临床样本+生信分析,这种发文套路好用到爆
文章题目:
Evaluation of the HOXA11 level in patients with lung squamous cancer and insights into potential molecular pathways via bioinformatics analysis
文章思路:
1、收集23个肺鳞癌病人样本
2、对样本提取Total RNA
3、进行qRT-PCR,并且进行差异分析和诊断价值的预测,证明HOXA11 在肺鳞癌中是高表达的
4、通过挖掘TCGA、Oncomine,证明HOXA11 在肺鳞癌中是高表达的,生存分析,并且进行meta分析合并
5、对HOXA11进行共表达分析
6、对共表达基因做GO、KEGG富集分析
7、PPI分析,并且筛选hub基因
8、对hub基因进行差异分析和相关性分析
9、分析hub基因在蛋白水平的表达
可以看到这篇文章是多了非常多内容的,然后就了这样的结论:
HOXA11高表达可能导致致癌作用和LUSC的发展。此外,共表达的基因可能影响LUSC的预后。
相关推荐
-
miRNA直肠癌预后
欢迎有实力者扫码鉴赏 今天跟大家分享的是十一月份发表在frontiers in Oncology杂志上的一篇文章,是关于结直肠癌miRNA预后的,做相关研究的小伙伴有兴趣的话可以仔细研读呦. A Fi ...
-
EWAS Data Hub:DNA甲基化芯片数据库
导语 表观基因组广泛关联研究(Epigenome-wide Association Study,EWAS),基于全基因组范围寻找组间的表观遗传学标记的差别或特征,能够帮助我们了解表观遗传改变与相关形状 ...
-
5分+很普通的分析,1个月接收!
大家好,今天要和大家分享的是2021年2月发表的一篇文章:"Comprehensive Analysis and Identification of Key Driver Genes for ...
-
肿瘤免疫浸润 WGCNA, 5 “骚操作”
肿瘤免疫浸润 WGCNA, 5 “骚操作”
-
科研|国人作品:心房颤动的心外膜脂肪组织中功能性长链非编码RNA的全基因组筛选
编译:KT!,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 房颤是一种最常见的心律失常,房颤患者心衰和缺血性中风的风险显著增加.但是目前关于房颤的病理机制,尤其是与长链非编码RNA相关的机制还 ...
-
非肿瘤生信,零代码发到5+SCI?凭啥?学会这个套路!让你的科研起飞!
解螺旋公众号·陪伴你科研的第2618天 非肿瘤多数据集联合分析 在进行生信分析的时候,如果搜索到好几个GEO数据集,不知道大家有没有这些困惑: 多个GEO数据集,应该分别分析,还是合并以后再一起分析呢 ...
-
我想知道到底谁错了
最近在做GEO数据挖掘的文章复现,文章标题是"Identification of Hub Genes and Pathways of Triple Negative Breast Cance ...
-
收购微著生物,德运康瑞着力打造单细胞捕获、测序、生信分析整体解决方案,推动单细胞走向临床
目前,单细胞技术主要用于科研市场,其在国内科研服务市场的规模已连续多年成倍增长.单细胞技术在临床市场的前景更为广阔,然而,在进入临床上还面临着一些挑战,其中如何打造覆盖单细胞捕获.测序及生信分析全流程 ...
-
文献详解丨生信分析 细胞二代测序,轻松6分 ,这样的套路不来一个?
本文研究的是传统中药复方桂枝茯苓丸治疗乳腺癌的机制,分为3个部分:第一部分,利用网络药理学方法筛选桂枝茯苓丸的有效成分和治疗乳腺癌的潜在靶标,公共数据验证:第二部分,基于高通量测序的高通量筛选技术靶向 ...
-
巧用临床数据+简单生信分析发10分+SCI
Tumor mutational burden and PTEN alterations as molecular correlates of response to PD1/L1 blockade ...
-
能解决实际临床问题的生信分析就值得发高分
Clinical activity of programmed cell death 1 (PD-1) blockade in never,light, and heavy smokers with ...
-
纯生信分析套路 2020年上半年生信分析思路合集
昨天是医师节,在这个特殊的年份里,感恩"医"路有你,生信人工作室汇总了近期非常值得借鉴的好思路回馈新老客户.内容丰富.故事完整逻辑性强.作图美观都是难得的好思路,感兴趣可以收藏. ...
-
SCI科研写作:仅利用数据库如何做好单基因免疫浸润生信分析
怎样才能不做实验,不用R语言,还能发3分+SCI? 今天介绍几个可以用得上的数据库,只利用数据库中的数据进行分析,甚至不用R,利用在线分析工具,敲敲电脑就能解决急需发文章,没时间做实验,没有科研经费的 ...
-
精心整理(含图PLUS版)|R语言生信分析,可视化
为了能更方便的查看,检索,对文章进行了精心的整理(PLUS).建议收藏,各取所需,当前没用也许以后就用到了呢! R资料+计划 R语言精品资料年中无套路赠送 R-plotly|交互式甘特图(Gantt ...
-
文献详解丨一文解析纯生信热点——预后模型套路
对于肿瘤研究而言,免疫相关分析热度居高不下.而生信分析的主题中,诊断或预后模型的构建也是发文章的热点.今天介绍的纯生信文章于2020年11月发表在INTERNATIONAL IMMUNOPHARMAC ...
-
生信分析零基础——从GEO到TCGA,让你从「门外汉」到「老司机」
什么是生信?提起生信,相信大家又爱又恨,得不到的永远在骚动.爱是不用做实验就能发原创研究,好棒啊.恨是看不懂那一大串代码,不会操作. 目前,不做实验发文章的主要有两大类:Meta分析,生信.其中生信文 ...