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在本项研究中，作者使用多个公共数据库系统地探索和验证了TBC1D3家族在肾透明细胞癌（KIRC）中的表达水平和预后价值。此外，作者还研究了TBC1D3家族成员的功能以及TBC1D3家族表达与KIRC免疫浸润水平的相关性。结果发现TBC1D3家族成员很少发生突变；TBC1D3家族在KIRC中过表达；TBC1D3家族成员的高表达与预后不良相关。此外，过表达的TBC1D3D可促进KIRC的增殖。在免疫浸润水平方面，TBC1D3家族表达与CD4+T细胞浸润水平呈正相关。这些发现表明TBC1D3家族表达与KIRC预后和免疫浸润水平密切相关。
发表杂志：Mol Ther Oncolytics.
影响因子：7.2
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研究背景
肾透明细胞癌(KIRC)是最常见的恶性肿瘤之一，占肾脏原发性恶性肿瘤的75%–82%。研究表明，KIRC是一种高度免疫浸润的肿瘤，也是最早对免疫治疗产生反应的恶性肿瘤之一。TBC1D3是TBC1结构域家族的成员，是一种人类特有的基因，在17号染色体上扩增，TBC1D3代表一个由8个旁系同源物(A-H)编码的分子家族。TBC1D3在人类组织中表达，在前列腺癌、乳腺癌、胰腺癌和膀胱癌以及骨髓增生异常综合征中过表达。最近研究发现，TBC1D3可促进乳腺癌细胞迁移。然而，TBC1D3家族在KIRC中的作用尚不清楚。
流程图
分析解读：
TBC1D3家族在KIRC中的表达
①分析不同癌症类型中肿瘤和正常组织之间TBC1D3 mRNA的表达差异。
②分析TBC1D3家族成员在KIRC组织和癌旁组织中的差异表达。
③RT-PCR对上述结果进行验证。
结果：
下图A：TCGA数据库中不同肿瘤类型中TBC1D3的表达水平。显著差异用红色表示。
下图B：TBC1D3家族在KIRC中的表达明显高于正常组织。
TBC1D3家族基因组改变及基因-基因和蛋白质-蛋白质相互作用网络
①确定TCGA KIRC样本中TBC1D3家族改变的类型和频率。
②TBC1D3家族的5个成员进行相关性分析。
③使用GeneMANIA和STRING生成基因-基因和蛋白质-蛋白质相互作用网络。
结果：
下图A：OncoPrint图展示了来自TCGA KIRC中TBC1D3家族的基因组改变情况。
下图B：GeneMANIA绘制的与TBC1D3基因家族相关的基因网络。
下图C：STRING绘制的由TBC1D3家族基因编码的蛋白质之间相互作用的网络图。
下图D：TBC1D3家族成员的相关性分析。
TBC1D3家族在KIRC中的预后价值
①评估TBC1D3家族表达对生存的影响。
②使用Kaplan-Meier研究TBC1D3家族表达与临床病理特征之间的关联。
③单变量和多变量Cox回归分析探讨TBC1D3表达是否可作为KIRC中OS的独立预测因子。
结果：
下图A：来自TCGA的33种癌症类型中TBC1D3高表达和低表达之间的生存差异。
下图B：通过LinkedOmics分析TBC1D3家族成员的生存曲线。
下图C：通过TISIDB分析TBC1D3家族的生存曲线。
下表：分析不同临床病理因素与KIRC中TBC1D3、TBC1D3B mRNA表达与临床预后的关系。
下表：KIRC患者TBC1D3表达与OS的单因素及多因素COX回归分析。
TBC1D3家族在KIRC中的功能分析
①使用CancerSEA进行单细胞分析。
②构建TBC1D3质粒并转染Caki-1细胞检测TBC1D3对KIRC增殖的影响。
③鉴定TBC1D3的生物学过程。
结果：
下图A：单细胞分析表明TBC1D3D主要参与调节增殖和DNA修复。
下图B：来自CancerSEA的数据表明TBC1D3D与调节增殖呈正相关。
下图C：用HA-TBC1D3或对照HA载体转染Caki-1细胞发现TBC1D3可以促进肾透明细胞的增殖。
下图D：TBC1D3的生物学过程。
KIRC中TBC1D3家族表达与免疫抑制剂的相关性
结果：
下图A：TBC1D3表达与CD160、CTLA4、CD244、LAG3、LGALS9、PDCD1和TIGIT呈正相关，与HAVCR2、PDCD1LG2、PVRL2和TGFBR1呈负相关。
下图B：TBC1D3B表达与CD160、CD244、CTLA4、LAG3、LGALS9、PDCD1和TIGIT呈正相关，与CD274、HAVCR2、PDCD1LG2、KDR、PVRL2和TGFBR1呈负相关。
下图C：TBC1D3C表达与CD96、CD160、CD244、CTLA4、LAG3、LGALS9、PDCD1和TIGIT呈正相关，与CD274、KDR和PDCD1LG2呈负相关。
下图D：TBC1D3H表达与CD160、CTLA4、CD244、LAG3、PDCD1和TIGIT呈正相关，与CD274、HAVCR2、IL10RB、KDR、PDCD1LG2、PVRL2和TGFBR1呈负相关。
TBC1D3家族表达与免疫浸润的关系
①分析以研究KIRC中TBC1D3家族表达与肿瘤浸润淋巴细胞之间的关系。
②TIMER分析以探索TBC1D3表达与各种免疫浸润相关标志物之间的相关性。
结果：
下图A：TBC1D3表达与CD4+T细胞、巨噬细胞和中性粒细胞的浸润水平呈正相关。
下图B：TBC1D3B与B细胞、CD8+T细胞和树突细胞的浸润水平呈负相关。
下图C：TBC1D3C与CD8+T细胞的浸润水平呈正相关，与CD4+T细胞呈负相关。
下图D：TBC1D3G与B细胞、CD4+T细胞和树突细胞的浸润水平相关。
下图E：TBC1D3H与CD4+T细胞和中性粒细胞的浸润水平呈正相关。
下图：KIRC肿瘤浸润水平与TBC1D3家族成员不同体细胞拷贝数改变的相关性。
小结：
在本项研究中，作者分析了TBC1D3家族在KIRC组织和癌旁组织中的表达差异和预后价值。随后，作者分析鉴定了TBC1D3的生物学过程。最后，作者研究了TBC1D3家族表达和免疫抑制剂的关联，以及其与免疫浸润细胞的关系。这是首次对TBC1D3家族基因表达与KIRC临床、分子和免疫学特征之间关联性的综合研究。本研究可能有助于优化KIRC患者的免疫治疗。
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