在绿洲中停驻一段时间之后,一行人继续西行,很快就来到了东察合台汗国统治下的吐鲁番城。陈诚还特地去参观了城市以北的一处佛教遗址,根据当地佛教徒的传说,这里是十万罗汉涅槃之地,当地还有成规模的僧房、盥洗池和石屋遗址,相传他们在涅槃之后化为了一处巨大的白石堆遗址,这里也许是兴建于南北朝时期,在隋唐和高昌回鹘时期又屡次繁荣的博孜克里克千佛洞遗址。也是在吐鲁番城,陈诚看到了东察合台汗国在黑的儿火者汗的统治下推进伊斯兰化的进程,不过吐鲁番城中本身还是有很多畏吾儿佛教寺院和僧侣,寺庙中梵唱阵阵,他们都是当年信佛的高昌回鹘人的后裔,在若干年后,这里的佛教文化将彻底成为历史遗迹。其实在此之前,东察合台汗国的黑的儿火者可汗推行了十分激进的伊斯兰化政策,在派出传教团前往库车传教、对当地的佛教徒软硬兼施之后,1392年,黑的儿火者亲自率军进攻吐鲁番。在此之前,伊斯兰教徒就在不断向吐鲁番渗透,安插好了大量内应,最后可汗粉碎了这里佛教徒的激烈抵抗,大肆捕杀佛教徒,毁灭佛教寺院,给佛像的眼睛挖眼,摧毁身体部分有裸露的佛教壁画,将被称为“畏吾儿之地”的吐鲁番变成了““达尔·阿勒·伊斯兰”(Dar al Islam),意思是伊斯兰之地。今天高昌古城还有克尔克孜千佛洞中被挖眼的佛像和佛教壁画,大都是这次战争的结果。在吐鲁番王城西20里,还可以看到崖儿城,这是当地畏兀儿人对这座城市的地形描述,所谓的崖儿城,其实就是古代车师人在生土高台上建造的交河故城,也就是汉代车师国的王城,因两条河流在此交汇而得名;当年印欧系的车师先民在这里开凿了精妙的生土高台建筑,建造了如同雅典卫城般的高地城堡,此地历经了各民族的改建和上千年的战火洗礼,明朝时高台上还有百户畏吾儿居民居住,城中还有一些佛教寺院的遗址。
赛兰城(Salam)在撒马尔罕以东,在这里,陈诚一行人得到了撒马尔罕方面的使者接应。这里土地平旷,一马平川,树木茂密,流水环绕,清秀的山水令人想起江南的美丽风光,但是眼前偏甜口的异族饮食则提醒着他此地是遥远的塞外(陈诚,《赛兰城》)。纵然旅途劳顿,但当地人谨慎地提醒陈诚也不能放松警惕,因为赛兰的草原上出产一种名叫“黑蜘蛛”的小虫子(Kara-Kurt,今天的拉丁文学名是“Latrodectus Lugu Bris”),也就是黑寡妇,陈诚记载,这种小虫子喜欢出没于距离水较远的地方,牛马被黑寡妇咬到的没有不死的;人被它咬到了,全身会非常疼痛,疼的在地上直打滚;当地人只有一种解毒的办法,那就是用薄荷枝拍打全身,然后用羊肝的汁液擦拭全身,并且彻夜诵经祈祷才能缓和疼痛;但是即使这样解读了,人也要蜕一层皮,所以根据当地人的建议,所有人扎营必须靠近水源,这样才能免遭这种毒虫的撕咬。在当地品尝了吉尔吉斯人的奶茶和马奶酒之后,陈诚一行人继续西进。