使用Pfam批量输出Domain图片 / 四六文摘

序言

问：连续三个推送，都是画motif....作为一个公众号，这样真的好吗？

答：写第一个是因为课题组的项目需要,,,,其实很早前有另外课题组的朋友有来问过如何鼓捣MEME的图片，因为没有矢量图输出的MEME suite 真的很难搞，所以呢，我提出了各种解决办法，最后也是，要么代码画，要么手画，大体意思就是你还是去手画吧....然而，最近课题组的成员要鼓捣，这就不一样啦，肯定不能手画啊，太浪费时间...所以写了第一个MEME motif图片重画，顺便推了第一发

写第二个是因为，写完了，课题组的人一开始挺满意，后面大家都发现，motif毕竟不是domain....那行，用NCBI CDD数据库的输出结果，写一个可视化domain的，于是改吧改吧（为此也调整了一部分出图代码，理论上来说不应该要调整的，只是为了图例文本嘛，毕竟不是MEME 的motif 1 2 3 4 5 ....），整完了，顺便推了第二发

写第三个，也就是今天一个，为什么呢？因为第二发发出去之后，有朋友说，pfam search才是check domain的好手啊，既然如此，那么行，几分钟搞定，又多加了一个解析。顺便，推了这一发。

小结：我们总要做更多的思考，看看别人，看看自己，如果身边有人对你不满，并提出来，本身就是一个非常有益的事情；所以最近我都一直在思考关于分享的各种。

待的QQ群多了，我们常常会看到不少朋友说出类似的话，比如今天

于是，不小心发明了一个短语

相比于常常听的道德绑架，这位朋友的说话，其实，可以叫做.....美德绑架

分享，本身是一件有趣有益的事情。我个人认为，大多数在网络上写blog，写教程，翻译软件manual的朋友，其本质需求并非为人民服务，而是寻找一种认同感。鼓捣这些有的没的，最终收获，大概是：

认同感，甚至有些人会觉得是一种成就感，如果这个是主要层次，那么本质应该是不自信
总结，归纳与提升，这个好，比如TBtools这三法，发出来。主要是记录教程，毕竟我是懒得专门给课题组的人说，这个这个如何使用
交流学习，这个就要感谢西农-金城啦，我以前是真不知道pfam search的网页版，更不知道这个才是鉴定结构域的好方法（anyway ，pfamScan之类的流程以前是搭过，然而，那也只是为了跑个结果，跟客户换钱的嘛。哈哈

前几天，推了一发使用TBtools重新绘制MEME motif的图片，有不少朋友觉得有趣；

motif终归是motif，domain更有趣。不久后就有朋友说提到要用NCBI CDD 的结果来做，简单嘛，花了点时间，鼓捣了解析NCBI CDD结果的功能，顺便调整了motif图片的绘制功能；在昨天推了一发，使用TBtools批量输出NCBI CDD domain模式图的工具....

本来是觉得，也差不多可以休息啦。不久，又有朋友说，NCBI CDD其实并不全，pfam search才全（谢谢 西农-金城，学习啦）。那行吧，只要更准确，我们课题组反正也在做一些基因家族的分析嘛，那就写一个解析pfam search结果的功能嘛。简单，10分钟搞定。再打了一个GUI，半个小时过去了。

以下是操作流程

首先，还是用我们之前说的拟南芥的ARF家族序列，

直接在pfamsearch网页上，提交序列，点击跳转