明代紫禁城是在元大内基础上按南京紫禁城设计营建的，元大内有的建筑被保存了下来，但大部分建筑已被拆除或改建。元代钦安殿的被发现，对于厘清元明宫城之间的关系至关重要，可以肯定地说钦安殿没有位于元大内中轴线上。
据夏玉润老师《紫禁城与元大都宫城同城同址之考探》的考证，钦安殿建于元代，所引黄溍《银青荣禄大夫大司徒陈公神道碑》记：“（陈达）工于书，今上皇帝尝命题钦安殿榜。”“今上皇帝”当指元顺帝，故钦安殿建于元顺帝至正年间。
记载陈达书钦安殿匾的书颇多，笔者亦查到《文章辨体汇选》记：“公姓陈氏，讳达字，元达温之永嘉人，家婺之兰溪，妣江氏封温国夫人，而公沈氏出也，三岁而孤，伯母陈留郡夫人江氏鞠育之长大。年十五征入宿卫，二十学书于平章康里公库库待制杜。公本学诗于张贞君、天雨马教授伯诚。年三十，书名于康里公上下。钦安殿成，在廷善笔札者，咸书榜上进，独用公所进者。至正壬辰，擢端本堂司经，寻转正字，又迁文学。”《（万历）金华府志》记：“陈达，字先达，兰溪人，自中之孙，父萍仕元为宣使。达自少征入宿卫，学书于康里子、山杜清碧，诏书钦安殿榜，称寺，擢端本堂司经。”陈达善书，钦安殿建成后，元顺帝下令大臣书“钦安殿”匾呈进，唯陈达所书被选中。
虽然钦安殿建于元代，但文献并没说明其位置。据现状，钦安殿位于坤宁宫后，御花园北，紫禁城的中轴上，永乐时大学士杨荣《皇都大一统赋》称“若夫钦安之后，珠宫贝阙”，说明钦安殿永乐时就已存在。永乐帝是直接把元钦安殿继承了过来，连名字都没有改，这一点令人不可思议。元大内的中轴是在元世祖忽必烈时确定的，《析津志辑佚》记：“世祖建都之时，问于刘太保秉忠定大内方向。秉忠以丽正门外第三桥南一树为向以对。上制可。”据元代陶宗仪《南村辍耕录》记，元大内中轴线上的建筑有崇天门、大明门、大明殿、宝云殿、延春门、延春阁、清宁宫、舞台、厚载门，其建筑至元末没有改变。明初萧洵奉命至大都城，对元大内进行了考察，所著《故宫遗录》记：“南丽正门内曰千步廊……建棂星门……门内数十步许有河，河上建白石桥三座……度桥二百步为崇天门……由午门内可数十步为大明门……中为大明殿……连建后宫……障后即寝宫，深止十尺，俗称弩头殿……庑后横亘长道，中为延春堂丹墀……其上为延春阁梯级……又后为清宁宫……又后为后载门，上建高阁环以飞桥舞台于前……台东百步有观星台，台旁有雪柳万株。”这是萧洵看到的元大内，延春阁后为花园，植花卉、异石，再北为舞台，有飞桥与厚载门相连。如果说钦安殿建于中轴上，萧洵应有记录，故钦安殿不可能建于其上。清宁宫西有内浴室和玉德殿、宸庆殿等，清宁宫东只有观星台一座建筑及台旁雪柳万株外，其东南却是一片空地。观星台距离舞台一百步，按元1步等于今1.54米，观星台距离舞台154米。
笔者在《紫禁城建筑之道》一书中，详细论证了明紫禁城中轴较元大内中轴进行了约230米东移，明代紫禁城中轴恰好落在元大内观星台东侧，如钦安殿建于观星台东南，正好位于明紫禁城中轴线的北端上，与现存原状一致。
《明世宗实录》记：“（嘉靖十四年十月丙午）初，上又以文祖建钦安殿祀真武之神，诏持增燎垣作天一门及大内左右诸宫，益加修饬，至是皆告成。上亲制祀文告列圣于内殿，仍具皮弁服祭真武之神于钦安殿。”嘉靖帝认为钦安殿及殿内所供真武神为永乐时所为，他的这个观点是错误的，首先，钦安殿是元顺帝时所建，其盝顶、穿花龙栏板都是元代的风格，与元初断虹桥的穿花龙雕刻技艺相比，略显粗糙和气势不足。
其次，《明仁宗实录》记：“庚辰，上不豫，召尚书蹇义、大学士杨士奇、黄淮、杨荣至思善门，命士奇书敕遣中官海寿驰召皇太子。辛巳，上疾大渐，遗诏天下传位皇太子，诏曰：朕以菲德嗣承祖宗洪业，君临天下，甫及逾年……是日，上崩于钦安殿。”这段记载，说明仁宗皇帝不是到钦安殿拜真武神时突发病而去世的，因为他离世之前即五月庚辰，已发病，预感到病情严重，无法治愈，故速召皇太子回京，辛己下召传位太子，随即驾崩。特别是他病逝的这天，已卧床不起，并做了后事安排，在即将驾崩之时，他怎么可能去钦安殿拜真武神呢？所以钦安殿在仁宗时，不是供奉真武神的宫殿，而是除乾清宫外的另一处寝宫，故《明仁宗实录》称其“崩于钦安殿”。
嘉靖帝称钦安殿内所供真武铜像乃永乐时所供，上文已论证钦安殿曾作为仁宗的寝宫，不是供奉真武神的宫殿。也就是说，永乐时钦安殿既不是道教宫殿，更没有供奉真武神。文献记载永乐帝御制供奉真武神只有两处，一处是北京地安门佑显宫真武庙，永乐十三年八月十三日，佑显宫真武庙竣工，永乐帝《御制真武庙碑》称：“顾惟北京天下之都会，乃神常翊相予于艰难之地，其可无庙宇为神攸栖，与臣民祝祈倚庇之所？遂差吉创建，崇殿修庑，缔构维新，亢爽高明，规模弘邃。”
另一处是武当山，武当山是真武神的住地，永乐帝南下“靖难”曾借真武神相助，故大兴武当山，创建多处祀真武神的宫观，并于天柱之顶，铸金殿，范金像，永乐帝御撰《御制大岳太和山道宫之碑》记：“肆朕起义兵，靖内难，神辅相左右，风行霆擎，其迹甚著。……惟武当神之攸栖，肃命臣工，即五龙之东数里得胜地焉，创建玄天玉虚宫；于紫霄、南岩、五龙创建太玄紫霄宫、大圣南岩宫、兴圣五龙宫；又于天柱之顶，冶铜为殿，饰以黄金，范神之像，享祀无极。”
史料记载永乐帝近儒家而远道术，永乐元年五月初四日，群臣向永乐皇帝请求于太祖及孝慈高皇后忌辰时诵经行礼一事，永乐帝说：“为天下主，社稷所寄，生灵所依。但当谨身修德，深体天心……使内无奸邪，外无盗贼，宗社奠安，万民乐业，斯孝矣。如不能此，而惟务修斋诵经，抑末矣！”即位之初，永乐皇帝就旗帜鲜明地反对举办斋醮诵经活动。永乐十五年南京通政司奏瓯宁县人进金丹及方书，永乐皇帝说：“此妖人也，秦始、汉武一生为方士所欺，求长生不死之药，此又欲欺朕。朕无用金丹，令其食之，方书亦与毁之，毋令别欺人也。”纵观永乐帝的一生，他始终坚持以儒学治国的思想，排斥道术，故不会于宫中供奉真武神像。
首先，供奉真武神像的帝王应出现在永乐帝和嘉靖帝之间。在二帝之间有仁宗、宣宗、英宗、代宗、宪宗、孝宗、武宗七位帝王，在这七位帝王中，杨启樵《明清皇室与方术》一书称仁宗“在位仅九阅月，其于方术之态度若何，求之《实录》一无可得”、宣宗“亦颇信神异之说，然《实录》第载其裁抑僧尼事”、英宗、代宗二帝“非于佛老之教义、哲理有所领悟而信仰之，实好其方术，期能阴翊皇度，延永国祚也”，至宪宗时，则情况发生了变化，僧道传奉势盛，“成化朝，缁黄辈势盛一时，每假异术而躐高第，且与佞臣相比，干扰国事，影响至巨”。成化十三年十二月二十一日，敕封江西龙虎山第四十七代传人张庆玄为正一嗣教保和养素继祖守道大真人，二十二年被召入京，《皇明恩命世录》记：“二十二年召见，命醮于钦安殿。”钦安殿举办斋醮活动始见于文献记载，说明钦安殿的功能已发生了变化，变成道教宫殿了，故确定成化宪宗时，真武大帝铜像才供奉于钦安殿中，也就是说现钦安殿明间所供玄天上帝铜像乃成化时所供。
