制图干货丨Origin如何把XRD精修曲线绘制得大气漂亮
XRD精修的数据绘图,总达不到精修软件得到的图像效果。你是不是也困扰着呢?
通常我们利用XRD精修软件,得到类似于下图的效果。
横轴是我们熟知的XRD的2θ衍射角,纵轴是衍射强度,图中有红、黑两条重合的曲线分别为实验值(Yobs)、计算值(Ycalc);蓝色竖线是Blagg峰位置;靠近横轴的蓝线是偏差(Yobs-Ycalc)。
怎样绘制像下面的文献图一样的效果呢?
https://doi.org/10.1038/s41467-019-11195-9
本文的方法,谭编后续将设计一个JS小工具,实现1分钟内搞定数据处理与模板绘图。欢迎在文末留言,看看大家期待的人多不多,多的话,谭编尽快设计小工具。
1. XRD精修软件
对XRD实验数据进行精修的软件为FullProf软件。长按下图的二维码,可以访问FullProf官网下载。
下载的官方地址:https://www.ill.eu/sites/fullprof/php/downloads.html
2. XRD精修输出文件导入
第一步:精修数据文件的预处理
FullProf软件精修软件导出的文件扩展名(后缀)为'.xyn',在导入到origin之前需要对xyn文件进行预处理,处理软件为“EditPlus”(可以咨询谭编)或者windows系统自带的记事本软件。
用记事本打开xyn文件后,Bragg位置数据列末尾有大量的占位零(00000000000),需要查找并替换为空,因为这些数据在Origin中会转换为0,而这些占位数据是我们不需要的数据,必须将其删除,否则在绘图时会有“尾巴”的。另外,将第一行、第二行开头的感叹号“!”删除,不删,导入数据会错位的。保存文件并关闭记事本。
第二步:拖入xyn文件到Origin中
如上面的动图所示步骤,将预处理后的xyn文件拖入到Origin软件中,会弹出一个对话框,让你选择数据标题的行号、数据开始的行号,窗口下方有预览的数据,可以对照找到相应的行号,填入顶部的这两个行号即可。然后按下一步、下一步、完成,即可完成数据的导入。
3. 在Origin中再次处理数据表
通过前述步骤得到的数据表,首先选择几个x列数据,右键set as X将其设置为x。
我们对它作图,得到下面的效果,圆圈标记的地方是数据表中多余的数据,为什么会这样呢?
我们浏览数据表发现F和H列预览图中出现“凹”型曲线,这也是因为精修软件产生的占位数据引起的。在Origin中对数据表中所有相同数据的占位数据,选中后删除掉。
我们再次选中数据作图,得到如下的效果
看到上图的效果,我们离成功越来越近了!我们只需要将中间紫红色那条线改为竖线就行了。
4. 在Origin中再次处理数据表
通过对上图中解除Group群组,单独对Blagg竖线进行设置,怎么设置,其他曲线也跟着改变。
这是为什么呢?这是所有曲线在同一个层中引起的,我们如果需要对Bragg设置与其他曲线不同线型的曲线,需要为Bragg竖线单独设置一个层。
第一步:利用通用模板绘制前三条曲线
选中前三条曲线的6列数据,点击模板,找到通用模板(若需要通用模板,文末有获取方式),绘制出图:
第二步:为Bragg新建一个图层
在图层 1 右边右键选择新建层new Layer选择right-(linked x),关联X轴的。然后选中图层 2 ,选择bragg的XY两列数据,将其拖入图层 2 中,即可绘图,此时Bragg是一条直线,采用放大镜,调整Bragg直线在XRD和偏差之间的合适位置。
第三步:调整Bragg的垂线
双击Bragg直线,打开属性对话框,点击左下方的“Line”改为'Scatter'散点,然后将Symbol符号的size改为0,将Drop line设置为垂直线,确定即可。此时,图中出现了栅线。但位置跟偏差曲线重叠,我们需要将图层 2 ,纵向压缩一下,同时将其整体垂直向上移动一定距离,离开下方的偏差曲线。这里注意不要横向压缩和横向移动,因为它的横轴要跟图层 1 的横轴要一致。
有时候,图层 2 ,不好调整,因为它被图层 1 挡住了,我们需要将图层 1 隐藏起来,设置好图层 2 后再将图层 2 显示出来。
得到效果如下:
但是,Yobs和Ycalc是重叠的,我们需要将其中一条设置细线,另外一条设置为粗线(或带符号),经过调整后,最终的效果如下:
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