什么,热图工具还能快速进行进化树节点分类可视化?
写在前面
昨天中午,大湿兄(即你家Y叔)在他的个人公众号上推了一波ggtree的操作姿势,详细可见《多个热图,多种配色,还要分开画图例?》,具体见链接
同时好色的群体,我一眼就望向其推文中的图片,
即,在进化树上,同时展示多种分类数据,详细推文我木有看,因为我觉得可能最多的人,关注的并不是过程,而是结果(虽然这让人很无奈,却是血淋淋的现实。
写这个推的主要原因是,我知道TBtools也可以。以下,直接展示操作,说明一个问题,即 所有人,都可以使用TBtools绘制类似的图片
操作姿势
1.首先,需要有一颗树
((raccoon,bear),((sea_lion,seal),((monkey,cat),weasel)),dog);
2.然后,需要分类信息
分类信息的准备,稍显麻烦,不过也并不麻烦,只要你有树的newick文本,即1. 中的信息
打开TBtools的Amazing Option Gene Viewer
随后双击,获取所有叶节点的文本信息,即可用于制备分类信息(虽然你可能早就有了分类信息
在Excel中,制备好分类信息之后,保存为文本文件,制表符分隔
3.伪装一列信息(或者你对每一个物种都有一个数值信息)
因为我们要用的是TBtools的热图工具,这个工具的使用基础是绘制热图,所以要伪装一个,非常简单,如图
4.就像画热图一样
打开TBtools的热图工具,随后
出来的效果是这个样子的。不要担心,
取消一些参数,并修改颜色全部为白色
如果你只是要调整物种名的位置,那么就这样,调整下rowName Space即可得到 你想要的,其他参数,如字体 颜色等,界面上有了,具体自己摸索(或者取买人民币两块五的酸奶热图视频课程。。
重点来了
随后,键盘摁住Shift键,鼠标左键点击Tree的panel,保持shift键不要放手,鼠标左键继续点击TilePanel(也就是看不到的热图),大概是这样
仍然不要放开你的shift,此时鼠标在两个Panel中的一个,右键一次,即可弹出JIGplot隐藏操作菜单,选择Merge Selected Panel即可
Merge之后,就可以轻松的对Panel进行坐标系转换,如
搞定了
写在最后
事实上,瑕疵还是有的,绘制曲线的过程中,我使用了简单计算,所以当角度过大,曲线不够优美。当然,这或许可以有另外的解决方式
比如大湿兄和我一样喜欢一个C