R语言GEO数据处理（三）

# 2. 提取表达和临床信息 ---------------------------------------------------------------

##2.1 通过pData函数获取分组信息

pdata <- pData(gset[[1]])

table(pdata$source_name_ch1)

pdata[1:3,1:3]

library(stringr)

group_list <- ifelse(str_detect(pdata$title, "high"), "highBDM",

"lowBDM")

#设置参考水平

group_list = factor(group_list,

levels = c("lowBDM","highBDM"))

table(group_list)

##2.2 通过exprs函数获取表达矩阵并校正

exp <- exprs(gset[[1]])

boxplot(exp,outline=FALSE, notch=T,col=group_list, las=2)

###数据校正

library(limma)

library(ggplot2)

exp=normalizeBetweenArrays(exp)

boxplot(exp,outline=FALSE, notch=T,col=group_list, las=2)

range(exp)

par(mar=c(8,5,4,2) + 0.1)