100篇泛癌研究文献解读之lincRNA的生存分析情况
为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
本研究发表在:EBioMedicine. 2016 May; 题目是:Pan-Cancer Analyses Reveal Long Intergenic Non-Coding RNAs Relevant to Tumor Diagnosis, Subtyping and Prognosis. 研究人员下载了12种癌症的共1200病人的RNA-seq的测序数据的bam文件,然后走自己的流程针对lincRNA进行定量。
文献解读属于100篇泛癌研究文献系列,首发于:http://www.bio-info-trainee.com/4132.html
分癌症进行差异分析
这里研究者选取最常见的DEseq2这个R包,如下:
具有组织表达特异性的lincRNA在癌症里面差异被弱化
首先可以看到不同组织的lincRNA表达差异足够把它们区分开来:
然后可以看到,同样的lincRNA对肿瘤进行PCA的时候,区分程度就没有那么好了:
根据JS值也可以看到lincRNA具有组织表达特异性,相当于蛋白编码基因来说,效应非常明显。
不同分类的异质性比较
与lincRNA类似,其它数据也可以来进行肿瘤内部区分亚型,但是它们的分类效果是具有一致性的,可以用卡方检验,如下:
与PAM50的比较
可以看到,针对lincRNA表达矩阵对TCGA计划的BRCA进行分类,与PAM50的重合度非常高!
在使用癌症表现一致的lncRNA
如下图:
这6个lincRNA在不同癌症的上下调表现一致。其中3个序列是高度同源。
然后也使用了GEO数据库验证这6个lincRNA在不同癌症的表现。
后记
从流程图来看,本研究并不复杂,也很容易复现出来,后面我们会在GitHub公布数据复现的代码。
当然了,如果你想超脱于他们的泛癌计划已经发表的研究,那么就非常有必要跟着我读完这100篇泛癌文献!
详见我的100篇泛癌研究文献解读目录:http://www.bio-info-trainee.com/4132.html
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