马哥和鸟哥你选择谁
入门生物信息学,绕不过去的一个坎就是Linux系统的认知及各项操作。
以前我通常是建议大家看《马哥Linux》,看第2~9章节即可。B站链接是:https://www.bilibili.com/video/av40331948/ 就是学习到P30即可。不要全部看完,太复杂了,视频可能难度超纲,毕竟是专业程序员的知识点,看B站视频的标题是运维共208讲就明白了。
但是最近无意中搜索到了《鸟哥的Linux私房菜》的在线版本电子书,挺有意思的:
https://wizardforcel.gitbooks.io/vbird-linux-basic-4e/content/1.html
很明显,也是可以搜索到B站配套视频的:https://www.bilibili.com/video/BV1Jb411P76V ,有意思的是它被归类在生物科研视频教程,鸟哥的Linux私房菜-基础篇(33集),要结合电子书一起看(简介里链接)整套视频是从第四章开始讲解的。
看样子,700万生命科学领域研究者一起迈向生物信息学的大门指日可待啦!希望其中至少有10万,是在我们生信技能树的带领下踏入数据分析生涯的。
其实搞生信应该是学习的是我的生物信息学之linux,视频链接在 https://www.bilibili.com/video/av28813815 学完应该可以完成 LINUX的练习题:
最低要求是完成我的 linux 20题 http://www.bio-info-trainee.com/2900.html 其次完成生物信息学数据格式的习题(blast/blat/fa-fq/sam-bam/vcf/bed/gtf-gff),收集这些格式的说明书。 fasta和fastq格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-trainee.com/3575.html sam和bam格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-trainee.com/3578.html VCF格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-trainee.com/3577.html
完整见:《生信分析人员如何系统入门Linux(2019更新版)》
Linux的6个阶段也跨越过去 ,一般来说,每个阶段都需要至少一天以上的学习:
第1阶段:把linux系统玩得跟Windows或者MacOS那样的桌面操作系统一样顺畅,主要目的就是去可视化,熟悉黑白命令行界面,可以仅仅以键盘交互模式完成常规文件夹及文件管理工作。 第2阶段:做到文本文件的表格化处理,类似于以键盘交互模式完成Excel表格的排序、计数、筛选、去冗余,查找,切割,替换,合并,补齐,熟练掌握awk,sed,grep这文本处理的三驾马车。 第3阶段:元字符,通配符及shell中的各种扩展,从此linux操作不再神秘! 第4阶段:高级目录管理:软硬链接,绝对路径和相对路径,环境变量。 第5阶段:任务提交及批处理,脚本编写解放你的双手。 第6阶段:软件安装及conda管理,让linux系统实用性放飞自我。
一个投票学Linux的话,马哥和鸟哥你选择谁?
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