单细胞测序数据库

转自医科研

我就是用这个神器来挖单细胞测序数据的！作者：白介素2关于单细胞测序这个热点我们已经有很多文章介绍过了，这里就不再赘述了。目前，单细胞测序相对来讲还是属于比较昂贵的技术，没钱做不起怎么办？此前，我们的文章也已经介绍过几个单细胞测序的数据库，比如 HCPortalen(http://single-cell.clst.riken.jp) ，一个人类与小鼠的单细胞测序数据库，以及 scRNASeqDB（https://bioinfo.uth.edu/scrnaseqdb/）一个专门收集人类单细胞测序数据的数据库。这里我们要再介绍一个新的数据库，让大家了解如何用这个神器来挖一挖单细胞测序数据。基本情况

今天要介绍的数据库是：Single Cell Portal 先来了解下这个数据库的一个基本情况，是由大名鼎鼎的 Broad研究所建立的，网页上的打出的宣传口号是 Reducing barriers and accelerating single-cell research，扫除障碍，加速单细胞研究！ 不知道为什么，正是这句话让我联想到著名的 SCI-HUB首页上的宣传语：to remove all the barriers in the way of science。

当然，这仅仅是个题外话，不知道这个数据库的表现是否也像 SCI_HUB一样的NB，数据库的首页非常简洁，包括数据检索框，分为按 study或者 gene进行检索。其次是将 study按条目进行展示。该数据目前已经收录的单细胞测序数据已经达到 99个study和 3,474,969细胞，并且还在持续增加。下面来进行一定的演示，帮助大家快速了解数据库的基本情况：检索功能例如按study检索 human, 会检索得到相关的study，然后点击条目可以进入到study的一个基本情况，我们这里选择一个进入：

这里我们可以看到study的一个基本情况，是由美国的一个研究团队关于气道上皮的一个单细胞测序研究数据。

然后给出了这个study的一个基本的摘要情况，我们还可以获悉，这个数据也是已经上传到 GEO数据库的，并且给出了相应的链接。可视化探索功能

找到相应的study，点击explore，可以进行可视化的展示，如展示细胞的分类。

可以探索基因集在不同细胞亚组的表达情况

对基因集作聚类热图的展示，当然这些基因集是可以选择的，并且热图也可以进行相应的调整。

基因集在主要细胞亚型中的表达情况展示，图还是相当高质量的。数据下载功能

找到对应的study直接进入 download页面，比如这个页面，它就包括了基因表达矩阵，细胞聚类情况数据，marker基因数据，实验设计及格式信息都包括在内，这里就不去下载了，大家可以自己去下载相应的信息看看。另外要提一点，有些数据集可能是不开放的，就无法下载。最后，如果你有新的想法，或者能结合下自己的研究，可以考虑下载相应的数据去挖一挖了！本期的内容就到这里，白介素2祝大家挖得愉快！发布于 2020-05-28