HiC数据辅组基因组组装之Lachesis / 四六文摘

通过第一讲：三维基因组学习笔记，我们了解了3D基因组研究范围，然后根据我在生信技能树发布的生信工程师标准提炼出基础技能，也就是第二讲：生信基础技能。最后提炼出了数据分析流程，并且安装好了对应的软件，也就是第3讲：流程及软件。

不过中间我还插播了一个文献解读。

实战我首先介绍的是：HiC数据分析实战之Hic-pro

然后关于实验细节我推荐了资源：Hic建库测序实验流程视频讲解（附送福利资源）

现在插播一个学员投稿：

Lachesis安装采坑全纪录

卖萌哥倾情奉献

Lachesis是希腊神话众神之一，负责决定生命之线的长度。但是咱们这个lachesis是2013年发表在nature biotechnology上（https://doi.org/10.1038/nbt.2727 ）由shendurelab开发的用于辅助基因组组装的软件。

github地址：

https://github.com/shendurelab/LACHESIS

http://shendurelab.github.io/LACHESIS/

软件下载

软件提供zip和tar.gz两种格式，任选其一即可。

#这个是zip文件
wget https://github.com/shendurelab/LACHESIS/zipball/master
unzip master
#这个是tar.gz文件
wget https://github.com/shendurelab/LACHESIS/tarball/master
tar -zxvf master

Lachesis有两个依赖： samtools（低于0.1.19的版本）和 C++的boost库（需要大于1.52.0但是又不能太高比如1.67.0就不行）

所以安装软件真的是体力活。

安装boost

在这个地址https://www.boost.org/users/history/找一个老一点的版本（比如我用的boost153_0，但是不能低于1.52.0，否则也会报错。）解压好之后

tar -zxvf boost_1_53_0.tar.gz
./bootstrap.sh --with-libraries=all --with-toolset=gcc
./b2 toolset=gcc
sudo ./b2 install # 或者sudo ./b2 install --prefix=/usr
sudo ./bjam install

这个过程可能会比较长，中间可能会有几个warning，不用担心，不影响的。

tips: 如果没有权限的话后两步都需要用 --prefix=参数指定到自己的目录下的boost的位置进行安装。

安装samtools

在sourceforge（https://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/）下载低于0.1.19的samtools版本。需要先安装一个依赖再运行Makefile：

sudo apt-get install libncurses5-dev
./Makefile

安装lachesis

添加两个环境变量：

export LACHESIS_BOOST_DIR=/path/to/boost_1_53_0/
export LACHESIS_SAMTOOLS_DIR=/path/to/samtools-0.1.18/

正式开始安装。

cd lachesis
./configure --with-samtools=/path/to/samtools-0.1.18 --with-boost=/path/to/boost_1_53_0/

这一步如果没报错的话就可以开始make的，但是在make之前需要把修改 shendurelab-LACHESIS-2e27abb/src/include/gtools下面 SAMStepper.h和 SAMStepper.cc这两个文件的 #include<bam/sam.h>这一行给改成 "/path/to/samtools-0.1.18/sam.h" 不进行这一步的话是会报错的

接下来运行 make。我碰到了一个错：找不到 libboost_system.so.1.53.0 解决办法见下图