一文掌握Rmarkdown分析报表

欢迎来到医科研，这里是白介素2的读书笔记，跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘，R语言，TCGA、GEO数据挖掘。

什么是Rmarkdown?

• R Markdown是通过R来书写可重复动态报告的一种格式。利用它在幻灯片、pdf、html档、Word文件中嵌入R代码和结果。

• 报告制作流程:

Rmarkdown生成分析报告

Rmarkdown不仅仅是一个简单的markdown拓展运用，它融入了R代码

如何创建Rmd文件

• 点击菜单栏中的:File ▶ New File ▶ R Markdown…

• 窗口弹出。选择.Rmd文件的输出类型

• 单击指定输出类型（亦可随后修改）

• 点击确认，即可创建一个Rmd文件

image.png

如何选择自己的输出格式

image.png

output:beamer_presentation# (pdf幻灯片)
output:ioslides_presentation#(htlm幻灯片)
output:word:document#(word文档)


Rmarkdown中的语法

支持markdown语法，但比较严格。

image.png

image.png

强调几个比较常见的：

普通文本
italics
italics

• item1

• item2

header1

image_name![]() 这是与简书有区别的地方，图片名放在中括号左侧
[link]()

如何嵌入R代码

用```{r} 包围代码块, 以````结束，注意是三个，我为了显示出来，只能这样了，因为markdown会识别.

image.png

提交Rmd文件并建立完整分析报告

比较重要的几个代码块参数设置

image.png

掌握了以上这些内容基本上这些内容，就能够生成方便高效的数据分析报表，可以方便用作交流传播，当自己需要的时候，也能很快的读懂自己的分析报告.

参考资料链接

(https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/03/rmarkdown)

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