关于GSE62113上分组问题

本人为生信技能树学徒, GEO数据库一直都是值得挖掘的地方。最近在复现JM老师要求的一篇关于研究NSCLC(非小细胞肺癌)的DEGs(差异表达基因)的文章。

使用的Datasets为4个.如下图:

(文章名为:Identification of Candidate Biomarkers Correlsted With the Pathogenesis and Prognosis of Non-small Cell Lung Cancer Via Integrated Bioinformatics Aanlysis)

可以看出, 在GSE62113上, samples数量比较少, 30个, 而且正常组为19个, 癌症组为11个。

但是, 用R在GEO下载完数据, 并提取后发现, 样品原本被分为三组, 分别是正常组,原发性肿瘤组和异种移植组。

JM老师解释, 关于xenografts是因为不能直接在病人的肿瘤组织进行药物试验, 才会把病变组织植入到动物体内, 从而进行实验，辅助治疗方案的选择。

如此一来, 个人认为应该把xenografts归入tumor组。所以分组方式应该是normal组samples为9, tumor组samples为21才是。而GSE62113芯片本身探究目的就为探究癌症相关基因在蛋白质组学上的表现。所以就算是以此为探究目的, 也应该把normal作为阴性对照组, tumor作为阳性对照组, 而xenograft作为对照组来分组。

最后附上数据来源:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE62113.