不容错过的RNA-蛋白结合全局预测数据库，快来试一下吧

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RNAct数据库你的不二选择

蛋白质与RNA的相互作用与许多生理作用和疾病有关。目前，约1400种人类蛋白质具有RNA结合活性的实验证据。但是，在这些蛋白质中只有约250种有来自不同测序方法（如eCLIP）的靶RNA的实验数据。上周五我们介绍了catRAPID数据库，但是在分析的时候发现支持的物种仅限于人类。为了弥补这一差距，开发者利用之前我们提到的catRAPID数据库来开发了RNAct数据库。RNAct数据库可以方便地查找已知的和预测的相互作用，并且可以对人类、小鼠和酵母的蛋白质RNA相互作用组进行全局查看。

RNAct数据库（http://rnact.crg.eu）的开发者来自西班牙巴塞罗那科学技术学院，数据库相关文章（PMID: 30445601）于2019年1月发表在Nucleic Acids Research杂志（2019IF=11.501）上。截至2021-05-13该数据库相关文章已引用8次（数据来源：PubMed）。

我们以“GEMIN5”进行检索，可以看到数据库可以快速检索出键入关键词相关的RNA和蛋白，并对其进行物种的注释。

我们选择GEMIN5蛋白（物种为人类），即第一个结果，进行查看。

结果页面显示了与GEMIN5蛋白的基本信息及与GEMIN5蛋白互作的全部RNA，结果分为蛋白、RNA、预测和交互四大部分。基本信息包括蛋白名、蛋白UniProt号、RNA名等信息。在右边有结果页面下载的按钮。

蛋白部分包括蛋白名和UniProt号两部分。

RNA部分包括RNA名、Ensemble号、RNA长度和转录状态四部分。

预测部分包括预测分值和预测Z值两部分。这部分的由来与我们之前介绍的catRAPID数据库一致。

交互部分包括P值和FC。这部分主要是根据eCLIP数据来进行统计分析的。

需要注意的是，在结果页面只有蛋白和RNA部分的结果数据是带有超链接的，点击则重新对此蛋白/RNA的互作RNA/蛋白进行重新检索。

除了常规的检索一个蛋白/RNA的互作RNA/蛋白外，RNAct数据库还支持同时检索多达10000个蛋白质-RNA对之间的相互作用。

在任意界面点击Pairwise即可进入。

我们键入相应的蛋白和RNA后即可进行检索。结果会根据物种和是否基础转录来进行归类整理显示。

我们之前键入的信息得到的结果就只有人类（基础转录和非基础转录）和小鼠（基础转录）64个蛋白-RNA互作信息。每个物种的显示信息与前面的单独检索的结果一致。

除了检索功能，RNAct数据库还有浏览功能。也是分为RNA浏览和蛋白质浏览。

数据库该有的下载功能RNAct数据库当然也不能缺失。

主要包括人类、小鼠和酵母三大类物种的相关数据下载。

总的来说，RNAct数据库支持多物种的多种检索方式的蛋白-RNA互作信息检索，用户体验性也很好。