JingleBells:免疫相关单细胞RNA-Seq数据集

RNA测序(RNA-seq)已成为差异基因表达和mRNA差异剪接的转录组范围分析不可或缺的工具。JingleBells将单细胞数据划分为免疫和非免疫类,共收录120篇免疫相关以及182篇非免疫的单细胞文献,且数据库仍在持续更新中。这是标准化单细胞RNA-Seq数据集的存储库,用于在单细胞水平上进行分析和可视化。用户在JingleBells上可以直接下载到单细胞数据的BAM文件,有些 BAM文件比较麻烦,需科学上网方可下载。

JingleBells
http://jinglebells.bgu.ac.il/

JingleBells主页

主页蓝色的字体是代表可以跳到其他链接的地方,首页可以选择文本教程或视频教程以学习使用IGV(集成基因组学查看器)可视化下载的数据,但是有时候打不开。如果文中使用到了他们的数据库,记得要引用一下,年轻人要讲“武德”哟。同时首页数据库在尾端也附上了其他可能会使用到的数据库链接,比如scRNA-seq信息库和SCPortalen(以单细胞为中心的数据库scRNA-Seq数据集)。

Immune模块

Immune 模块和 Non-immune模块可以选择查询免疫或非免疫的单细胞RNA-Seq。两者大同小异。可以看到,网站提供了数据资料集编号、对应说明,以及论文标题和引文,生物,实验小组,细胞数,大小,BAM文件信息。

如果点击编号数字,会提跳转到该单细胞RNA测序介绍,如下:

这里介绍的是E-MTAB-4388-单细胞RNA测序(scRNA-seq),用于研究小鼠血液阶段chabaudi疟原虫感染过程中单个CD4 + T细胞的各种转录状态。这是一种疟疾的实验模型,其中CD4 + T细胞对于控制寄生虫数量至关重要,其特征是同时发展Th1和Tfh细胞。研究者已经使用了疟原虫特异性TCR转基因CD4 + T细胞来最大程度地减少TCR多样性对Th命运决定的影响。在第0、2、3、4和7天研究活化的抗原特异性细胞。此外,在0和3天研究树突状细胞和单核细胞。使用Fluidigm C1系统进行细胞裂解,RT和cDNA预扩增。最后提供了下载调查说明以及样本和数据的关系。

点击论文题目会跳转到pubmed上,点击full text即可查看对应文献。

点击Conditions( 免疫模块)或者Experimental Groups(非免疫)的数据可以展开看具体数据。

以上即是本期关于JingleBells的内容。这个网站内容比较专一,只做免疫和非免疫的单细胞序列,如果有针对性免疫和非免疫内容需求的情况,用它用它~

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