手把手教三种信号通路可视化方法

任何涉及到基础实验的设计当中，都会涉及到通路的变化的。那我们要怎么反应一个通路里面的变化呢？灵魂画手一些的完全可以自己画。

但是一般这样画的可信度和好看程度也会欠佳一些。所以如果要可视化一些通路的话，其实可以借助网上的一些现成的工具的。接下来就为大家介绍一下这些工具吧。先给大家看下成品。

KEGG是一个经典的通路数据库。在这个数据库里面。我们可以通过里面的工具KEGG Mapper来对通路进行可视化的富集。下面让我们看看怎么做吧。

首先进入KEGGMapper网站(http://www.genome.jp/kegg/tool/map_pathway2.html)

按照下图的方式。我们依次选择我们输入的基因

注意：在数据ID的里面是不接受基因名的。所以我要进行转换。这个之前好多帖子都接受过。大家就去自己搜一下吧。

如下图，我们输入想要标注的基因和对应基因想要标注的颜色。然后点击'exec'提交即可。

最终我们会得到这些基因主要位于哪个通路。然后选择想要标注的通路即可。

但是呢，KEGG mapper出来的图形呢。不是矢量图。所以会出现模糊的现象。这个要么自己修复一下要么和别的工具自己画吧。

PathwayMapper(http://www.pathwaymapper.org/)一个网上自己画通路的软件。类似于做流程图的软件。里面提供了画基因的框架和基因上下游关系的连接线。

通过这两个功能。我们就完全可以自己DIY自己想要的通路了。同时呢。这个网站还包括了一部分之前TCGA数据发表的通路。我们可以在'network'— 'TCGA'中选择。如下图则是我们选择内置的一个通路图

除了基本的绘制通路的功能之后。这个网站还是可以给每个通路里面添加数据进而用颜色进行区分。具体怎么做呢。我们在绘制好通路之后，类似于下图的表格。其实就是一列是基因另外的列根据需要自己添加。下图是不同器官的表达量。

然后“alteration”—'load from file'导入我们自己编写的文件。即可得到下图这样的可视化结果

最后通过export我们就可以导出图片了。如果我们这次没画完怎么办。同样可以把画的先导出来。然后下次画的时候重新导进去就行。是不是很方便。

维基百科相信大家都很清楚的吧，他们可能觉得如果只在生活领域进行百科进行普及的话，彰显不出权威。所以在分子生物学方面他们也建立了WikiPathways数据库.而且大公司嘛。其通路的更新速度也是惊人的。我们看他们的更新速度就会发现基本每个月都有更新的。

通过登录wikipathways（https://www.wikipathways.org/index.php/WikiPathways）.我们可以进行简单的搜索，搜索基因、关键词、通路都可以。比如我们通过检索“凋亡”得到凋亡通路。

那么对于更新这么快。可视化这么好的通路图，我们能进行自己的编辑或者标注颜色吗？答案当时肯定也是可以的啦。

pathvisio是一个可以绘制通路同时可以对通路进行表达可视化的软件。我们百度即可找到。找到后点击下载即可把软件下下来了。

打开软件后。我们可以看到。这个软件和之前介绍的那个PathwayMapper一样。也可以自己DIY通路。而且里面的东西相较于那个软件还多一些。

不止可以标注基因及基因之间的关系还可以画简单的细胞器。

那么除了自己画通路之外，我们照样可以加载wiki上的通路。我们依次点击'SelectPlugins>>Wikipathways>>Search'（如果没有'Wikipathways'选项。可以在在plugin manager中安装即可。）这里我们检索和人类相关的凋亡。即可出现相关的通路。

那么接下来我们怎么对通路进行颜色标注呢。这里我们使用系统自带的示例文件进行演示一下。首先我们先导入一个老鼠的凋亡通路图。

导入表达数据（Data-> Import expression data）打开后，加载表达数据

为了进一步修改我们想要可视化的数据（ Data -> Visualization options）。我们选择根据log fc进行高低进行可视化

最后我们点击OK。即可得到含有表达量的图了。

至于为什么一个基因可能有好几种颜色呢。是因为在芯片中这个基因可能对应着好几个探针。

好了。三种通路可视化的软件就给大家介绍到这里。希望对大家有用吧。

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