SRAMP：哺乳动物m6A修饰位点数据库
导语
N 6-甲基腺苷（m 6 A）是转录后甲基化修饰，广泛存在于RNA转录本的腺苷碱基上。这种修饰物参与RNA转录物的降解，亚细胞定位，剪接和局部变化的调节。在哺乳动物转录组中，仅这类基序的一小部分确实被修饰，决定m 6 A修饰位点的其他序列和结构特征。随着表观遗传学研究的不断深入，研究人员陆续定位了哺乳动物转录组中的 m6A，鉴定了具有动态修饰的「readers」、「writers」和「erasers」蛋白，解析了 m6A 在转录后调控中的一些功能。
RNA甲基化修饰过程中的关键分子：
Writers：将甲基化修饰“写入”RNA，即介导RNA的甲基化修饰过程。最常见的分子是METTL3和METTL14，两者可在体外和体内催化mRNA（和其他细胞核RNA）的m6A甲基化。WTAP是这种甲基转移酶复合体中的另一个关键组分。
Readers：“读取”RNA甲基化修饰的信息，并参与下游RNA的翻译、降解等过程。比如具有YTHDF结构域的蛋白能够识别并结合mRNA中的m6A，而这种结合会减少mRNA的半衰期促使其降解
Erasers：将RNA甲基化修饰信号“擦除”，即介导RNA的去甲基化修饰过程。FTO和ALKBH5可以去除mRNA（和其他细胞核RNA）上的m6A甲基化。
SRAMP（sequence-based RNA adenosine methylation site predictor）是预测哺乳动物m6A修饰位点的数据库。SRAMP运行预测时仅需要RNA序列，而无需加载外部组学数据。在lncRNA、circRNA等测序数据不充足的条件下，也是一个有力的m6A位点分析工具。SRAMP数据库是由北京大学基础医学院崔庆华教授课题组开发，这项工作同样也是发表在《Nucleic Acids Research》，目前被引用次数超过120次。
SRAMP
http://www.cuilab.cn/sramp
这项工具的使用方法非常简单，点击Prediction就可开展预测。由于数据库基于随机森林算法，不了解的可以进来看看科研风暴之前的文章【机器学习变量筛选系列教程一：随机森林算法】，这里会呈现两种预测模式。一个是带有内含子的基因组序列（左），另外一个是不带内含子的成熟的mRNA（右）。
另外这个数据库需要选择是否考虑RNA的二级结构，系统是默认不选的，因为选了以后运行的要慢一些，等待结果的时间长一点。Full transcript mode和Mature mRNA mode。Full transcript mode模式下，需要提交包含内含子的pre-mRNA或者非编码RNA的基因组序列，格式为FASTA。底下还有几个参数供用用户选择，组织或者细胞类型，显示序列的核酸类型。准备好后，点击Submit就可以开始prediction。
这里我们以Mature mRNA mode里的an example sequence)如下图进行演示：
运行过程如下：
等待两分钟之后，（等待时间取决于提交序列的长度）结果就出来啦~记住，千万不要在中途关闭该网页。网站也提供文本的下载，但是会在72小时后自动删除。
首先是数据库会对于序列的预测结果有一个评分，评分的结果可以通过下面这个图来呈现。
我们可以清楚看到m6A位点涉及到的motif（用蓝色标记）和可信度，SRAMP网站提供了几个阈值：99 %/95%/90%/85%，分别对应very high/high/moderate/low的自信度。预测结果是按照“Position”位置排序的，所以还需要综合各个位点“Score”情况。一般来说High的可信度较高而low的话需要注意在后期验证时候的准确性。
再往下，会有具体的评分序列的详细信息。除了包括下列信息也包括了结构信息。
同时我们点击其中一个 draw 的选项可以获得 RNA 二级结构的具体位置。
这款数据库操作简单实用，界面友好非常适合新手。同时也可以跨界使用，即使用来预测植物，网站会把对应的motif序列标记出来。
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