[数据库推荐]转录后调控预测
基因在从DNA变成蛋白的过程当中受到很多的调控的影响。其中主要包括:基因水平、转录水平、转录后水平、翻译水平和翻译后水平的调控,这五个水平的调控。转录后调控:是真核细胞中,将初级转录RNA转化为成熟RNA的加工过程。其中包括常规的RNA的可变剪接调控、m6A甲基化, mRNA的5’加帽和3’加尾调控及microRNA调控等等。 在转录后调控的过程,主要依赖的还是RNA绑定蛋白(RBP)。通过了解这些RBP的具体结合什么序列就知道他们的调控基因是哪些了。
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该数据库包括m6A绑定蛋白相关基因在内的171个转录后调控因子的调控结果。
该数据库提供了以下两种检索方式:
RBP
这个功能可以通过检索指定的RNA绑定蛋白(RBP)来了解该蛋白主要和那些基因结合。进而来寻找其下游的调控基因
该模式分为基本检索和高级检索两种模式。基本检索只需要输入基因名即可。如下图:这里我们检索 TAF15
基因。点击确定。
结果解读:
TAF15相关信息:其中包括:
TAF15基本信息
;TAF15的基因可能结合序列(motif)
以及TAF15的基本结构
根据测序结果,可能受到
TAF15
调控的基因:从中我们可以了解到:相互作用基因的一些细胞系的表达情况
以及相互作用基因的具体结合位置和来自于哪个测序数据
和目标RBP结合基因的富集分析
RNA模式
通过检索目标基因了解该基因受到哪些RNA绑定蛋白的调控。
该模式主要包括四个模块:Binding sites; Crosstalk ; Variation以及Disease
基本检索方式就是直接检索基因名即可。这里我们检索:TP53
。
RNA: Binding sites
最先看到的是,关于TP53基因的基本信息和表达情况。
接着可以看到:和TP53相互作用的
RBP
。以及具体和TP53结合的位置。包括一个网络图以及具体的结果。其中网络图当中,我们可以选择目标基因在基因UCSC的基因浏览器上查看。
RNA: Crosstalk
这一部分提供和目标基因相关的RBP结合位点和一些转录后调控事件(如miRNA靶标,RNA修饰和RNA编辑)的相互作用信息。方式也是:直接检索基因即可
在RBP绑定位点上同时具有miRNA调控的信息。miRNA结合位点的信息来自于miRanda数据库。
在RBP绑定位点上存在RNA修饰的信息:例如m6A等
在RBP绑定位点上存在RNA编辑位置
RNA: Variation
在这个部分我们可以查找在RBP绑定位点上存在单核苷酸基因突变
的结果
RNA: Disease
该模块提供位于RBP结合区域中的疾病相关SNV,包括GWAS SNP,ClinVar SNP,COSMIC数据库 SNV,TCGA全外显SNV的情况。
简单科研思路:
对于数据库的时候,如果你研究的是一个RNA绑定蛋白的话。那就可以用这个数据库来预测其可能结合的下游基因。这样就省去自己去做相关chip-seq的数据了。如果研究的是一个普通基因的话。但是想找其上游的调控信息。也可以通过这个数据库找一下是否存在相关的转录后调控信息。