最强攻略6：史上最全网络药理学数据库汇总解读

网络药理学主要是通过系统生物学的研究方法进行研究，使用统计学、复杂网络等数学手段，能够在分子水平上更好的理解细胞以及器官的行为，加速药物靶点的确认以及发现新的生物标志物。网络药理学用网络科学的方法研究药理学，用网络拓扑性质来反应药物理化和生物学性质，是近年来的新兴学科，接下来我们来认识一些与网络药理学研究相关的数据库吧：

01

PubChem

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/

PubChem是一个有机小分子生物活性数据，是一个生环化材中应用分子的数据模型库。这里面包含了大量分子材料的理化性能介绍，对应每个有机分子的应用都能够追根溯源到较为全面的文献报道。可以按名称，分子式，结构和其他标识符搜索化学物质来查找化学和物理性质，生物活性，安全性和毒性信息，专利，文献引用等等。可供检索的化合物有11100万种，物质28700万种，生物活性27300万种、相关文献3200万篇、专利250万种。

详情请戳：PubChem：有机小分子生物活性数据库

02

DGIdb

http://dgidb.org/

DGIdb是一个药物-基因相互作用数据库，提供了基因与其已知或潜在药物关联信息。里面的基因主要是癌基因，但是也有一些其他疾病（例如阿尔兹海默病、心脏病、糖尿病等）的相关基因。DGIdb一共有超过14000种药物-基因的相互作用，涉及2600个基因和6300中靶向这些基因的药物，还包括了6700个其他的基因，这些基因很有可能成为未来药物的靶标。

详情请戳：DGIdb：药物基因相互作用数据库

03

DrugBank

https://go.drugbank.com/drugs/

DrugBank是阿尔伯塔大学将药物实验数据和药物目标信息结合起来的生物信息学和化学信息学数据库，也是目前最大的综合性药物数据库。DrugBank包含13791种药物条目，其中包括2653种经批准的小分子药物、1417种经批准的生物技术(蛋白质/肽)药物、131种营养品和6451种实验药物。5236个非冗余蛋白(即药物靶标/酶/转运体/载体)序列与这些药物条目相关联。每个DrugCard条目包含200多个数据字段，其中一半用于药物/化学数据，另一半用于药物靶标或蛋白质数据。

详情请戳：Drugbank：最强大的综合性药物数据库，收藏

04

ChEMBL

https://www.ebi.ac.uk/chembl/

ChEMBL是欧洲生物信息研究所（European Bioinformatics Institute，EBI）开发的一个靶点与生物活性药物数据库，收集的是药物研究和开发过程中的药物化学数据和知识，比如临床实验药物和批准药物的治疗靶标和适应症，这是一个非常便利的查询靶点或化合物的生物活性数据的平台。截至2019年10月29日，该数据库共收集了12482个靶点，1,961,462个不同的化合物和13,382个靶标信息。

详情请戳：像字典一样的药物靶点与生物活性关系查询，ChEMBL数据库给你不一样的体验

05

CTD

https://ctdbase.org

CTD提供了有关化学暴露（环境和药物），基因和蛋白质，表型和疾病之间复杂相互作用的信息，是一个有关基因－化合物相互反应数据的资料库。CTD包括超过230万种化学药物，46689个基因，4340个表型和7212种疾病的基因，化学表型，药物相关疾病，基因相关疾病和药物相互作用，与其他数据集集成后，产生的药物基因组关联超过3800万。

详情请戳：生信关心的疾病-蛋白质-化学物质关系问题，CTD数据库有解

06

TCMSP

https://tcmspw.com/tcmsp.php

TCMSP 是独特的中草药系统药理平台，数据库提供的信息包括活性成分的鉴定、化学品、目标和药物目标网络，以及相关的药物靶标疾病的网络，以及用于天然化合物的药物动力学性质涉及口服生物利用度，药物相似性，口服生物利用度（OB），血脑屏障（BBB），肠上皮渗透性（Caco-2），ALogP，负表面积（FASA-）和H键数的药物药代动力学信息供体/受体（Hdon / Hacc）等。里面包含了中国药典2010版中499味草药以及每位草药的化合物成分（共计29000余个），药物靶点来自HIT数据库和预测算法SysDT，疾病信息来自TTD数据库和PharmGKB。

详情请戳：你所不知道的TCMSP数据库：查询药物成分、揭示天然抗癌药物的分子机制、药物-靶点-疾病……

07

ETCM

http://www.tcmip.cn/ETCM/index.php/Home/

ETCM是一个传统中药百科全书的数据库，收录了402种中草药、3959个药方、7284种有效成分，还收录了中草药有效成分可能靶向的基因靶标2266个及相对应的4323种疾病。ETCM包含有关常用草药和中药配方及其成分的全面和标准化信息。ETCM还提供了中药成分，草药和配方的预测靶基因。ETCM的系统分析功能可以探索中药草药，配方，成分，基因靶标以及相关途径或疾病之间的关系或建立网络。

详情请戳：有没有这样一个数据库，能够系统地把中药、靶分子、功能、疾病，说的明明白白？--ETCM数据库

08

TCMID

http://119.3.41.228:8000/tcmid/

TCMID是一个中医药综合数据库，收录了约4.7万个处方，8159种草药，25210种化合物，6828种药物，3791种疾病和17521个相关目标，这是中医药研究相关领域最大的数据库。CMID通过使用草药和化合物作为桥梁将TCM公式与蛋白质连接起来，可用于分析配方的多目标效应，并探索每种配方的潜在分子机理，还将草药成分与疾病（OMIM）和药物（Drugbank）连接在一起。

详情请戳：处方不懂怎么用？中药靶点和疾病相关基因网络图不会做？TCMID来帮您

09

SymMap

https://www.symmap.org/

SymMap是一个中药综合性数据库，里面包含了499种在中国药典中注册的草药，19,595种成分，以及1,717种中医使用的相应症状（TCM症状），将中医症状精确连接到现代医学中使用的961个症状术语（MM症状），总共包含了4,302个靶点和5,235个疾病。SymMap还通过直接关联或间接统计推断在所有这六种类型的组件之间提供成对关系：草药-中医证候-西医症状-成分-靶标-疾病关联网络。

详情请戳：这大概就是Six god合体吧！草药-中医证候-西医症状-成分-靶标-疾病关联网络：SymMap

10

BATMAN-TCM

http://bionet.ncpsb.org.cn/batman-tcm/

BATMAN-TCM是第一个专门用于中药分子机制研究的在线生物信息学分析工具，它基于中药成分的靶标预测以及对潜在靶标的后续网络药理学分析。BATMAN-TCM会检测每个TCM 成分的潜在目标，对这些目标进行功能分析，包括基因本体 （GO） 术语、KEGG 通路和 OMIM/TTD 疾病富集分析，以及中药成分-靶点-路径/疾病关联网络，帮助从分子和系统水平理解公式的这一组合原理。