如何寻找上下游基因及基因之间的关系

1、寻找基因上下游有作用的基因

在寻找基因上下游作用的基因最有效也是最快速的方法就是通过KEGG网站。当然该方法需要足够的耐心与细心才能够找到全部的基因。

首先在KEGG主页（http://www.kegg.jp/ ）中搜索你关注的基因的名字，譬如说SNAI，搜索结果展示如下图：

可以查看到SNAI对应的基因会有三个对应的基因名字，其中可以更加准确的查找你所关注的基因。

然后依次进入相关的搜索结果并查看搜索结果其对应的通路信息，以某一搜索结果为示例进行展示，点击进入某一搜索结果，可以查看到有一些结果里面是有Pathway的信息，有一些是没有通路信息的，既然我们关注的是上下游互作的基因，所以进入相关Pathway查看上游相关基因即可。当然基因注释到的通路也有很多类型，该SNAI1基因就注释到“Hippo signaling pathway”和“Adherens junction”两种通路，关注于那种通路就在于你关注该基因的哪些功能了。

下图示例的为搜索结果的展示。

加入关注该基因在“Adherens junction”通路的作用，以进入“hsa04520”为例，可以得到一张整体的通路结果图，我们在最开始搜索的基因会在通路中以红色显示。

标注为红色“slug”为我们搜索的基因，可以进行点击查看，为“SNAI1”基因，通过上述截图可以看到，上游的基因为TGFBR和FGFR1，同样可以进入该基因条目进行查看基因的详细信息。同样也可以查看到下游的基因记忆基因的相关信息。

2、寻找两个已知基因之间的互作关系基因

在已知两个基因之间存在的其他互作基因的关系的过程中，在这里向大家推荐一个比较实用网址，BioGraph（http://www.biograph.be/ ），该网站可以呈现两个基因之间详细的互作关系以及相关通路的详细信息。

以上述SNAI1基因和FGFR1基因为例子，在右下角的部分输入关注的两个基因

得到如下搜索界面，会根据你输入的基因进行相关搜索，得到所有的搜索结果并且需要你选择实际需要的基因或compound等等信息，这里我们关注的都是基因，所以都选择基因，之后进行下一步。

然后就会得到该基因之间的相互作用涉及到的生物学过程等的信息。示例如下

结果以一个层次关系分明的树状图展示，由于我们搜索的为相互作用的上下游相关基因，所以两者之间的相互作用关系均为生物学过程。如果我们搜索的不是上下游这种直接相互作用的基因关系，而是两个有相互作用关系，并且中间可能还有其他作用基因，那么该基因也会在该网络图中有所展示。

同样的，这种互作关系的预测也是有“概率”性，即两个基因在该种过程中有可能发生互作的可能性有多大，该结果也会在该网络图的下面“Edge”展示：

可以看到每种关系的概率“Probability”结果。

其实寻找基因之间互作关系的方式并不只有这两种，有许多生物学网站需要我们大家共同去挖掘，去探索，加强生物学信息分析方面的技巧并且丰富各方面的知识，只有这样，我们才会在这纷杂的社会中站稳脚跟，开拓未来。