总督河道部院位于淮安清晏园东南部。总督河道部院总建筑面积3000平方米,参照清朝江南河道总督部院的原图修建,包括大殿、后殿、御碑园三个景点。大殿和后殿展出了历代尤其是明清时期治理河道的事件和人物,以及淮安人民治水用水的历程。
总督河道部院是清代全国最高的治水机构,是国家在京城以外专设的治河决策、指挥和管理机构,管辖着黄、淮、运河,是清代设在清江浦(今江苏省淮安市)的高级官员,品级为从一品或正二品。
从1678年始,清代常驻淮安的河道总督总共有56任,45位,历时183年;咸丰十一年(1861年),清政府裁河道总督,漕运总督由淮安府迁驻清晏园,历时43年。