白介素2的科研神器大礼包汇总

欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘,R语言,TCGA、GEO数据挖掘。


前言

此前笔者在小张聊科研、生信人、百味科研芝士、丁香园的科研论文时间等公众号分享过一些内容,主要包括以下几个方面:

  • 生信在线分析工具:适合生物信息背景的科研人员,能快速上手做一些简单的数据挖掘。

  • 生信文献解读 : 解读生信文献

  • 科研杂谈: 科研总是乏味,临床总是疲累,聊一些有趣的事。

  • R语言生信分析: 记录一些R语言的生信分析方法,代码等。

为方便读者阅读,这里笔者将这些内容做了一个统一整理,命名为 白介素2的读书笔记, 希望对大家有帮助。

在线分析神器

肿瘤免疫浸润分析工具汇总-数据挖掘新高度肿瘤免疫浸润分析工具杂谈

cibersort-发表在Nature Methods上的肿瘤免疫分析工具免疫浸润cibersoft工具操作

g:profiler:富集分析神器好用的在线富集分析工具

IRIS-EDA-在线分析RNA-seq神器公共数据在线挖掘

Networkanalyst-碉堡的GEO和RNA-seq数据在线分析神器,生信so easy!公共数据在线挖掘

BioJupies分析平台-又一个碉堡的RNA-seq数据分析神器,分析不求人公共数据在线挖掘

Pathview-只有这样的女神级KEGG通路图才配得上我的Paper和标书通路可视化在线工具

TRGAted-如何花5分钟给你的Paper加几张Figure?(TCGA蛋白数据挖掘在线工具)

同样是画热图,为啥不用R语言人家也能画得好看(在线画热图工具)

idep-不会R语言的前提下,一网打尽芯片,测序数据分析(公共数据在线挖掘工具)

scRNA-Tools-单细胞测序数据分析的航母-工具包大集合单细胞测序数据分析工具汇总网站

OBRC-跟这个数据库比,其他都弱爆了生信工具数据库

Treehouse:一个10000+肿瘤sample的数据库公共肿瘤数据库

如何优雅的用十分钟对Pubmed文本挖掘掌握研究现状?R语言挖掘pubmed

确认过眼神,是值得挖掘的单细胞测序数据库!单细胞公共数据库

肿瘤miRNA,这个数据库好用到爆!肿瘤专用miRNA数据库

我发现了一个挖掘肿瘤甲基化的神器库!肿瘤甲基化数据挖掘工具

确认过眼神,是比DAVID好用N倍的神器功能富集分析工具

把免疫相关基因「挑出来」?这个数据库帮你完成(免疫相关数据库)

CNS 的标配,单细胞测序数据挖掘神器推荐!(单细胞测序公共数据库)

一个逆天的small RNA-seq数据挖掘神器 (small RNA-seq在线挖掘神器)

在线平台如何做单细胞测序分析全套?有它so easy! (单细胞测序在线分析平台)

确认过眼神,TCGA甲基化分析工具再也没有更NB的了!(TCGA甲基化数据在线挖掘)

免疫组学10KIP-这个数据库好用到爆 (免疫组学数据库)

生信文献解读

基因表达与甲基化表达谱纯生信分析4分文章,你也可以 (甲基化与基因表达数据联合分析)

数据挖掘是怎样动脑的?以一篇文献为例(TCGA数据挖掘)

生信数据挖掘的9分SCI也是灌水?(多数据集联合分析)

CeRNA才是人生赢家,一篇著名的赤果果的文(tao)献(lu)(ceRNA网络分析)

对方向扔了一个赤果果的生信分析SCI思路(分类模型)

文献解读|8分的肿瘤大数据挖掘是怎样炼成的?(SEER联合TCGA数据库文章)

零代码数据挖掘还能不能发文章?  (零代码数据挖掘文献解读)

零代码也能发3分的SCI?请收下这个套路 (零代码数据挖掘文献解读)

科研杂谈

endnote如何显示代表论文的作者全名(一个令人为难的要求)

给自己做个结肠镜,顺便发个7分的SCI是一种怎样的体验?

过山车能治病且能发SCI,正儿八经的

这是最好的时代,还是最坏的时代

R语言生信分析

不怎么需要R语言的神器系列,GEO神器了解一下

不怎么需要R语言的TCGA新神器,了解一下哈

R语言ChAMP包甲基化芯片数据分析

肿瘤相关的甲基化高通量数据介绍

一文学会顶级期刊配色,Lancet配色so easy!

多个探针对应一个基因如何解决,GEO实操

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