外国的生信技能树转录组教程

从实验设计,实验操作细节,到测序数据一条龙分析都面面俱到,本来是想搜索看看他们有没有出配套教学视频在YouTube,虽然没有找到他们的频道,但是无意中找到了一个类似于我们生信技能树的平台:

https://www.youtube.com/channel/UCKbkfKk65PZyRCzUwXOJung

每年都有七八个视频专题,高产似母猪!随便进入其中一个:

真的是可以跟我们生信技能树媲美了!

目录如下:

  • Module 0 - Introduction and Cloud Computing

    1. Authors

    2. Citation and Supplementary Materials

    3. Syntax

    4. Intro to AWS Cloud Computing

    5. Logging into Amazon Cloud

    6. Unix Bootcamp

    7. Environment

    8. Resources

  • Module 1 - Introduction to RNA sequencing

    1. Installation

    2. Reference Genomes

    3. Annotations

    4. Indexing

    5. RNA-seq Data

    6. Pre-Alignment QC

  • Module 2 - RNA-seq Alignment and Visualization

    1. Adapter Trim

    2. Alignment

    3. IGV

    4. Alignment Visualization

    5. Alignment QC

  • Module 3 - Expression and Differential Expression

    1. Expression

    2. Differential Expression

    3. DE Visualization

    4. Kallisto for Reference-Free Abundance Estimation

  • Module 4 - Isoform Discovery and Alternative Expression

    1. Reference Guided Transcript Assembly

    2. de novo Transcript Assembly

    3. Transcript Assembly Merge

    4. Differential Splicing

    5. Splicing Visualization

  • Module 5 - De novo transcript reconstruction

    1. De novo RNA-Seq Assembly and Analysis Using Trinity

  • Module 6 - Functional Annotation of Transcripts

    1. Functional Annotation of Assembled Transcripts Using Trinotate

  • Appendix

    1. Saving Your Results

    2. Abbreviations

    3. Lectures

    4. Practical Exercise Solutions

    5. Integrated Assignment

    6. Proposed Improvements

    7. AWS Setup

写在后面

如果你在海外,那毫无疑问,推荐你看他们的教程和视频咯,但是很有可能,你在国内,YouTube访问有困难,或者英文理解不到位,那就只能说看我们生信技能树教程啦!

转录组从这3个开始哈,而且还有3个配套习题!

R语言的练习题

初级10 个题目,尽量根据参考代码理解及完成:http://www.bio-info-trainee.com/3793.html

中级要求是:http://www.bio-info-trainee.com/3750.html

高级要求是完成20题:http://www.bio-info-trainee.com/3415.html

统计专题 30题:http://www.bio-info-trainee.com/4385.html

可视化专题30题:http://www.bio-info-trainee.com/4387.html

LINUX的练习题:

最低要求是完成我的 linux 20题 http://www.bio-info-trainee.com/2900.html

其次完成生物信息学数据格式的习题(blast/blat/fa-fq/sam-bam/vcf/bed/gtf-gff),收集这些格式的说明书。

fasta和fastq格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-trainee.com/3575.html

sam和bam格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-trainee.com/3578.html

VCF格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-trainee.com/3577.html

RNA-seq只有小考核

http://www.bio-info-trainee.com/3920.html

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