转录组定量可以用替换featureCounts代替HTSeq-count
相关推荐
-
大范围查找序列模式所在位置,用TBtools啊
写在写在前面的前面 中午一个师弟说,手上有一个需求,需要确定某个模式在荔枝所有基因的启动子区域内是否存在.事实上,这很明显就是要看某个转录因子是否是调控哪些基因,我一看模式就知道,必定是ERF,因为是 ...
-
深入理解linux下write()和read()函数
深入理解linux下write()和read()函数
-
转录组学习六(reads计数与标准化)
任务 学习了解各个reads计数,及标准化的原理,如RPKM/FPKM/TPM的统计学原理: 了解reads计数的各个软件,用入门的htseq-count软件对每个样本内生成关于表达量的文件: 用脚本 ...
-
史上最快的转录组定量流程
前面我比较过各种alignment的工具,5款流行比对工具大比拼 提到了subjunc,它其实是subread套件的一个小功能,而很久以前就有朋友建议我用featureCounts替换之前教程的hts ...
-
绝对定量转录组技术原理
绝对定量转录组背景简介 常规转录组测序由于文库PCR扩增偏好性,所有序列并不会被同比例放大,因而造成测序定量结果与样本中转录本的原始丰度不一致,导致差异基因筛选不准确(图1).这也是造成qPCR验证测 ...
-
【PANDA姐的转录组入门】拟南芥实战项目-定量、差异表达、功能分析
写在前面 各位小伙伴在生信技能树的两天两夜基础培训课程后,相信大家已经对转录组有了初步的了解.现在我们要开始项目实战,从数据下载.比对.定量到差异分析与功能注释,下面我会一步一步演示给大家看. 1 环 ...
-
featureCounts和DEXseq做基于外显子定量的可变剪切
rMATS这款差异可变剪切分析软件的使用体验 用LeafCutter探索转录组数据的可变剪切 用Expedition来分析单细胞转录组数据的可变剪切 使用SGSeq探索可变剪切 用DEXSeq分析可变 ...
-
MPB:西湖大学袁鞠峰组-微生物群落定量宏基因组学和定量宏转录组学方法
为进一步提高<微生物组实验手册>稿件质量,本项目新增大众评审环节.文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见.公众号格式显示略有问题,建议电脑端点击文末阅 ...
-
vegas中的转场如何进行替换和关闭?
在vegas视频剪辑的过程中,转场是可以进行替换的,不需要先删除再添加,比较繁琐,下面小编就来教大家几种替换转场的操作吧! 1.在时间轴上给素材添加上转场效果. 2.替换转场的话,直接拖拽另一个转场放 ...
-
在Word中如何一键替换图片而保留添加的效果?
有时候我们好不容易做好了一个Word文档,里面的图片添加上了各种的效果,因为特殊原因要 换其他的图片,如果全删图片,再依次添加效果会十分的繁琐,下面小编就来教大家一键替换 吧! 1.首先我们拖入一张素 ...
-
批量替换,你会吗?
问题 问:当分段号发生批量变更时,如何将对应的图纸号,批量替换过来!,如下图所示:A列为原来的图纸号,G\H列为新旧分段号对照表,如何将A列中的分段号对应替换成新的分段号 这是我部门同事问我的一个问题 ...
-
正则替换html中的src路径为全路径
正则替换html中的src路径为全路径 使用正则表达式替换内容 $content = '<p><img src="/uploads/image/20200818/15977 ...