利用完整的叶绿体基因组探索栽培茶及其野生近缘种之间的进化特征
Exploring the evolutionary characteristics between cultivated tea and its wild relatives using complete chloroplast genomes
背景
栽培茶是分布于世界各地最重要的经济和生态树之一。栽培茶长期有针对性地选择特征，人类过度开发栖息地，这可能改变了其遗传结构。叶绿体是一种具有保存循环基因组结构的细胞，它可以帮助我们更好地了解卡梅利亚植物的进化关系。
结果
我们对栽培茶和野生茶进行了比较和进化分析，发现了栽培茶的进化特征。栽培茶的叶绿体基因组大小略有不同，从157，025到157，100 bp不等。此外，在基因组长度、基因数量、基因排列和GC含量方面，栽培物种比野生物种更受保护。然而，比较卡梅利亚西纳尼西斯瓦西尼西斯和卡梅利亚西尼西斯瓦阿萨米卡与他们的品种，IR长度的变化分别为约20 bp和30 bp。栽培茶中14个序列的核苷酸多样性高于野生茶。对山茶花的基因组变异和进化的详细分析揭示了67个单核苷酸多态性（SNPs），46个插入/删除（因德尔），和16个蛋白质编码基因与核苷酸替代，而山茶花西诺西斯var.阿萨米卡品种揭示了4个英德尔。在栽培的茶叶中，最可变的基因是ycf1。核苷酸替代数量最多，有五种氨基酸进行了特定选址，在卡梅利亚西尼西斯品种中发现了9bp序列插入。此外，ycf1树中的植物遗传关系表明，ycf1基因在栽培茶中已经出现分歧。因为C.西嫩西斯瓦西斯及其栽培物种没有紧密地聚集在一起。
结论
从结构和线性序列顺序来看，栽培物种比野生物种更受保护。栽培茶中叶绿体基因组的变化主要表现在核苷酸多态性和序列插入上。这些结果提供了关于人类活动对茶的影响的证据。
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