将盆树土柱外缘环绕的徒长老根先行剪除，再用竹筷小心不伤根，慢慢地彻底剥除旧土柱；接著用高压的水进行充分冲洗，使根全部裸露出来；然后仔细查看根的状态，做以下的整根工作：病根：长寿梅、木瓜类等根部易患根头癌病，发现后彻底除去病根。最好能在秋冬时换盆，初春换盆易患此病。腐根：换盆时仔细观察根的状态，将受损或腐根由基部切除，对新根的产生将有帮助。不定根：已经很美的根盘边，又长出角度不佳的小根，怕变得粗大有碍美观，所以尽早切除以使根盘更为平整。向下根：为了增强向上枝的平均发育，切除往下伸长的强根，可促使四面八方伸展的根发育更好。逆根：逆向生长的根若不理会，将会变成交缠的根盘而有碍美观，应切除之。若根数太少，需要利用逆根时，也可用竹片、小石子间隔开，调整方向后利用之。 立根：由美的根盘中突出立根，对种植于浅薄观赏盆中的盆树不雅，应切除之。 直根：根有向下直伸的习性，生长力旺，会影响其他根的成长，故切除之。通常树干以下四十五度的底根全部剪除，才能种植于浅盆而较有美感。 粗根：粗根会使分歧的优良根变弱，可由基部切除。若无优良根，则需作缩短的修剪，再让它长出叉根，或利用利刃切成二半，用石头、竹片隔开。剪根切口要向下或向下斜，并使用利刃将切口削平，以预防切口灌水引起腐烂，也可促进癒合。整理根部后立即用水苔包裹，以防脱水影响生根。
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