lncRNA组装流程的软件介绍之PLEK
咱们《生信技能树》的B站有一个lncRNA数据分析实战，缺乏配套笔记，所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享，以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程！
一、软件原理
PLEK软件通过序列的kmer构成来区分编码和非编码转录本，不需要通过比对来完成，所以运行速度较快，同时其性能受到测序错误的影响的概率较低，比较稳定。
二、软件使用
安装方式如下
wget https://sourceforge.net/projects/plek/files/PLEK.1.2.tar.gz
tar xzvf PLEK.1.2.tar.gz
cd PLEK.1.2
python PLEK_setup.py
运行
nohup python PLEK.py \
-fasta ~/lncRNA_project/07.identification/step2/filter2_transcript_exon.fa \
-out ~/lncRNA_project/07.identification/step3/plek/plek \
-thread 4 > plek.log 2>&1 &
三、输出结果解读
只需要输入转录本对应的fasta格式的文件就可以了，输出文件output内容示意如下
第一列代表该转录本为coding还是non-coding, 第二列为打分值，打分值大于0为coding, 小于零为non-coding, 第三列为fasta文件中的序列标识符。
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