我教程的第一个外国读者
今天突然间收到了一封全英文邮件，虽然以前也有，但是前面的都是咱们华人朋友，只不过是有些时候电脑不方便打中文，所以写英文邮件罢了。但是今天的粉丝来信，确实是外国读者，他的问题是：
I'm new to bioinformatics, I came across your github and I tried to follow your steps, but some of them are outdated and some are in chinese, so I couldn't follow through your steps. I was wondering if you can help.
I'm trying to replicate this heatmap for GSE("GSE133399"), I retrieved the GSE using GEOquery package and then assigned to an object and then tried to plot a heatmap, but I was not successful, I used the following code in RStudio:
简单的说，就是使用了我的GitHub关于GEO数据挖掘代码，先分析他自己感兴趣的数据集，但是代码大片段报错，一脸懵逼！
我检查了他感兴趣的数据集，其实那个数据集是RNA-seq的，并不是表达量芯片，所以我回信：
I just check your GSE: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE133399
What a pity, it’s not microarray data, so you can not download the expression matrix by :
BiocManager::install("GEOquery")
library(GEOquery)
## change my_id to be the dataset that you want.
my_id <- "GSE133399"
gse <- getGEO(my_id)
Which didn’t work for RNA-seq project just like your GSE.
If your goal is the heatmap, you can only download the csv files like below :
GSE133399_Fig2_FPKM.csv.gz 662.1 Kb (ftp)(http) CSV
GSE133399_Fig4_FPKM.csv.gz 865.6 Kb (ftp)(http) CSV
Then read them into R , create a heatmap
我没有去具体读那个文章， 《CD103 hi T reg cells constrain lung fibrosis induced by CD103 lo tissue-resident pathogenic CD4 T cells》. Nat Immunol 2019 Nov;20(11):1469-1480. PMID: 31591568
读者仅仅是想重复一个热图而已，估计也是想学习生物信息学吧！
那我就把这个需求布置成为一个学徒作业吧！
如果你还不懂RNA-seq，建议看完我的这个系列教程：理解RNA-seq表达矩阵的两个形式, 这36个教程看完，你就是大神啦！
学徒作业目录如下：
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完成任意学徒作业，均可发邮件给我（jmzeng1314@163.com ），再附上你的简历，可以获取惊喜大礼包，或者一些咱们生物信息学领域的上市公司，独角兽公司，头部公司的面试内推机会！