DS3000 | 测序/片段解析实例

 介绍 

毛细管电泳仪的测定数据容易受环境温度影响。此次在日立日本国内工厂进行实验，验证环境温度对日立DS3000紧凑型毛细管电泳DNA测序仪性能的影响。结果表明，日立DS3000在最优环境温度范围得到了十分稳定的数据。在此仅介绍部分数据。

 测序 

【峰波形】

最优环境温度范围（15 ℃-30 ℃）内进行测序，并确认峰波形。图1为环境温度为21 ℃时测定的数据结果。在较大范围内可以观察到良好的峰波形数据。

在环境温度为15 ℃和30 ℃时，图谱相同（数据未显示）。

 快速测序（约30分钟） 

 标准测序（约60分钟） 

图1：环境温度为21℃时测定的测序数据示例

样品使用BigDye® Terminator v3.1（Thermo Fisher Scientific公司）3500/3500xL 测序标准品。

【读取碱基长度】

图1的峰波形稳定性和重现性良好。在所有实验中，读取碱基长度均达到600 bp以上（快速测序）或700 bp以上（标准测序）。

 读取碱基长度 

图2：在最优环境温度下的读取碱基长度

*Blast CRL是日立独有的指标参数，表示最大允许与标准相差2个碱基的碱基长度。

【精度】

在所有实验中读取精度均达到99.99%以上。

在最优环境温度下测序的读取精度 

片段解析

【分离能力】

DNA鉴定是通过毛细管电泳DNA测序仪进行片段解析的典型实验示例。它需要分析短串联重复序列的重复次数，因此，对分离能力的要求特别高。

DNA鉴定实验所用的标准品，使用PowerPlexTM ESI17 fast allelic ladder（Promega公司）验证了电泳性能。由图3可以看到，所有峰均得到准确分离。所有烯丙基无多余或缺失，响应信号均被捕捉（数据未显示）。此外，碱基对范围精度的最大值为0.065 bp（21 ℃）。

 15 ℃ 

 30 ℃ 

图3：Allelic ladder的电泳图谱

通过GeneMarker HID（SoftGenetics 公司）绘制图谱

DS3000的主要指标

 主机指标 

 运行模块指标 

※1. 读取碱基长度（QV20 CRL）使用BigDye®Terminator v3.1 Sequencing Standard Kit （Thermo Fisher Scientific公司生产，另售）进行验证。

※2. 碱基对范围精度（50 – 400 bp）使用PowerPlexTM ESI17 Fast Allelic Ladder及WEN ILS 500 ESS（Promega公司生产，另售）进行验证。

 耗材指标 

·仅限科研使用，不可用于医疗诊断及其相关程序。

·本产品在通过ISO9001，ISO14001认证的日立高新技术那珂地区设计并生产。

·本资料中的公司名称，商品名称为各公司的

商标及注册商标。

·BigDye 是Thermo Fisher Scientific的注册商标。

·Promega，PowerPlex是Promega

Corporation的注册商标。·本资料中刊登的数据仅为测试示例，不确保数据的准确性。

编辑 | 审校：侯昌