行理性基因组改造和随机或半理性突变并进行高通量筛选是目前创建合成生物菌种的重要途径,是工业生物技术产业的基础。高通量编辑与筛选是传统诱变筛选和理性设计技术的现代化发展,利用先进的现代自动化技术和仪器分析技术实现传统的菌种创制过程的革命,具有自动化、标准化、高通量化等特征,大大突破了传统人力研究在速度、效率和标准化等方面的限制,是合成生物创制的一次技术革命。