单细胞测序都不配拥有姓名了吗

最近刷文献，发表在 October 7, 2019的PNAS的：Immune effector monocyte–neutrophil cooperation induced by the primary tumor prevents metastatic progression of breast cancer 粗略的看完了全文才发现里面居然是有单细胞转录组的。但是搜索全文，才出现5次single这个单词。

这篇文章的测序数据是公布的：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE137300 表达矩阵及差异分析结果，都可以直接下载。

技术策略

出现了三次single这个单词的地方是在描述如何做这个单细胞转录组的，注意哦，并没有测序，是qPCR技术看指定基因的表达量。

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为什么做单细胞转录组

说句实话，只要资金允许，现在单细胞技术成熟了，不做单细胞才需要解释为什么，做单细胞就是应该的！

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差异分析，研究者关心的是不同地方的neutrophils的特性，所以比较取自于blood和lung的。

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PCA看不同部位是否距离足够远。在不同的PDX模型里面，blood和lung的距离不一样，具体看文章哈。

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热图，其实和PCA图是差不多的理解.

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总结

虽然是单细胞转录组，但是仅仅是96个基因，还是qPCR，并不是测序。基因也可以在 Table S2. List of 96 genes and corresponding mouse primers  找到。

如果你通读全文，会发现，研究者把这个单细胞转录组做了两次，针对

  • the highly metastatic tumors HCl-001 (TN1)

  • low metastatic tumors HCl-002 (TN2).

不同的小鼠PDX模型,而且是结合bulk转录组测序的.

测序策略是：

GSM4074939    mRNA_Neutrophils_TN1 [tag_191]
GSM4074940    mRNA_Neutrophils_TN1 [tag_482]
GSM4074941    mRNA_Neutrophils_TN2 [tag_367]
GSM4074942    mRNA_Neutrophils_TN2 [tag_706]
GSM4074943    mRNA_Neutrophils_TN2 [tag_1341]
GSM4074944    mRNA_Monocytes_CCR2+_TN1 [tag_191]
GSM4074945    mRNA_Monocytes_CCR2+_TN1 [tag_482]
GSM4074946    mRNA_Monocytes_CCR2+_TN2 [tag_367]
GSM4074947    mRNA_Monocytes_CCR2+_TN2 [tag_706_]
GSM4074948    mRNA_Monocytes_CCR2+_TN2 [tag_1341]

不过，这个单细胞的qPCR数据作者并没有上传，因为不是测序或者芯片，到GEO数据框或者SRA数据库都不合适吧！

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